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Biologie médicale

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  • Évaluation de la technique d’antibiogramme rapide (R-AST) en diffusion lors des bactériémies à Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa au CHU de Poitiers    - Cabrol Matthieu  -  14 septembre 2020  - Thèse d'exercice

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    Les bactériémies sont en constante augmentation depuis trois décennies. De nos jours, il est estimé qu’environ 2% des patients hospitalisés vont présenter une bactériémie. Les bactériémies sont une cause majeure de morbidité et de mortalité.

    Les méthodes d’antibiogrammes rapides adaptées au diagnostic rapide des bactériémies permettent d’éviter la prolongation des antibiothérapies inadaptées et de proposer des désescalades thérapeutiques de manière rapide.

    Nous avons étudié la technique d’antibiogramme rapide R-AST en diffusion proposée par l’EUCAST sur les bactériémies à E. coli, K. pneumoniae et P. aeruginosa diagnostiquées au CHU de Poitiers entre le 7 mars et le 29 avril 2019. Cette méthode semble être intéressante à partir de 6h d’incubation. Le pourcentage de disques interprétables était de 84 % à 6h et 89 % à 8h pour les entérobactéries et de 71 % à 6h et 89 % à 8h pour P. aeruginosa. Les performances du R-AST, évaluées par comparaison aux techniques de référence (antibiogramme liquide automatisé ou diffusion), se sont montrées très intéressantes. Notre étude n’a montré qu’une seule erreur mineure de catégorisation. Cette méthode pourrait apporter une amélioration dans la prise en charge des bactériémies lorsqu’on la compare aux techniques rapides utilisées actuellement au laboratoire (subculture rapide et bêtalactatest). Le R-AST ne semble pas apporter d’amélioration par rapport au bêtalactatest mais il permet de gagner plus de 18 heures sur le rendu d’un antibiogramme complet pour les entérobactéries et plus de 19 heures pour le P. aeruginosa. L’utilisation en routine de cette méthode nécessiterait cependant quelques ajustements dans l’organisation actuelle.

  • Évaluation du système GenomEra® CDX pour la détection des infections à virus respiratoire syncytial et virus grippaux    - Choquet Emeline  -  10 décembre 2019  - Thèse d'exercice

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    L’objectif de cette thèse consistait en l’évaluation du GenomEra®CDX System (kit GenomEra® Flu A/B + RSV (Influenzavirus (IAV/IBV) / Virus Respiratoire Syncytial (VRS) ; Abacus Diagnostica, Turku, Finlande) en comparant ses performances analytiques de détection de ces pathogènes respiratoires par RT-qPCR (coefficient de concordance (k), sensibilité (Se), spécificité (Sp)), à celles de notre technique de routine (AllplexTM Respiratory ; Seegene, Séoul, République de Corée).

    L’évaluation de cette méthode de PCR rapide comprenait des études d’inclusivité, de réactivité croisée, de reproductibilité et une étude clinique. L’étude clinique consistait en l’analyse prospective d’échantillons respiratoires frais (n = 299 ; 116 écouvillons nasaux (N), 129 écouvillons nasopharyngés (NP) et 54 aspirations nasopharyngées (ASNA)) prélevés sur des patients hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers (France) pendant l’hiver 2018 - 2019. Les échantillons pour lesquels les deux méthodes donnaient des résultats discordants étaient analysés par une 3ème méthode : une PCR en temps réels (R-gene®, BioMérieux, France). Le résultat retenu pour chaque cible virale (positif ou négatif) correspondait à celui délivré par au moins 2 méthodes de biologie moléculaire (incluant le résultat de la méthode discriminante si nécessaire).

