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Introduction

Les mucormycoses sont des pathologies difficiles à diagnostiquer. Le taux de mortalité est élevé, et une prise en charge précoce est essentielle pour améliorer les chances de survie. Récemment, différentes PCR permettant de détecter l’ADN des Mucorales ont été développées. L’objectif de cette étude est d'évaluer les performances de deux kits de PCR multiplexe : Fungiplex® Mucorales (Bruker) et MucorGenius® (PathoNostics) et de les comparer aux performances de la PCR Mucorales maison actuellement en place au CHU de Poitiers.

Méthode

Afin d’évaluer les performances des deux kits de PCR Mucorales multiplexées, 25 échantillons identiques provenant de patients immunodéprimés à risque d’infection fongique invasive ont été testés de manière rétrospective. Dix-sept échantillons de LBA, sérum ou biopsie étaient connus avec une PCR Mucorales positive. Les huit autres étaient positifs à d’autres champignons filamenteux, levures ou bactéries. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus avec la technique de PCR maison actuellement utilisée au CHU de Poitiers.

Résultats

Les tests PCR réalisés avec les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® étaient positifs pour 10/17 et 14/17 échantillons respectivement. Les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® montrent ainsi sur ces échantillons une sensibilité respective de 58,8% et 82,4%, et une spécificité identique de 100% par rapport à la PCR maison.

Conclusion

Le kit MucorGenius® obtient des performances comparables à la technique de PCR maison, satisfaisantes pour contribuer au diagnostic des mucormycoses. En revanche, le kit Fungiplex® Mucorales souffre d’un manque de sensibilité.

La surdité est le handicap sensoriel le plus fréquent dans le monde avec plus de 450 millions de personnes atteintes. Les surdités d'origine génétique représentent la 1ère cause de surdité dans les pays développés. Malgré des gènes clés identifiés dans cette pathologie, des zones d'ombres restent à élucider et de nombreux diagnostics ne sont pas établis.

C'est dans ce contexte que nous avons mis en place au laboratoire une nouvelle stratégie d'analyse génétique en vue d'améliorer notre rendement diagnostic et notre délai de rendu de résultats. Après la sélection d'un panel de 14 gènes, un travail d'optimisation de l'étape de sélection de variants d'intérêt a été effectué grâce à GenSCor.

84 patients présentant une surdité isolée ont bénéficié d'analyses génétiques : séquençage Sanger et recherche des grandes délétions (MLPA) du gène GJB2 en 1ère intention, puis séquençage par NGS des 14 gènes du panel associé à la MLPA du gène STRC. 24% de diagnostics ont été établis à l'heure actuelle. 7 enquêtes familiales sont en cours et pourraient faire augmenter ce taux à 32% si elles s'avèrent concluantes.

Cette étude a montré l'efficacité globale des analyses proposées dans le diagnostic de surdité au CHU de Poitiers, malgré les résultats décevants concernant le gène STRC. Le panel NGS de 14 gènes va être proposé en 1ère intention aux patients présentant une surdité isolée en association avec la MLPA des gènes de connexines auditives principales (GJB2 et GJB6) et du gène STRC. Cette nouvelle stratégie permettra un gain de temps supplémentaire dans la prise en charge des patients atteints de surdité.

La maladie d’Alzheimer est la plus fréquente des maladies neurodégénératives. On estime à 36 millions de patients atteints de cette maladie avec 7.7 millions de nouveaux cas par ans. Selon les prévisions de l’OMS, ce nombre devrait doubler tous les 20 ans. Parmi les facteurs de risque génétiques de la maladie, le phénotype de l’apolipoprotéine E (ApoE) influence la survenue de la maladie d’Alzheimer précoce : ApoE2, ApoE3 et ApoE4 sont liées respectivement à des risques faibles, modérés et importants de développer la maladie.

Bien que la physiopathologie ne soit pas entièrement comprise, il existe des éléments caractéristiques de cette maladie comme l’accumulation de plaques β-Amyloïdes entre les neurones avec la présence d’un enchevêtrement neurofibrillaire intraneuronal. Par ailleurs, on trouve également une forte composante inflammatoire associée à cette maladie. En effet, parmi les cellules gliales (les cellules qui forment l’environnement des neurones), la microglie et les astrocytes sécrètent des cytokines et des chimiokines, qui entretiennent l’inflammation.

