UPmémoires

Le paludisme est la première endémie parasitaire mondiale. P. falciparum est l’espèce la plus fréquemment impliquée et responsable de la quasi-totalité des formes graves, nécessitant une hospitalisation en unité de soins intensifs. La recherche sur l’immunité anti-plasmodiale a récemment démontré une action importante du complément et de l’immunité humorale mais l’ensemble des déterminants impliqués ne sont pas élucidés. Nous avons fortuitement mis en évidence la présence d’un anti-isoleucyl synthétase (anti-OJ) dans le sérum d’un patient présentant un accès palustre, possible reflet indirect de l’immunité humorale anti-Plasmodium, les synthétases étant préservées au sein du vivant. Nous avons cherché à déterminer la prévalence des anticorps anti-synthétases (AAS) chez des patients infectés et les liens entre AAS, sévérité de l’infection et développement d’un syndrome des anti-synthétases à distance de l’infection.

Cinquante sérums de patients présentant un accès palustre entre Septembre 2016 et Mai 2023 ont été recueillis au CHU de Poitiers et au CHU de la Réunion. Les sérums ont été analysés rétrospectivement par immunofluorescence indirecte sur cellules Hep-2 et par DOT synthétase évaluant la présence de 8 AAS connus, d’anti-SRP et d’anti-ribosomes. Un recueil des données démographiques et cliniques des patients a été fait à partir de leurs dossiers informatisés.

Les patients infectés par le paludisme présentaient un taux d’AAS plus élevé que notre population témoin (46% vs 5%). Les anticorps principalement présents étaient des anti-OJ, habituellement retrouvés dans le syndrome des anti-synthétases (SAS) mais avec une très faible prévalence. La cinétique des AAS réalisée sur des sérums distants indiquait une décroissance du taux d’anticorps jusqu’à une éventuelle perte. Cela semble cohérent avec le fait que les sujets ne semblaient pas développer un SAS à distance. Au sein de la population ayant eu un accès palustre, la comparaison de diverses variables démographiques et cliniques entre les cas négatifs, sans AAS circulant, et les cas positifs, ne montrait pas de différences significatives. Cependant, la population positive pour les AAS présentait presque trois fois moins de paludisme grave que la population négative.

Nous avons démontré que la population atteint de paludisme aigu présente significativement plus d’AAS que la population générale et cela interroge sur leur rôle dans l’immunité humorale anti-palustre. Par ailleurs, la présence d’AAS pourrait être un marqueur pronostique de cette infection, bien que cela n’ait pas été démontré significativement dans notre étude. De futures analyses pour augmenter la puissance de la cohorte apparaît nécessaire.

Introduction

Les infections fongiques dues aux champignons filamenteux sont des pathologies difficiles à diagnostiquer. Afin d’améliorer la prise en charge thérapeutique des patients il s’avère donc nécessaire d’utiliser de nouveaux outils diagnostiques. Récemment de nombreux travaux ont démontré l’intérêt potentiel de la spectrométrie de masse (SM) dans l’identification de ces microorganismes. L'objectif de cette étude était d’évaluer la place du système MALDI-TOF dans l’identification des champignons filamenteux en routine au sein du laboratoire de mycologie du CHU de Poitiers.

Méthode

Une étude prospective a permis de rassembler 98 souches dont 16 Aspergillus sp, 70 dermatophytes et 12 autres moisissures non Aspergillus. Chacun des isolats obtenus après culture a été préparé suivant le protocole d’extraction VITEK MS® MOULD KIT (BioMérieux) puis analysé en parallèle sur l’automate VITEK-MS® (BioMérieux) et sur l’automate Autof MS 1000® (Eurobio Scientific).

Résultats

Les données obtenues avec le VITEK-MS® montrent des taux d’identification estimées à 65.6% concernant les Aspergillus sp, 56.1 % concernant les dermatophytes et 31.25 % concernant les autres moisissures non Aspergillus. Les performances de l’Autof MS 1000® ont été largement inférieures sur les souches d’Aspergillus sp (0%), sur les autres moisissures non Aspergillus (0%) et sur les souches de dermatophytes (4.25%).

Conclusion

Le système MALDI-TOF VITEK-MS® pourrait être utilisé comme un outil complémentaire pour l’identification des isolats cliniques de champignons filamenteux recueillis au laboratoire de mycologie du CHU de Poitiers. Il permet une réponse fiable et plus rapide aux cliniciens que les techniques conventionnelles mais ne permet pas l’identification de toutes les souches.