    Les résultats des différentes études ont montré que la méthode GenomEra (Abacus Diagnostica) est reproductible et capable de détecter diverses souches d’IAV, d’IBV, de VRS A et de VRS B. De plus, aucune réaction croisée avec les germes potentiellement présents dans le tractus respiratoire n’a été décelée. Lors de l’étude clinique, les performances du test n’ont pas pu être obtenues pour toutes les cibles virales, car aucun échantillon clinique analysé ne contenait le virus Influenza B. Sur les N, Se, Sp, VPP, VPN et κ étaient : i) 100%, 97%, 90%, 100% et 0.87 pour IAV ; ii) indéterminé, 97%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.82 pour VRS A ; vi) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.89 pour VRS B. Sur les NP, les performances étaient : i) 100%, 99%, 97%, 100% et 0.96 pour IAV ; ii) indéterminé, 98%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 1 pour VRS A ; vi) 90%, 100%, 100%, 99% et 0,84 pour VRS B. Sur les ASNA, les performances étaient : i) 86%, 100%, 100%, 98% et 0.91 pour IAV ; ii) indéterminé, 100%, indéterminé, 100% et 1 pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0 ,95 pour VRS A ; vi) 95%, 100%, 100%, 97% et 0,92 pour VRS B.

    Avec 1 faux négatif et 5 faux positifs (incluant 1 faux positif IBV), les performances de détection du virus Influenza sont bonnes mais restent améliorables. Avec seulement 2 résultats faussement négatifs, les performances du test pour la détection du virus respiratoire syncytial sont impressionnantes.

  • Interactions entre parabènes et levures du mycobiote cutané    - Benlaassri Mohammed  -  29 octobre 2019  - Thèse d'exercice

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    Les parabènes sont des substances dotées de propriétés antifongiques et antibactériennes, suspectées d'être des perturbateurs endocriniens et très largement utilisées comme conservateurs dans les produits cosmétiques. L'exposition aux parabènes s'effectue alors principalement par voie cutanée et ces produits peuvent alors interagir avec les constituants de la peau dont le mycobiote cutané.

    Ce travail a permis d'explorer les interactions entre trois parabènes (méthylparabène, éthylparabène et propylparabène) et deux levures du mycobiote cutané humain (Candida parapsilosis et Cryptococcus uniguttulatus) en étudiant in vitro l'effet des parabènes sur la croissance fongique et la capacité de ces microorganismes à métaboliser les parabènes testés. La croissance des trois souches de C. parapsilosis n'a pas été influencée par la présence de parabènes, ce qui pourrait être expliqué par les faibles concentrations testées. En revanche, la croissance de C. uniguttulatus a été complètement inhibée par l'éthylparabène dès le premier jour de contact, alors que ce même champignon n'était pas sensible aux deux autres parabènes, même après sept jours d'incubation. La présence d'une capsule chez ce champignon ainsi que les propriétés physico-chimiques de l'éthylparabène pourraient expliquer cette inhibition sélective.

    Les trois souches de C. parapsilosis ont dégradé 90 à 100% de propylparabène après sept jours d'incubation, mais n'ont eu aucun effet sur les autres parabènes. Les enzymes de C. parapsilosis ne semblent ainsi dégrader que les parabènes à chaine longue. C. uniguttulatus n'a dégradé aucun parabène, même après sept jours d'incubation. Cette incapacité peut être due à l'absence d'enzymes fongiques capables de dégrader les parabènes ou à l'inaccessibilité possible d'une enzyme intracellulaire aux parabènes en raison de la capsule polysaccharidique.

    Nos travaux ont ainsi montré que les parabènes peuvent agir de façon différente sur un champignon ou un autre au sein du mycobiote cutané ce qui pourrait entrainer un état de dysbiose chez les personnes utilisant des cosmétiques contenant ces composés. Ce mycobiote cutané peut également être impliqué dans la dégradation des parabènes et ainsi diminuer potentiellement le risque de perturbation endocrinienne dont ils sont responsables.

  • Intérêt de la technique de l'exome dans la recherche de nouveaux variants géniques impliqués dans la déficience intellectuelle    - Letienne Lucille  -  05 juillet 2019  - Thèse d'exercice

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    De nos jours, la déficience intellectuelle (DI) représente une question importante de santé publique. La prévalence de la DI est estimée à 1% de la population mondiale et la plupart des causes reste encore inconnue actuellement. Parmi elles, les causes génétiques représentent 15 à 50%. Grâce aux innovations technologiques comme le développement des techniques de séquençage haut débit, il nous est aujourd'hui possible d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans la DI, par l'analyse de l'exome, la partie codante du génome.

