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Dans cette thèse, une méthode analytique innovante a été développée et validée pour la quantification simultanée de 82 molécules psychoactives (comprenant des antidépresseurs, des antipsychotiques et des benzodiazépines) dans le sang total. Cette méthode, basée sur la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution (LC-HRMS), permet d’optimiser les analyses en remplaçant les approches antérieures réalisées séparément pour chaque classe de molécules.

Le spectromètre de masse Orbitrap exploris 120 Thermo® a été choisi pour ses performances supérieures en termes de sensibilité, résolution et précision par rapport au spectromètre de masse 3200 Qtrap Sciex ®. L’utilisation de microplaques 96 puits pour la déprotéinisation et l’élimination des phospholipides a permis de simplifier le processus d’extraction et d’éliminer plusieurs étapes manuelles potentiellement sources d’erreur.

Les résultats obtenus démontrent que cette nouvelle méthode offre une excellente répétabilité et linéarité, tout en garantissant une haute spécificité, même pour des matrices complexes. Elle répond ainsi aux exigences d’accréditation COFRAC et peut être intégrée dans les procédures de routine du laboratoire.

Le développement d'une méthode commune pour la détection des médicaments psychoactifs est un avantage pour un laboratoire de toxicologie car ces substances sont souvent associées dans des traitements combinés ou retrouvées conjointement dans des cas d'intoxication en clinique ou lors d'expertises médico-légales. Ces substances, couramment prescrites pour divers troubles psychiatriques, sont également impliquées dans des situations d'abus ou de surdosage, ce qui les rend parfois urgentes à quantifier. Cette nouvelle méthode permettra d'améliorer la prise en charge des échantillons de patients ou d’expertises médico-légales tout en facilitant le travail pour le personnel du laboratoire.

Introduction : Le MM se caractérise par l’apparition et l’accumulation dans la MO de clones de cellules plasmocytaires malignes. A l’heure actuelle, l’immunophénotypage ce ces cellules par CMF au diagnostic permet d’affirmer la malignité du clone de par l’expression de marqueurs phénotypiques bien établis et de par la monotypie de la chaîne légère ; tandis que le NGS évalue le pronostic. Cependant à l’heure actuelle, les recommandations sur l’utilisation de la CMF dans le suivi de la MRD du MM ne sont pas établies. L’objectif de ce travail est d’effectuer un état des lieux de la robustesse de la cytométrie plasmocytaire dans le suivi de la MRD au CHU de Poitiers, ce qui m’a permis dans un second temps d’optimiser un panel d’immunophénotypage pour le diagnostic et le suivi de ces patients sur un nouvel automate de CMF Sysmex® XF-1600 à 10 couleurs.

Méthodes : Nous avons mené une étude rétrospective sur 267 patients suivi en CMF pour une MRD myélome multiple au CHU de Poitiers, prélevés entre le 01/09/2017 et le 29/02/2024, pour un total de 599 échantillons de MO. Les données cytométriques et les analyses statistiques nous ont permis d’élaborer le premier panel plasmocytaire sur l’automate Sysmex® XF-1600 en utilisant leurs anticorps tant que possible.

Résultats : La CMF possède une grande applicabilité (> 95%), une bonne spécificité avec une forte VPP et une forte VPN. Malgré une LOD à 10-4, une bonne concordance avec le NGS (LOD à 10-6) a été observée. Le principal facteur limitant de l’application de la CMF mis en évidence dans notre étude est l’hémodilution. Suite à l’analyse de ces résultats globaux, nous avons réussi à établir le premier panel plasmocytaire sur le XF-1600 en surmontant quelques contraintes : (i) suivre les recommandations des sociétés savantes en intégrant dans le panel CD38, CD138, CD45, CD19, CD56, CD117, CD28, CD27, CD81 et les chaînes légères kappa et lambda ; (ii) 11 anticorps pour seulement 10 fluorochromes, ce qui nous a amené à devoir valider le couplage du CD28 BD® avec le CD117 BD® car nous voulions designer ce panel en deux tubes composés des mêmes anticorps membranaires avec comme seule différence, l’intégration des chaînes légères en marquage intra-cytoplasmique pour le deuxième tube, ceci dans le but d’une préparation future par le préparateur automatisé PS-10 Sysmex® ; (iii) choisir un CD38 Sysmex® et un CD38 multiépitope BD® du même fluorochrome FITC.