Nous avons cherché à savoir si le phénotype d’ApoE des astrocytes influençait l’expression de molécules inflammatoires dans des conditions basales et après un stimulus inflammatoire (IL-1β/TNFα/CCL2) de 24h. Pour cela, nous avons étudié l’expression des ARNm de lignées dérivées d’iPS qui exprimaient ApoE3 (A-ApoE3), ApoE4 (A-ApoE4) ou qui n’exprimaient pas ApoE (A-ApoE KO), dans les conditions basales ou stimulées, obtenues par le Docteur Emmanuel Nivet, qui coordonne ce projet. Nous avons ensuite testé 77 gènes par qPCR dans ces conditions.

Les lignées A-ApoE4 et A-ApoE KO ont des profils inflammatoires similaires pour plusieurs gènes : les cytokines de la famille IL-1 (IL-1α, IL-1β et IL-18) ainsi que CXCL1, CXCL3, CXCL5 et IL-8. Ces lignées expriment certaines molécules pro-inflammatoires plus fortement que la lignée A-ApoE3.

Ces résultats sont en accord avec les données de la littérature : d’autres auteurs soulignent un rôle anti-inflammatoire de la lipoprotéine ApoE dans la microglie. En effet, les molécules pro-inflammatoires sont moins exprimées dans A-ApoE3 que dans les lignées astrocytaires dépourvues d’ApoE ou exprimant ApoE4.

Ces données in vitro confortent l’influence du phénotype d’ApoE sur la signature inflammatoire des astrocytes et montrent qu’A-ApoE3 est davantage protecteur que A-ApoE4 et A-ApoE KO.

Les bactériémies sont en constante augmentation depuis trois décennies. De nos jours, il est estimé qu’environ 2% des patients hospitalisés vont présenter une bactériémie. Les bactériémies sont une cause majeure de morbidité et de mortalité.

Les méthodes d’antibiogrammes rapides adaptées au diagnostic rapide des bactériémies permettent d’éviter la prolongation des antibiothérapies inadaptées et de proposer des désescalades thérapeutiques de manière rapide.

Nous avons étudié la technique d’antibiogramme rapide R-AST en diffusion proposée par l’EUCAST sur les bactériémies à E. coli, K. pneumoniae et P. aeruginosa diagnostiquées au CHU de Poitiers entre le 7 mars et le 29 avril 2019. Cette méthode semble être intéressante à partir de 6h d’incubation. Le pourcentage de disques interprétables était de 84 % à 6h et 89 % à 8h pour les entérobactéries et de 71 % à 6h et 89 % à 8h pour P. aeruginosa. Les performances du R-AST, évaluées par comparaison aux techniques de référence (antibiogramme liquide automatisé ou diffusion), se sont montrées très intéressantes. Notre étude n’a montré qu’une seule erreur mineure de catégorisation. Cette méthode pourrait apporter une amélioration dans la prise en charge des bactériémies lorsqu’on la compare aux techniques rapides utilisées actuellement au laboratoire (subculture rapide et bêtalactatest). Le R-AST ne semble pas apporter d’amélioration par rapport au bêtalactatest mais il permet de gagner plus de 18 heures sur le rendu d’un antibiogramme complet pour les entérobactéries et plus de 19 heures pour le P. aeruginosa. L’utilisation en routine de cette méthode nécessiterait cependant quelques ajustements dans l’organisation actuelle.

L’objectif de cette thèse consistait en l’évaluation du GenomEra®CDX System (kit GenomEra® Flu A/B + RSV (Influenzavirus (IAV/IBV) / Virus Respiratoire Syncytial (VRS) ; Abacus Diagnostica, Turku, Finlande) en comparant ses performances analytiques de détection de ces pathogènes respiratoires par RT-qPCR (coefficient de concordance (k), sensibilité (Se), spécificité (Sp)), à celles de notre technique de routine (AllplexTM Respiratory ; Seegene, Séoul, République de Corée).

L’évaluation de cette méthode de PCR rapide comprenait des études d’inclusivité, de réactivité croisée, de reproductibilité et une étude clinique. L’étude clinique consistait en l’analyse prospective d’échantillons respiratoires frais (n = 299 ; 116 écouvillons nasaux (N), 129 écouvillons nasopharyngés (NP) et 54 aspirations nasopharyngées (ASNA)) prélevés sur des patients hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers (France) pendant l’hiver 2018 - 2019. Les échantillons pour lesquels les deux méthodes donnaient des résultats discordants étaient analysés par une 3ème méthode : une PCR en temps réels (R-gene®, BioMérieux, France). Le résultat retenu pour chaque cible virale (positif ou négatif) correspondait à celui délivré par au moins 2 méthodes de biologie moléculaire (incluant le résultat de la méthode discriminante si nécessaire).