    Pour ce projet, nous avons réalisé deux types d'études en parallèle. Dans une étude rétrospective, nous avons analysé 21 exomes « contrôles » dans lesquels une mutation pathologique a déjà été identifiée. Cette première analyse nous a permis d'élaborer trois métascores, issus de trois ensembles de règles. Chaque ensemble correspond à une pondération des règles différente selon l'hypothèse de transmission allélique prise en compte pour établir le score. L'élaboration de ces scores doit permettre une meilleure efficacité dans le tri des variants issus des données de l'analyse.

    Dans une étude prospective, nous avons réalisé l'analyse de l'exome de 62 patients présentant une DI ou un retard des apprentissages à l'aide des scores établis, avec un rendement diagnostic de 16%. Nous avons identifié de plus dans trois gènes, USP19, NCKAP1 et FKBP4, des variants « recherche » candidats dans la DI, pour lesquels des études fonctionnelles sont en cours à l'heure actuelle grâce à des collaborations internationales.

  • Présentation d'une hémopathie lymphoïde B maligne avec coexistence d'une translocation t(14;18) et d'une translocation t(1;19) : un problème diagnostique    - Rozalska Laura  -  23 avril 2019  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Il existe deux types d'hémopathies lymphoïdes B malignes : les leucémies aigües lymphoblastiques (LAL) caractérisées par la prolifération de cellules B immatures et les lymphomes, caractérisés par la prolifération clonale d'un lymphocyte B mature. Le diagnostic est le plus souvent aisé grâce aux données morphologiques, immunophénotypiques, cytogénétiques et moléculaires mais il existe de rares cas où le diagnostic entre ces deux entités s'avère délicat.

    Matériels et méthodes : Nous rapportons le cas d'une patiente de 69 ans présentant une hémopathie lymphoïde B maligne de phénotype mature avec coexistence de deux anomalies cytogénétiques récurrentes dans les hémopathies : une translocation t(1;19)(q23;p13) et une translocation t(14;18)(q32;q21). Les hypothèses diagnostiques évoquées sont : une LAL B de novo avec t(14;18) et t(1;19), une transformation lymphoblastique d'un lymphome folliculaire avec acquisition secondaire de la t(1;19) ou une transformation d'un lymphome folliculaire en lymphome B à grandes cellules.

    Résultats : Notre patiente présente une hémopathie lymphoïde dont la morphologie sanguine fait évoquer un lymphome, alors que la morphologie médullaire est davantage en faveur d'une LAL. Le caryotype montre la coexistence d'une anomalie cytogénétique associée aux LAL, la t(1;19)(q23;p13) et d'une anomalie associée aux lymphomes folliculaires ou aux lymphomes diffus à grandes cellules B, la t(14;18)(q32;q21). Un réarrangement IGH-BCL2 est retrouvé en hybridation in situ en fluorescence et en biologie moléculaire. En revanche, nous n'avons pas mis en évidence de réarrangement de TCF3-PBX1 (que ce soit en FISH ou en biologie moléculaire), classiquement retrouvé dans les LAL avec t(1;19). L'immunophénotypage met en évidence une lymphoprolifération B mature avec une expression d'une immunoglobuline cytoplasmique et de surface. Nous avons classé cette hémopathie en LAL B de phénotype mature (B-IV selon la classification EGIL). L'hypothèse principale retenue est donc celle d'une transformation lymphoblastique d'un lymphome folliculaire occulte.

    Conclusion : Ce cas d'hémopathie lymphoïde B maligne de morphologie blastoïde et de phénotype mature nous a posé un problème diagnostique. Les données cytologiques, immunophénotypiques, cytogénétiques et moléculaires ne nous ont pas permis de statuer de façon certaine entre une LAL B de phénotype mature ou un lymphome B de haut grade. A notre connaissance, seuls quatre cas d'hémopathie lymphoïde B maligne présentant ces deux translocations t(1;19) et t(14;18) de façon concomitante ont été décrits dans la littérature. Ce cas illustre la complexité du diagnostic des hémopathies lymphoïdes B malignes et la nécessité d'une collaboration pluridisciplinaire afin d'établir le diagnostic le plus fiable possible.