Conclusion : La CMF a toute sa place dans le suivi de la MRD du MM de par sa disponibilité, ses bonnes performances analytiques et son coût. Son utilisation impose une stratégie de gestion de l’hémodilution. Nous sommes le premier CHU à valider un panel plasmocytaire sur le XF-1600 avec 8 anticorps Sysmex®. La mise en place de la NGF Euroflow® avec la macro-lyse, une technique standardisée, nous permettrait d’augmenter la LOD à 10-5 pour le suivi de la MRD.

L'avènement des techniques de biologie moléculaire a permis de mettre en exergue la responsabilité des virus entériques dans la survenue de diarrhées infectieuses chez le patient immunodéprimé. L'objectif de ce travail était d'évaluer la pertinence de l'utilisation d'une méthode PCR d'approche syndromique dans le cadre du diagnostic microbiologique d'une diarrhée infectieuse, en la comparant à un test d'immunochromatographie utilisé pour la détection de virus entériques à partir d'échantillons de selles recueillies de façon prospective & issues de patients immunodéprimés et non immunodéprimés.

183 échantillons de selles liquides ont été testés, issus de 155 patients dont 87 étaient considérés comme immunodéprimés. La comparaison des méthodes diagnostiques a permis de montrer une très bonne concordance entre le panel de PCR multiplex Allplex GI Virus Assay de Seegene et le test comparateur immunochromatographique Rida Quick pour la recherche des adénovirus 40/41 (κ = 0.861) et des rotavirus du groupe A (κ = 0.957) dans les selles, ainsi qu'une bonne concordance pour la détection des norovirus GI/GII (κ = 0.614). Les performances diagnostiques du test Allplex GI Virus Assay offrent la possibilité de mettre en évidence des infections qui étaient autrefois ignorées ou non recherchées telles que les infections à sapovirus ainsi que des co-infections pour laquelle le Cycle Threshold constitue une aide à l'interprétation des résultats.

Le virus Usutu (USUV) est un arbovirus émergent en Europe et en France. Cet Orthoflavivirus transmis majoritairement par les moustiques Culex est maintenu dans l’avifaune sauvage selon un cycle enzootique. Le virus est inoculé au niveau de la peau de l’Homme, hôte accidentel et impasse épidémiologique, lors de la piqure d’un moustique infecté. Les kératinocytes, cellules résidentes de l’épiderme sont permissifs à l’infection par l’USUV et disposent de récepteurs de l’immunité innée permettant d’induire une réponse antivirale. L’épiderme non vascularisé est un organe hypoxique. Les cellules évoluant dans cet environnement mettent en place des mécanismes d’adaptation notamment via l’activation de la voie des facteurs induits par l’hypoxie (HIFs). Les HIFs augmentent l’expression de nombreux gènes dont des gènes impliqués dans le métabolisme glucidique, l’angiogenèse et l’érythropoïèse. Ils jouent aussi un rôle dans la modulation de la réponse immunitaire innée. Les virus étant des parasites obligatoires cellulaires, leur réplication est intimement liée au métabolisme cellulaire. Des données préliminaires ont montré que la stabilisation des HIFs semble favoriser la réplication d’USUV. L’objectif de ce travail de thèse était d’étudier l’impact de l’expression des HIFs sur la réplication virale, la réponse inflammatoire viro-induite ainsi que sur l’adaptation cellulaire.

Des cellules issues de lignées kératinocytaires ont été transduites par un lentivecteur permettant de sous-exprimer HIF-1α (shHIF1) ou HIF-2α (shHIF2). La sous-expression des HIFs a été contrôlée sur les plans transcriptionnel et protéomique. Les cellules shHIF1 présentaient une réduction de l’expression des gènes impliqués dans l’adaptation cellulaire et une augmentation de celle des IFNs de types I et III ainsi que des ISGs lors de la stimulation par le DiMéthylOxalylGlycine (DMOG), molécule hypoximimétique stabilisant les HIFs. Lors de l’infection des cellules shHIF1 par l’USUV, une diminution de la quantité d’ARN viral dans les nappes et surnageants cellulaires ainsi que de la production des particules virales infectieuses est observée à 24 heures post-infection. En parallèle, une augmentation de la réponse inflammatoire viro-induite au même temps est mise en évidence. Pour les cellules shHIF2, il n’a pas été observé de modifications notables de la réplication virale, ni de l’expression des gènes impliqués de l’adaptation cellulaire lors de l’infection par l’USUV.