Les résultats des différentes études ont montré que la méthode GenomEra (Abacus Diagnostica) est reproductible et capable de détecter diverses souches d’IAV, d’IBV, de VRS A et de VRS B. De plus, aucune réaction croisée avec les germes potentiellement présents dans le tractus respiratoire n’a été décelée. Lors de l’étude clinique, les performances du test n’ont pas pu être obtenues pour toutes les cibles virales, car aucun échantillon clinique analysé ne contenait le virus Influenza B. Sur les N, Se, Sp, VPP, VPN et κ étaient : i) 100%, 97%, 90%, 100% et 0.87 pour IAV ; ii) indéterminé, 97%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.82 pour VRS A ; vi) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.89 pour VRS B. Sur les NP, les performances étaient : i) 100%, 99%, 97%, 100% et 0.96 pour IAV ; ii) indéterminé, 98%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 1 pour VRS A ; vi) 90%, 100%, 100%, 99% et 0,84 pour VRS B. Sur les ASNA, les performances étaient : i) 86%, 100%, 100%, 98% et 0.91 pour IAV ; ii) indéterminé, 100%, indéterminé, 100% et 1 pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0 ,95 pour VRS A ; vi) 95%, 100%, 100%, 97% et 0,92 pour VRS B.

Avec 1 faux négatif et 5 faux positifs (incluant 1 faux positif IBV), les performances de détection du virus Influenza sont bonnes mais restent améliorables. Avec seulement 2 résultats faussement négatifs, les performances du test pour la détection du virus respiratoire syncytial sont impressionnantes.

Les parabènes sont des substances dotées de propriétés antifongiques et antibactériennes, suspectées d'être des perturbateurs endocriniens et très largement utilisées comme conservateurs dans les produits cosmétiques. L'exposition aux parabènes s'effectue alors principalement par voie cutanée et ces produits peuvent alors interagir avec les constituants de la peau dont le mycobiote cutané.

Ce travail a permis d'explorer les interactions entre trois parabènes (méthylparabène, éthylparabène et propylparabène) et deux levures du mycobiote cutané humain (Candida parapsilosis et Cryptococcus uniguttulatus) en étudiant in vitro l'effet des parabènes sur la croissance fongique et la capacité de ces microorganismes à métaboliser les parabènes testés. La croissance des trois souches de C. parapsilosis n'a pas été influencée par la présence de parabènes, ce qui pourrait être expliqué par les faibles concentrations testées. En revanche, la croissance de C. uniguttulatus a été complètement inhibée par l'éthylparabène dès le premier jour de contact, alors que ce même champignon n'était pas sensible aux deux autres parabènes, même après sept jours d'incubation. La présence d'une capsule chez ce champignon ainsi que les propriétés physico-chimiques de l'éthylparabène pourraient expliquer cette inhibition sélective.

Les trois souches de C. parapsilosis ont dégradé 90 à 100% de propylparabène après sept jours d'incubation, mais n'ont eu aucun effet sur les autres parabènes. Les enzymes de C. parapsilosis ne semblent ainsi dégrader que les parabènes à chaine longue. C. uniguttulatus n'a dégradé aucun parabène, même après sept jours d'incubation. Cette incapacité peut être due à l'absence d'enzymes fongiques capables de dégrader les parabènes ou à l'inaccessibilité possible d'une enzyme intracellulaire aux parabènes en raison de la capsule polysaccharidique.

Nos travaux ont ainsi montré que les parabènes peuvent agir de façon différente sur un champignon ou un autre au sein du mycobiote cutané ce qui pourrait entrainer un état de dysbiose chez les personnes utilisant des cosmétiques contenant ces composés. Ce mycobiote cutané peut également être impliqué dans la dégradation des parabènes et ainsi diminuer potentiellement le risque de perturbation endocrinienne dont ils sont responsables.