  • Prévalence du portage de Klebsiella oxytoca dans les selles adressées pour recherche de Clostridium difficile    - Delamare Benoit  -  29 octobre 2018  - Thèse d'exercice

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    Les diarrhées post-antibiotiques sont une complication fréquente de l'utilisation des antibiotiques. Dans les cas sévères, elles peuvent être une cause significative de morbidité, particulièrement chez les patients âgés hospitalisés. Si Clostridium difficile est la cause la plus fréquente et reconnue de diarrhée post-antibiotique (10-20%), la majorité des cas restent indéterminés. Certaines K. oxytoca sont capables de produire une cytotoxine qui serai responsable d'une diarrhée hémorragique. Récemment cette toxine a été identifiée, son opéron cloné et séquencé, elle a été dénommée Tilivalline. Mais ni la prévalence des diarrhées post-antibiotique dues à K. oxytoca, ni la fréquence des souches toxinogènes n'ont été déterminées sur un échantillon important de patients jusqu'à ce jour en France.

    L'objectif principal de notre travail a été de déterminer la fréquence d'isolement de K. oxytoca toxinogène et hébergeant le gène de la tilivalline dans les selles diarrhéiques adressées au Laboratoire de Bactériologie Hygiène du CHU de Poitiers de mars 2017 à mars 2018 pour recherche de C. difficile.

    Les K.oxytoca étaient recherchées en culture sur gélose chromogène et le gène de la tilivalline détecté par PCR en temps réel. L'effet cytotoxique des K.oxytoca était recherché par la mise en contact d'un surnageant bactérien avec une culture cellulaire de cellule Hep2. 1645 patients ont été inclus dans cette étude entre Mars 2017 et Mars 2018. 108 C.difficile toxinogène ont été détectés parmi ces patients et 57 K.oxytoca ont été détectées en culture.

    La prévalence du portage de K. oxytoca chez les patients pour lesquels une selle diarhéique a été adressée au laboratoire pour recherche de C. difficile est de 3,5% (57/1645). Il n'y a pas plus de K.oxytoca chez les patients ayant reçu des antibiotiques dans les deux mois précédents l'infection (3,5%) que chez les patients n'ayant pas reçu d'antibiotiques (4%) (p = 0,36).

    Cette étude pilote n'a pas permis de mettre en évidence des arguments en faveurs du rôle pathogène de K.oxytoca en étudiant l'évolution des patients en fonction de leur traitement et de la présence ou non du gène de la tilivalline par manque d'effectif.

  • Intérêt de l'humeur vitrée dans la recherche des causes de la mort : analyses biochimiques et toxicologiques    - Sauvageon Ysé  -  19 octobre 2018  - Thèse d'exercice

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    L'objectif de ce travail était d'étudier l'intérêt de l'humeur vitrée comme matrice alternative lors de la recherche des causes de la mort. La première partie de l'étude présente les caractéristiques anatomiques et physiologiques de l'humeur vitrée et du sang périphérique, ainsi que les mécanismes de diffusion ante et post mortem et les données de pharmacocinétique. Les principaux marqueurs biochimiques et toxicologiques étudiés sont également présentés. La seconde partie décrit l'étude expérimentale mise en place sur une population autopsique. Des screenings par méthode ULC-HRMS avec détection par temps de vol ont été réalisés sur 252 échantillons d'humeur vitrée et de sang périphérique post mortem. Des quantifications ont été réalisées selon les molécules retrouvées lors des screenings. Les résultats qualitatifs et quantitatifs du sang périphérique et de l'humeur vitrée ont été comparés. Une étude quantitative sur l'éthylglucuronide a également été menée sur 30 échantillons d'humeur vitrée et de sang périphérique. Les résultats des quantifications des principaux marqueurs d'ischémie cardiaque sont également présentés. 27 échantillons autopsiques d'humeur vitré ont permis de quantifier les CK, les NT pro BNP, la myoglobine et la copeptine. L'humeur vitrée est une bonne matrice alternative pour la recherche qualitative de xénobiotiques. Il s'agit d'un milieu stable, peu sujet aux remaniements post mortem et aux contaminations bactériennes. Ainsi, la réalisation de screenings par méthode ULC HRMS permet de mettre en évidence la plupart des molécules présentes dans le sang périphérique. Certaines molécules comme la 6 MAM ou l'éthylglucuronide ont des cinétiques d'élimination retardée dans l'humeur vitrée du fait notamment de l'absence d'estérases dans ce milieu. Il apparait cependant difficile d'établir une corrélation entre les concentrations sanguines et vitréennes notamment pour certaines classes de molécules comme les antidépresseurs. De nombreux paramètres tels que le poids moléculaire, la charge, la liposolubilité, la liaison protéique et les modalités de prise des xénobiotiques influencent les concentrations vitréennes et sanguines. Concernant les marqueurs d'ischémie cardiaque, l'étude de l'ensemble de marqueurs, associées aux données de l'autopsie permettent d'orienter vers un décès dû à une ischémie cardiaque.