Ces données suggèrent un impact de la sous-expression d’HIF-1α au cours de l’infection des kératinocytes par l’USUV ainsi que sur la réponse inflammatoire viro-induite. Des études complémentaires seraient nécessaires pour identifier les mécanismes impliqués dans cet effet.

Le lymphome primitif du système nerveux central (LPSNC) est un sous-type rare de lymphome non-hodgkinien extra-ganglionnaire, majoritairement de type lymphome B diffus à grandes cellules, confiné à l'encéphale, l'œil, la moelle épinière et aux méninges, en l'absence d'atteinte systémique. À côté d'une clinique peu spécifique, l'imagerie par résonance magnétique cérébrale n'offre que des éléments d'orientation diagnostique, le diagnostic définitif reposant sur l'analyse histologique et immunohistochimique d'une biopsie stéréotaxique. Or cette dernière peut être mise en échec. La confrontation de ces données avec des marqueurs biologiques, dont le dosage dans le liquide céphalorachidien (LCR), de l'interleukine-10 (IL-10), une cytokine immunosuppressive, peut s'avérer utile au diagnostic et même au suivi. L'activation constitutive de JAK/STAT3 est commune à plusieurs clusters de regroupement multi-omique des LPSNC. Or, le taux d'IL-10 dans le LCR de LPSNC serait un marqueur de l'activité de STAT3. Nous avons donc cherché à évaluer la performance du dosage de cette cytokine en condition réelle de pratique hospitalière, c'est-à-dire pour des cas de diagnostic prouvé, ou non, à l'histologie. Nous avons cherché à mesurer l'impact sur ces dosages d'une corticothérapie préalable et d'un éventuel transsudat. Matériel et méthode. Notre étude rétrospective porte sur le dosage dans le LCR de l'IL-10, conjointement à celui de la cytokine pro-inflammatoire IL-6, réalisés entre 2012 et 2022, dosages effectués chez 30 patients diagnostiqués LPSNC, chez 15 patients atteints de lymphomes secondaires du SNC (LSSNC), chez 31 patients souffrant d'autres pathologies neurologiques entrant dans le cadre du diagnostic différentiel. Nous avons adopté pour le dosage de l'IL-10 et du rapport IL-10/IL-6, les seuils préétablis de publications utilisant la même technique que la nôtre, respectivement 8,2 pg/mL et 0,72. Résultats. En excluant du groupe des témoins les LSSNC, la sensibilité et la spécificité du dosage de l'IL-10 sont toutes deux de 90%. Concernant le ratio IL-10/IL-6, la sensibilité et la spécificité ont été respectivement de 91% et 82%. La concentration médiane d'IL-10 a été de 34 chez les malades versus 9 chez les témoins. La valeur médiane du ratio a été de 6,16 pour les malades contre 0,64. Nous avons cherché à articuler le dosage de l'IL-10 à la valeur du ratio au travers d'algorithmes booléens et de machine learning mais sans succès, du fait de nombreux cas de ratio ininterprétables et de l'absence de cohorte de validation. Le transsudat a tendance à impacter le dosage d'IL-10 (p=0,053). L'absence d'impact des corticoïdes sur le dosage d'IL-10 (p=0,80) doit être tempérée par la grande dispersion du dosage, l'absence de données longitudinales sur un même patient, et la petite taille de la cohorte.

Le paludisme est la première endémie parasitaire mondiale. P. falciparum est l’espèce la plus fréquemment impliquée et responsable de la quasi-totalité des formes graves, nécessitant une hospitalisation en unité de soins intensifs. La recherche sur l’immunité anti-plasmodiale a récemment démontré une action importante du complément et de l’immunité humorale mais l’ensemble des déterminants impliqués ne sont pas élucidés. Nous avons fortuitement mis en évidence la présence d’un anti-isoleucyl synthétase (anti-OJ) dans le sérum d’un patient présentant un accès palustre, possible reflet indirect de l’immunité humorale anti-Plasmodium, les synthétases étant préservées au sein du vivant. Nous avons cherché à déterminer la prévalence des anticorps anti-synthétases (AAS) chez des patients infectés et les liens entre AAS, sévérité de l’infection et développement d’un syndrome des anti-synthétases à distance de l’infection.

Cinquante sérums de patients présentant un accès palustre entre Septembre 2016 et Mai 2023 ont été recueillis au CHU de Poitiers et au CHU de la Réunion. Les sérums ont été analysés rétrospectivement par immunofluorescence indirecte sur cellules Hep-2 et par DOT synthétase évaluant la présence de 8 AAS connus, d’anti-SRP et d’anti-ribosomes. Un recueil des données démographiques et cliniques des patients a été fait à partir de leurs dossiers informatisés.