De nos jours, la déficience intellectuelle (DI) représente une question importante de santé publique. La prévalence de la DI est estimée à 1% de la population mondiale et la plupart des causes reste encore inconnue actuellement. Parmi elles, les causes génétiques représentent 15 à 50%. Grâce aux innovations technologiques comme le développement des techniques de séquençage haut débit, il nous est aujourd'hui possible d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans la DI, par l'analyse de l'exome, la partie codante du génome.

Pour ce projet, nous avons réalisé deux types d'études en parallèle. Dans une étude rétrospective, nous avons analysé 21 exomes « contrôles » dans lesquels une mutation pathologique a déjà été identifiée. Cette première analyse nous a permis d'élaborer trois métascores, issus de trois ensembles de règles. Chaque ensemble correspond à une pondération des règles différente selon l'hypothèse de transmission allélique prise en compte pour établir le score. L'élaboration de ces scores doit permettre une meilleure efficacité dans le tri des variants issus des données de l'analyse.

Dans une étude prospective, nous avons réalisé l'analyse de l'exome de 62 patients présentant une DI ou un retard des apprentissages à l'aide des scores établis, avec un rendement diagnostic de 16%. Nous avons identifié de plus dans trois gènes, USP19, NCKAP1 et FKBP4, des variants « recherche » candidats dans la DI, pour lesquels des études fonctionnelles sont en cours à l'heure actuelle grâce à des collaborations internationales.

Introduction : Il existe deux types d'hémopathies lymphoïdes B malignes : les leucémies aigües lymphoblastiques (LAL) caractérisées par la prolifération de cellules B immatures et les lymphomes, caractérisés par la prolifération clonale d'un lymphocyte B mature. Le diagnostic est le plus souvent aisé grâce aux données morphologiques, immunophénotypiques, cytogénétiques et moléculaires mais il existe de rares cas où le diagnostic entre ces deux entités s'avère délicat.

Matériels et méthodes : Nous rapportons le cas d'une patiente de 69 ans présentant une hémopathie lymphoïde B maligne de phénotype mature avec coexistence de deux anomalies cytogénétiques récurrentes dans les hémopathies : une translocation t(1;19)(q23;p13) et une translocation t(14;18)(q32;q21). Les hypothèses diagnostiques évoquées sont : une LAL B de novo avec t(14;18) et t(1;19), une transformation lymphoblastique d'un lymphome folliculaire avec acquisition secondaire de la t(1;19) ou une transformation d'un lymphome folliculaire en lymphome B à grandes cellules.

Résultats : Notre patiente présente une hémopathie lymphoïde dont la morphologie sanguine fait évoquer un lymphome, alors que la morphologie médullaire est davantage en faveur d'une LAL. Le caryotype montre la coexistence d'une anomalie cytogénétique associée aux LAL, la t(1;19)(q23;p13) et d'une anomalie associée aux lymphomes folliculaires ou aux lymphomes diffus à grandes cellules B, la t(14;18)(q32;q21). Un réarrangement IGH-BCL2 est retrouvé en hybridation in situ en fluorescence et en biologie moléculaire. En revanche, nous n'avons pas mis en évidence de réarrangement de TCF3-PBX1 (que ce soit en FISH ou en biologie moléculaire), classiquement retrouvé dans les LAL avec t(1;19). L'immunophénotypage met en évidence une lymphoprolifération B mature avec une expression d'une immunoglobuline cytoplasmique et de surface. Nous avons classé cette hémopathie en LAL B de phénotype mature (B-IV selon la classification EGIL). L'hypothèse principale retenue est donc celle d'une transformation lymphoblastique d'un lymphome folliculaire occulte.

Conclusion : Ce cas d'hémopathie lymphoïde B maligne de morphologie blastoïde et de phénotype mature nous a posé un problème diagnostique. Les données cytologiques, immunophénotypiques, cytogénétiques et moléculaires ne nous ont pas permis de statuer de façon certaine entre une LAL B de phénotype mature ou un lymphome B de haut grade. A notre connaissance, seuls quatre cas d'hémopathie lymphoïde B maligne présentant ces deux translocations t(1;19) et t(14;18) de façon concomitante ont été décrits dans la littérature. Ce cas illustre la complexité du diagnostic des hémopathies lymphoïdes B malignes et la nécessité d'une collaboration pluridisciplinaire afin d'établir le diagnostic le plus fiable possible.