Contexte : Pneumocytis jirovecii est un champignon de répartition ubiquitaire, agent de la pneumocystose humaine (PneumoCystis pneumonia = PCP), une infection opportuniste pouvant être mortelle et touchant les individus immunodéprimés exposés. L’absence de clinique et d’imagerie spécifique de la PCP compliquent son diagnostic et rendent nécessaire le diagnostic biologique. Ce dernier repose principalement sur la mise en évidence du champignon dans des prélèvements respiratoires qui est le plus souvent réalisée par PCR, technique la plus sensible. Cependant, un résultat de PCR positif ne permet pas de distinguer un patient atteint de PCP d’un patient colonisé par le champignon. Le dosage sérique du (1,3)-β-D-glucane (BDG) a été proposé pour aider à réaliser cette distinction.

Méthodes : Nous avons réalisé une analyse rétrospective sur les PCR Pneumocystis positives réalisées entre juin 2020 et juillet 2022 pour lesquels un dosage sérique de BDG avait été réalisé. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP) et la valeur prédictive négative (VPN) du test au BDG ont été évaluées à différents seuils de positivité du BDG.

Résultats : 102 patients positifs en PCR ont été inclus. Le seuil de positivité du BDG ≥ 80 pg/mL a été tout d’abord utilisé. La sensibilité ainsi retrouvée était de 87,9%, la spécificité de 78,3%, la VPP de 65,9%, et la VPN de 93,1%. Au seuil de BDG à 200 pg/mL, le BDG a présenté une sensibilité de 75,8%, une spécificité de 87%, une VPP de 73,5% et une VPN de 88,2%. Le seuil de BDG de 300pg/mL a également été évalué et a montré une sensibilité de 72,7%, une spécificité de 89,9%, une VPP de 77,4% et une VPN de 87,3%.

Conclusions : Le dosage du BDG semble présenter une excellente capacité à exclure une pneumocystose lorsqu’il est négatif (< 80 pg/mL). Dans le cas d’une PCR Pneumocystis positive, un résultat de BDG négatif correspondait ainsi dans près de 9 cas sur 10 à une colonisation dans cette étude. Par ailleurs, chez les patients positifs en PCR, des valeurs de BDG élevées (≥ 200 pg/mL) sont le plus souvent associées à une pneumocystose et un seuil de BDG à 200 pg/mL permettrait de confirmer une pneumocystose dans 3 cas sur 4. Le dosage sérique du BDG est donc intéressant pour différencier colonisation et infection, permettant le plus souvent d’orienter vers la colonisation lorsqu’il est négatif et de confirmer la PCP lorsqu’il est élevé (≥ 200 pg/mL) avec un risque relativement faible de traiter un patient à tort dans ce dernier cas (1 sur 4).

Les infections fongiques invasives (IFI) représentent un véritable problème de morbi-mortalité chez les patients fragiles. Au niveau mondial, l’émergence de la résistance aux antifongiques menace le traitement efficace des IFI. La connaissance de l’épidémiologie locale semble donc essentielle pour orienter la prise en charge thérapeutique. Par ailleurs, l’évaluation de la susceptibilité aux antifongiques repose sur des bandelettes E-test® dont le temps de lecture n’a pas été clairement établi. Le but de cette étude était donc de décrire l’épidémiologie locale au centre hospitalier universitaire (CHU) de Poitiers et de comparer les temps de lecture des bandelettes E-test® à 24 heures et à 48 heures pour les levures du genre Candida.

Les valeurs de concentration minimale inhibitrice des isolats testés au laboratoire du CHU de Poitiers entre janvier 2018 et décembre 2020 ont été collectées, interprétées avec les valeurs seuils de l’EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing), puis analysées.

Au total, 704 souches (levures et champignons filamenteux) ont été examinées. Parmi les espèces de Candida, C. albicans était la plus représentée (52,65%), suivie par C. glabrata (17,55%) et le complexe C. parapsilosis (7,13%). Les taux de résistance acquise retrouvés étaient faibles. Les souches de C. albicans isolées étaient à 99,36% sensibles au fluconazole et à 99,37% sensibles aux échinocandines. Pour C. glabrata, seules 1,96% des souches étaient résistantes aux échinocandines. Pour Aspergillus section fumigati, la résistance aux azolés n’était pas négligeable, avec quatre souches résistantes à l’itraconazole sur les 94 testées. Les résultats de concordance entre la lecture des bandelettes E-test® après 24 heures d’incubation et la lecture après 48 heures étaient très satisfaisants pour C. albicans (100% pour le fluconazole). Pour les espèces non-albicans, les résultats étaient variables en fonction des espèces et des antifongiques testés.