  • Place du diagnostic de Bartonella henselae dans le diagnostic des adénites infectieuses    - Pasini Sophie  -  03 juillet 2018  - Thèse d'exercice

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    Les objectifs de ce travail étaient de décrire l’épidémiologie des étiologies d’adénites ayant fait l’objet d’une recherche microbiologique au laboratoire du CHU de Poitiers, de décrire l’épidémiologie des cas de maladies des griffes du chat et d’évaluer de façon comparative deux techniques de PCR de Bartonella henselae.

    Matériel et Méthode

    Pour la première partie de cette étude, toutes les demandes d’analyses microbiologiques portant sur des ganglions envoyées au laboratoire de microbiologie du CHU de Poitiers entre le 01 janvier 2012 et le 31 mars 2018 ont été incluses. Pour la seconde partie de ce travail, 20 échantillons adressés au CNR des Rickettsia, Coxiella et Bartonella de Marseille pour recherche de B. henselae ont également été inclus afin d’évaluer les performances de deux PCR commerciales : le kit Bartonella spp/ B. henselae/ B. quintana d’EurobioPlex ® et le kit RealCycler de Progenie molecular ®.

    Résultats

    La population était répartie en 73 % d’adultes (n = 276) et 27 % d’enfants (n = 102) de moins de 15 ans. La moyenne d’âge de la population était de 39 ans [3 semaines-95 ans]. Sur les 378 prélèvements inclus, B. henselae était le principal agent des adénites infectieuses. Staphylococcus aureus ou des streptocoques étaient retrouvés chez 6 % des adultes et 22 % des enfants. Enfin, des mycobactéries étaient isolées dans 8 % des cas, non tuberculeuses principalement chez l’enfant (9 %) et tuberculeuses chez 5 % des adultes et 3 % des enfants. Les principaux diagnostics retenus chez l’adulte étaient dans 28 % des cas infectieux, dans 39 % tumoraux et 7 % en lien avec une maladie inflammatoire. Chez l’enfant, 66 % des étiologies étaient infectieuses et 10 % tumorales.

    Parmi les 146 patients pour lesquels une demande de PCR Bartonella était prescrite, 75 (51 %) étaient positifs en biologie moléculaire, principalement pendant la période automne/hivernale. L’âge moyen de la population était de 24,8 ans [1-70] avec un sex ratio de 1,85. Les adénopathies étaient périphériques pour 84 % de la population ; les polyadénopathies concernaient 12 % des cas ; associées à des signes généraux dans près de la moitié des cas. Un contact avec un ou plusieurs chats était décrit dans 64 % des cas (n = 48) et des griffures étaient rapportées chez 29 % de ces patients.

    Concernant les 20 prélèvements inclus dans l’étude comparative des deux PCR B henselae commerciales la concordance entre les résultats du CNR et le kit Progénie® était de 100 % et de 95 % avec kit Eurobio®.