Les diarrhées post-antibiotiques sont une complication fréquente de l'utilisation des antibiotiques. Dans les cas sévères, elles peuvent être une cause significative de morbidité, particulièrement chez les patients âgés hospitalisés. Si Clostridium difficile est la cause la plus fréquente et reconnue de diarrhée post-antibiotique (10-20%), la majorité des cas restent indéterminés. Certaines K. oxytoca sont capables de produire une cytotoxine qui serai responsable d'une diarrhée hémorragique. Récemment cette toxine a été identifiée, son opéron cloné et séquencé, elle a été dénommée Tilivalline. Mais ni la prévalence des diarrhées post-antibiotique dues à K. oxytoca, ni la fréquence des souches toxinogènes n'ont été déterminées sur un échantillon important de patients jusqu'à ce jour en France.

L'objectif principal de notre travail a été de déterminer la fréquence d'isolement de K. oxytoca toxinogène et hébergeant le gène de la tilivalline dans les selles diarrhéiques adressées au Laboratoire de Bactériologie Hygiène du CHU de Poitiers de mars 2017 à mars 2018 pour recherche de C. difficile.

Les K.oxytoca étaient recherchées en culture sur gélose chromogène et le gène de la tilivalline détecté par PCR en temps réel. L'effet cytotoxique des K.oxytoca était recherché par la mise en contact d'un surnageant bactérien avec une culture cellulaire de cellule Hep2. 1645 patients ont été inclus dans cette étude entre Mars 2017 et Mars 2018. 108 C.difficile toxinogène ont été détectés parmi ces patients et 57 K.oxytoca ont été détectées en culture.

La prévalence du portage de K. oxytoca chez les patients pour lesquels une selle diarhéique a été adressée au laboratoire pour recherche de C. difficile est de 3,5% (57/1645). Il n'y a pas plus de K.oxytoca chez les patients ayant reçu des antibiotiques dans les deux mois précédents l'infection (3,5%) que chez les patients n'ayant pas reçu d'antibiotiques (4%) (p = 0,36).

Cette étude pilote n'a pas permis de mettre en évidence des arguments en faveurs du rôle pathogène de K.oxytoca en étudiant l'évolution des patients en fonction de leur traitement et de la présence ou non du gène de la tilivalline par manque d'effectif.

L'objectif de ce travail était d'étudier l'intérêt de l'humeur vitrée comme matrice alternative lors de la recherche des causes de la mort. La première partie de l'étude présente les caractéristiques anatomiques et physiologiques de l'humeur vitrée et du sang périphérique, ainsi que les mécanismes de diffusion ante et post mortem et les données de pharmacocinétique. Les principaux marqueurs biochimiques et toxicologiques étudiés sont également présentés. La seconde partie décrit l'étude expérimentale mise en place sur une population autopsique. Des screenings par méthode ULC-HRMS avec détection par temps de vol ont été réalisés sur 252 échantillons d'humeur vitrée et de sang périphérique post mortem. Des quantifications ont été réalisées selon les molécules retrouvées lors des screenings. Les résultats qualitatifs et quantitatifs du sang périphérique et de l'humeur vitrée ont été comparés. Une étude quantitative sur l'éthylglucuronide a également été menée sur 30 échantillons d'humeur vitrée et de sang périphérique. Les résultats des quantifications des principaux marqueurs d'ischémie cardiaque sont également présentés. 27 échantillons autopsiques d'humeur vitré ont permis de quantifier les CK, les NT pro BNP, la myoglobine et la copeptine. L'humeur vitrée est une bonne matrice alternative pour la recherche qualitative de xénobiotiques. Il s'agit d'un milieu stable, peu sujet aux remaniements post mortem et aux contaminations bactériennes. Ainsi, la réalisation de screenings par méthode ULC HRMS permet de mettre en évidence la plupart des molécules présentes dans le sang périphérique. Certaines molécules comme la 6 MAM ou l'éthylglucuronide ont des cinétiques d'élimination retardée dans l'humeur vitrée du fait notamment de l'absence d'estérases dans ce milieu. Il apparait cependant difficile d'établir une corrélation entre les concentrations sanguines et vitréennes notamment pour certaines classes de molécules comme les antidépresseurs. De nombreux paramètres tels que le poids moléculaire, la charge, la liposolubilité, la liaison protéique et les modalités de prise des xénobiotiques influencent les concentrations vitréennes et sanguines. Concernant les marqueurs d'ischémie cardiaque, l'étude de l'ensemble de marqueurs, associées aux données de l'autopsie permettent d'orienter vers un décès dû à une ischémie cardiaque.