Malgré les faibles taux de résistance révélés par notre étude, le maintien d’une surveillance continue de l’épidémiologie locale semble essentiel afin d’orienter au mieux les traitements empiriques et d’optimiser la prise en charge thérapeutique des patients.

Objectif : Malgré les avancées diagnostiques et thérapeutiques, la morbi-mortalité des infections fongiques invasives (IFI) reste importante, nécessitant un diagnostic biologique rapide et fiable. Le lavage bronchoalvéolaire (LBA) se révèle être un prélèvement majeur pour ce diagnostic. Ce prélèvement est, dans certains cas, conservé à température ambiante (TA), cependant très peu d'études existent sur sa stabilité à cette température. L'objectif de ce travail était donc de réaliser une revue de la littérature sur le sujet et d'évaluer par une étude expérimentale la stabilité des champignons dans le LBA à TA dans la cadre du diagnostic mycologique par culture.

Matériels et méthodes : Trois souches cliniques de moisissures (Aspergillus fumigatus, Fusarium proliferatum, Rhizopus arrhizus) et une souche clinique de levure (Cryptococcus neoformans) ont été incubées chacune dans du LBA et du sérum salé isotonique (SSI). Ces suspensions ont été conservées à TA puis mises en culture au temps zéro, 4 h, 12 h, 24 h, 48 h et à 72 h pour évaluer la quantité de champignon présente dans l'échantillon. Pour chaque champignon cette opération a été répétée trois fois et le nombre moyen de colonies a été calculé pour chaque temps d'ensemencement.

Résultats : La revue bibliographique ménée a mis en évidence que les études sur ce sujet sont très rares. Cependant certains auteurs ont démontré la capacité des champignons à survivre en milieu liquide sur de longues périodes. Dans notre étude, tous les champignons testés ont survécu au bout des trois jours de conservation à TA, aussi bien dans le LBA que le SSI. Il n'y avait pas de différence significative dans les numérations de colonies d'A. fumigatus et de R. arrhizus, que ce soit dans le LBA ou le SSI, alors que pour F. proliferatum et C. neoformans, il existait une augmentation significative des numérations au fil du temps.

Conclusion : Les échantillons respiratoires peuvent se conserver jusqu'à 72 heures à TA sans impact sur le diagnostic mycologique par culture. Des études complémentaires restent nécessaires pour confirmer la reproductibilité de ces données et tester d'autres champignons ou d'autres types de prélèvements avec un nombre de réplicats plus élevé.

Les levures du genre Candida sont responsables d'infections graves chez les patients immunodéprimés. Parmi celles-ci, Candida auris est une espèce émergente découverte en 2009 ayant causé plusieurs épidémies dans le monde. Sa capacité à devenir résistante aux différentes classes d'antifongiques systémiques, les difficultés liées à son identification et son aptitude à persister en milieu hospitalier en font un problème de santé publique. Actuellement, les données sur le réservoir environnemental de C. auris sont limitées alors qu’elles sont essentielles afin de contrôler sa propagation. Le but de notre étude était d'explorer les interactions entre C. auris et deux espèces d'amibes libres, potentiellement présentes dans le même environnement hydrique.

C. auris a été incubé à 37°C avec des trophozoïtes d’Acanthamoeba castellanii ou de Vermamoeba vermiformis, ou avec leurs surnageants de culture, dans de l'eau filtrée issue du réseau hospitalier. Le nombre de trophozoïtes d'amibes et de levures a été déterminé à 48 h, 120 h et 168 h de coculture. De la microscopie électronique à transmission (MET) a été effectuée à 48 h de coculture. Afin de comparer les résultats avec une autre espèce de Candida, les mêmes expériences de coculture ont été réalisées avec Candida albicans.

Alors que C. albicans et C. auris n'ont pas pu survivre seules dans l'eau, les surnageants des deux espèces d’amibes libres ont favorisé la survie et la prolifération des levures. C. albicans a été détruit par les trophozoïtes d’A. castellanii mais a survécu en présence des trophozoïtes de V. vermiformis. Contrairement à C. albicans, C. auris a pu survivre et proliférer au contact des trophozoïtes d’A. castellanii ou de V. vermiformis. L'internalisation de C. auris au sein des deux espèces d’amibes libres a également été observée par MET.

Un réservoir environnemental hydrique de C. auris peut donc être envisagé en lien avec les amibes libres. De plus, du fait de la présence de ces amibes dans les réseaux d’eau hospitaliers, leur contamination par C. auris serait possible.