Les patients infectés par le paludisme présentaient un taux d’AAS plus élevé que notre population témoin (46% vs 5%). Les anticorps principalement présents étaient des anti-OJ, habituellement retrouvés dans le syndrome des anti-synthétases (SAS) mais avec une très faible prévalence. La cinétique des AAS réalisée sur des sérums distants indiquait une décroissance du taux d’anticorps jusqu’à une éventuelle perte. Cela semble cohérent avec le fait que les sujets ne semblaient pas développer un SAS à distance. Au sein de la population ayant eu un accès palustre, la comparaison de diverses variables démographiques et cliniques entre les cas négatifs, sans AAS circulant, et les cas positifs, ne montrait pas de différences significatives. Cependant, la population positive pour les AAS présentait presque trois fois moins de paludisme grave que la population négative.

Nous avons démontré que la population atteint de paludisme aigu présente significativement plus d’AAS que la population générale et cela interroge sur leur rôle dans l’immunité humorale anti-palustre. Par ailleurs, la présence d’AAS pourrait être un marqueur pronostique de cette infection, bien que cela n’ait pas été démontré significativement dans notre étude. De futures analyses pour augmenter la puissance de la cohorte apparaît nécessaire.

La vaginose bactérienne, se définit comme une modification quantitative et qualitative du microbiote vaginal. Le score de Nugent qui consiste en une évaluation des morphotypes bactériens colorés au Gram est l'outil diagnostic de référence, mais cette technique doit reposer sur du personnel médico-technique expérimenté. La biologie moléculaire, encore peu évaluée à ce jour, propose une nouvelle approche pour ce diagnostic complexe. L'objectif de cette étude était double. D'une part, évaluer la fiabilité d'une lecture du score de Nugent réalisée par un technicien au laboratoire. D'autre part, comparer une technique de PCR multiplexe automatisée quantitative par rapport au score de Nugent.

Au total, 78 prélèvements pour lesquels nous disposions d'une lame et d'un eSwab® ont été inclus. Les résultats de la lecture du score de Nugent réalisée en routine par le technicien ont été comparés aux résultats d'une lecture “consolidée” (double lecture technicien-biologiste, confirmée par un 3e opérateur sénior en cas de discordance). L'accord entre la lecture de routine et la lecture consolidée était « fort » avec un κ de Cohen à 0,768 (0,595−0,941) Cinq vaginoses (28%) n'étaient pas dépistées en lecture unique p = 0,3 (ns).

Les résultats obtenus par la PCR Bacterial Vaginosis Plus Assay d'AllplexTM (Seegene®) réalisée sur la plateforme automatisée STARlet (Eurobio®) ont été comparés au score de Nugent consolidé. La concordance entre la PCR et le score consolidé était presque parfaite, κ = 0,862, (IC 0,775−1).

Dans cette étude, Seegene AllplexTM BV Plus Assay a présenté des résultats comparables à la technique de référence. Son coût est élevé (>10€). Cependant, la PCR étant un outil facile d'utilisation, sa mise en place dans notre centre est envisagée. Toutefois, un échange préalable avec les gynécologues est souhaitable pour uniformiser les techniques à mettre en oeuvre devant chaque situation clinique.

Introduction : La transmission intra-hospitalière des bactéries et de leurs résistances, à partir d'infections nosocomiales ou de colonisations, est un sujet préoccupant. La surveillance épidémiologique s'appuie sur des outils de typage permettant de relier des souches apparentées, et ainsi déceler les chaînes de transmission lors d'épidémies, et de mettre en évidence l'acquisition de résistances au sein d'une souche. Ce travail évalue et compare les performances de trois méthodes de typage moléculaire applicables en routine hospitalière, envers Pseudomonas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae, l'une reposant sur la PCR et les deux autres reposant sur les données de séquençage NGS.

Matériel et méthodes : Trois binômes de souches, issues de trois patients ayant séjourné dans deux centres hospitaliers français, mais présentant entre elles des profils de résistance différents pour les associations C3G-inhibiteurs de β-lactamase, ont été étudiés dans un premier temps sur la base de la RAPD. Dans un deuxième temps, un séquençage génome entier sur MinION, suivi d'un assemblage par Trycycler, a permis de réaliser un typage selon les approches MLST et cgMLST. Enfin les trois méthodes ont été comparées sur la base de leur pouvoir discriminant.