    Conclusion

    B. henselae occupe une place importante dans le diagnostic des adénites infectieuses. La PCR est un outil rapide et performant qu’il va être intéressant de mettre en place au CHU de Poitiers. Aux vues des résultats obtenus dans ce travail, une prise en charge syndromique des adénopathies incluant en première intention une culture standard, une recherche de mycobactéries et une PCR B. henselae parait séduisante avec la possibilité de compléter en seconde intention en cas de négativité de ces examens par une PCR16 S.

  • Activité de l'isavuconazole sur des amibes libres du genre Acanthamoerba    - Eestermans Rémi  -  11 décembre 2017  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Les amibes libres du genre Acanthamoeba sont largement répandues dans l'environnement et peuvent provoquer des atteintes oculaires à type de kératite amibienne. L'objectif de cette étude a été de tester in vitro l'action d'un nouvel azolé, l'isavuconazole, sur différentes espèces d'Acanthamoeba.

    Matériel et méthodes : Des trophozoïtes et des kystes d'A. castellanii, A. hatchetti et A. lenticulata ont été mis en contact pendant 24 et 48h avec l'isavuconazole aux concentrations suivantes : 400µg/mL, 200µg/mL, 100µg/ml, 50µg/mL et 25µg/mL. Après incubation, la viabilité amibienne a été évaluée au bleu trypan. Les différentes formes de ces protozoaires ont également été déposées sur géloses non nutritives préalablement ensemencées avec une suspension d'Escherichia coli afin d'évaluer leur mobilité au microscope inversé.

    Résultats : Les trophozoïtes de l'espèce A. castellanii paraissent plus sensibles à l'isavuconazole que les autres espèces testées avec un effet sur leur mobilité à partir de 100µg/mL. Une diminution du nombre des trophozoïtes et des kystes a été notée lors de l'étude de la viabilité pour toutes les amibes testées. Au total, l'isavuconazole n'a pas permis une élimination complète des formes amibiennes, trophozoïtes ou kystes.

    Conclusion : L'isavuconazole ne serait donc pas destinée à être un traitement unique pour la kératite amibienne mais bien une aide supplémentaire, uniquement dans le cas d'infections dues à A. castellanii en association aux autres traitements déjà existants pour cette atteinte oculaire.

  • Test de sélection et morphologie des spermatozoïdes en Fécondation in Vitro selon les critères stricts de Kruger : étude prospective dans le laboratoire d'AMP du CHU de Caen en 2017    - Didon Samia  -  25 octobre 2017  - Thèse d'exercice

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    Il s'agit d'une étude prospective uni centrique réalisée dans le laboratoire de la Médecine de la Reproduction du CHU de Caen du 29 Novembre 2016 au 30 Juin 2017. Le personnel qui rendait jusqu'à fin Décembre2016 les résultats de spermocytogramme selon la classification de David modifiée, ont été formé et habilité aux rendus de ces résultats selon les critères stricts de Kruger recommandée par l'OMS. Mon étude a consisté à réaliser des lames de spermocytogramme avant et après migration le jour des tentatives des couples prévus en mi-FIV mi-ICSI qui avaient au moins 2 antécédents de stimulations simples ou d'inséminations intra-utérines. L'objectif de mon étude est d'évaluer l'impact de la morphologie des spermatozoïdes évaluée selon les critères stricts de Kruger sur le taux de fécondation en FIV et en ICSI et de tenter d'établir un valeur seuil de la morphologie de spermatozoïdes selon cette classification qui permettrait un passage direct en ICSI. Les résultats obtenus n'ont pas permis de montrer une différence significative entre le taux de fécondation en ICSI et en FIV en fonction de la morphologie des spermatozoïdes sur ce type de tentatives. Le seuil de Formes typiques des spermatozoïdes n'ayant pas pu être déterminé sur cet échantillon de patients retreint, il serait préférable de poursuivre l'étude sur une plus grande période avec l'inclusion d'un nombre plus important de spermes altérés.

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affiche de communication sur le dépôt des travaux d'étudiants : 215, c'est le nombre de fois où le réveil a sonné trop tôt cette année pour travailler sur mon mémoire. Franchement j'aimerai ne pas être le seul à l'avoir lu ! / Lionel Bernardin / idsworks.com
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