Résultats : Un binôme de P.aeruginosa et deux binômes de K. pneumoniae ont été typés. Le typage par RAPD et MLST a relié les souches du binôme de P.aeruginosa et celles d'un des deux binômes de K. pneumoniae. Cependant, l'analyse cgMLST a révélé que la distance génétique, basée sur un nombre important de gènes, paraissait trop grande pour pouvoir relier ces souches entre elles. Ces résultats ont suggéré que le cgMLST pourrait avoir un meilleur pouvoir discriminant que les deux autres méthodes, mais étaient à interpréter au regard de l'effectif et de la qualité de séquençage.

Conclusion : Le typage par cgMLST sur données de séquençage Nanopore semble être un outil de typage performant, ayant montré que les souches des binômes qui semblaient apparentées n'étaient probablement pas reliées entre elles. Cette méthode pourrait devenir un nouvel outil de surveillance épidémiologique, probablement en deuxième intention lorsque la RAPD n'est pas suffisante.

Introduction : L'infertilité, touchant actuellement près d'un couple sur six, est en augmentation croissante, l'étiologie restant inexpliquée dans près de 20% des cas. Si la bactériospermie a longtemps été considérée comme pathogène, l'avènement et le développement de l'analyse du microbiote par séquençage à haut débit ont permis la compréhension de son implication en physiologie et physiopathologie humaines. L'étude plus récente du microbiote spermatique laisse entrevoir sa possible influence sur la qualité des gamètes et par conséquent la fertilité masculine mais ne permet pas d'en avoir une compréhension non controversée. Dans ce contexte, l'objectif du présent travail était i/ de comprendre l'impact de plusieurs facteurs du mode de vie sur la composition du microbiote spermatique ; et ii/ d'étudier son évolution, chez des patients suivis en AMP pour infertilité.

Matériel et méthode : Cette étude prospective a inclus les patients en infertilité, de 18 à 60 ans, venant réaliser un spermogramme du 1er mai au 31 décembre 2021 au sein du centre d'AMP du CHU de Poitiers, à l'exception des patients au prélèvement disponible pour analyse inférieur à 1,5 mL. Les prélèvements étaient réalisés lors des différents recueils effectués par les patients au cours de leur suivi en AMP jusqu'au 31 mars 2022, parallèlement au remplissage d'un questionnaire dédié. Après extraction des acides nucléiques des échantillons, les régions V1 à V3 de l'ADNr 16S ont été séquencées sur plateforme Illumina MiSeq. Après traitement bio-informatique, les diversités alpha et bêta ainsi que la répartition taxonomique bactérienne spécifique ont été analysées par les tests statistiques appropriés.

Résultats : Quatre-vingt-quinze échantillons ont été séquencés, issus de 45 patients dont 21 (47%) ont obtenu une grossesse au cours du suivi. Lactobacillus était le genre prédominant suivi de Microbacterium, Peptoniphilus, Prevotella, Methylobacterium-Methylorubrum, Fenollaria, Finegoldia et Streptococcus. Une diversité augmentée était associée à un IMC ≥ 30, à une consommation importante de graisses ainsi qu'à une absence de grossesse et à une numération spermatique anormale. La diversité bêta était significativement différente en cas de stress « thermique » ainsi que pour l'issue de grossesse. Enfin, Staphylococcus spp. était significativement augmenté en l'absence de grossesse au cours de la prise en charge sur la période d'étude.

Discussion : Ce travail est le premier à étudier l'impact d'autant de facteurs du mode de vie sur le microbiote spermatique. L'augmentation significative du genre Staphylococcus en cas de non-obtention de grossesse au cours du suivi en AMP interroge sur sa responsabilité et la nécessité d'un traitement lors d'infertilité. A l'inverse du microbiote intestinal, la richesse du microbiote spermatique semble associée à une moindre qualité des gamètes (et donc possiblement de la fertilité). En plus de l'alimentation, la pratique du sport, la consommation de tabac, le stress tant « horaire » que « thermique » modifient le microbiote spermatique, ce qui semble à considérer dans la recherche des causes d'infertilité. En conclusion, ces résultats apportent de nouvelles pistes d'investigation ainsi que des arguments quant à l'utilisation de probiotiques ou autres thérapeutiques lors d'études interventionnelles ultérieures.