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Les objectifs de ce travail étaient de décrire l’épidémiologie des étiologies d’adénites ayant fait l’objet d’une recherche microbiologique au laboratoire du CHU de Poitiers, de décrire l’épidémiologie des cas de maladies des griffes du chat et d’évaluer de façon comparative deux techniques de PCR de Bartonella henselae.

Matériel et Méthode

Pour la première partie de cette étude, toutes les demandes d’analyses microbiologiques portant sur des ganglions envoyées au laboratoire de microbiologie du CHU de Poitiers entre le 01 janvier 2012 et le 31 mars 2018 ont été incluses. Pour la seconde partie de ce travail, 20 échantillons adressés au CNR des Rickettsia, Coxiella et Bartonella de Marseille pour recherche de B. henselae ont également été inclus afin d’évaluer les performances de deux PCR commerciales : le kit Bartonella spp/ B. henselae/ B. quintana d’EurobioPlex ® et le kit RealCycler de Progenie molecular ®.

Résultats

La population était répartie en 73 % d’adultes (n = 276) et 27 % d’enfants (n = 102) de moins de 15 ans. La moyenne d’âge de la population était de 39 ans [3 semaines-95 ans]. Sur les 378 prélèvements inclus, B. henselae était le principal agent des adénites infectieuses. Staphylococcus aureus ou des streptocoques étaient retrouvés chez 6 % des adultes et 22 % des enfants. Enfin, des mycobactéries étaient isolées dans 8 % des cas, non tuberculeuses principalement chez l’enfant (9 %) et tuberculeuses chez 5 % des adultes et 3 % des enfants. Les principaux diagnostics retenus chez l’adulte étaient dans 28 % des cas infectieux, dans 39 % tumoraux et 7 % en lien avec une maladie inflammatoire. Chez l’enfant, 66 % des étiologies étaient infectieuses et 10 % tumorales.

Parmi les 146 patients pour lesquels une demande de PCR Bartonella était prescrite, 75 (51 %) étaient positifs en biologie moléculaire, principalement pendant la période automne/hivernale. L’âge moyen de la population était de 24,8 ans [1-70] avec un sex ratio de 1,85. Les adénopathies étaient périphériques pour 84 % de la population ; les polyadénopathies concernaient 12 % des cas ; associées à des signes généraux dans près de la moitié des cas. Un contact avec un ou plusieurs chats était décrit dans 64 % des cas (n = 48) et des griffures étaient rapportées chez 29 % de ces patients.

Concernant les 20 prélèvements inclus dans l’étude comparative des deux PCR B henselae commerciales la concordance entre les résultats du CNR et le kit Progénie® était de 100 % et de 95 % avec kit Eurobio®.

Conclusion

B. henselae occupe une place importante dans le diagnostic des adénites infectieuses. La PCR est un outil rapide et performant qu’il va être intéressant de mettre en place au CHU de Poitiers. Aux vues des résultats obtenus dans ce travail, une prise en charge syndromique des adénopathies incluant en première intention une culture standard, une recherche de mycobactéries et une PCR B. henselae parait séduisante avec la possibilité de compléter en seconde intention en cas de négativité de ces examens par une PCR16 S.

Introduction : Les amibes libres du genre Acanthamoeba sont largement répandues dans l'environnement et peuvent provoquer des atteintes oculaires à type de kératite amibienne. L'objectif de cette étude a été de tester in vitro l'action d'un nouvel azolé, l'isavuconazole, sur différentes espèces d'Acanthamoeba.

Matériel et méthodes : Des trophozoïtes et des kystes d'A. castellanii, A. hatchetti et A. lenticulata ont été mis en contact pendant 24 et 48h avec l'isavuconazole aux concentrations suivantes : 400µg/mL, 200µg/mL, 100µg/ml, 50µg/mL et 25µg/mL. Après incubation, la viabilité amibienne a été évaluée au bleu trypan. Les différentes formes de ces protozoaires ont également été déposées sur géloses non nutritives préalablement ensemencées avec une suspension d'Escherichia coli afin d'évaluer leur mobilité au microscope inversé.

Résultats : Les trophozoïtes de l'espèce A. castellanii paraissent plus sensibles à l'isavuconazole que les autres espèces testées avec un effet sur leur mobilité à partir de 100µg/mL. Une diminution du nombre des trophozoïtes et des kystes a été notée lors de l'étude de la viabilité pour toutes les amibes testées. Au total, l'isavuconazole n'a pas permis une élimination complète des formes amibiennes, trophozoïtes ou kystes.

Conclusion : L'isavuconazole ne serait donc pas destinée à être un traitement unique pour la kératite amibienne mais bien une aide supplémentaire, uniquement dans le cas d'infections dues à A. castellanii en association aux autres traitements déjà existants pour cette atteinte oculaire.

Il s'agit d'une étude prospective uni centrique réalisée dans le laboratoire de la Médecine de la Reproduction du CHU de Caen du 29 Novembre 2016 au 30 Juin 2017. Le personnel qui rendait jusqu'à fin Décembre2016 les résultats de spermocytogramme selon la classification de David modifiée, ont été formé et habilité aux rendus de ces résultats selon les critères stricts de Kruger recommandée par l'OMS. Mon étude a consisté à réaliser des lames de spermocytogramme avant et après migration le jour des tentatives des couples prévus en mi-FIV mi-ICSI qui avaient au moins 2 antécédents de stimulations simples ou d'inséminations intra-utérines. L'objectif de mon étude est d'évaluer l'impact de la morphologie des spermatozoïdes évaluée selon les critères stricts de Kruger sur le taux de fécondation en FIV et en ICSI et de tenter d'établir un valeur seuil de la morphologie de spermatozoïdes selon cette classification qui permettrait un passage direct en ICSI. Les résultats obtenus n'ont pas permis de montrer une différence significative entre le taux de fécondation en ICSI et en FIV en fonction de la morphologie des spermatozoïdes sur ce type de tentatives. Le seuil de Formes typiques des spermatozoïdes n'ayant pas pu être déterminé sur cet échantillon de patients retreint, il serait préférable de poursuivre l'étude sur une plus grande période avec l'inclusion d'un nombre plus important de spermes altérés.

Introduction : Les tests ImmunoCAP® permettant le dosage des IgE spécifiques des composants allergéniques existent depuis peu, mais ils sont de plus en plus nombreux et semblent promettre une aide conséquente au sein de la démarche diagnostique des allergies.

Objectif : L'objectif était de relever la performance de chaque test concernant les allergies alimentaires aux végétaux afin de déterminer leur utilité, puis de proposer une stratégie décisionnelle au sein du laboratoire d'immunologie.

Méthode : Analyse de la littérature dans Pubmed. Recherche d'études robustes utilisant les tests ImmunoCAP® si possible, et comparaison des performances diagnostiques observées.

Résultats : Les études sont nombreuses et assez robustes pour l'arachide, la noisette et le blé, et mettent en évidence de bons marqueurs : rAra h 2, rCor a 14, nCor a 9 et rTri a 19. Pour les autres aliments, les études ne permettent pas de conclure de façon assez concrète, mais dégagent des tendances ainsi que des pistes pour des travaux futurs.

Conclusion : Les nouveaux tests ImmunoCAP® doivent être triés car ne semblent pas tous utiles en première intention. Même si l'on commence à comprendre l'implication de certains allergènes, les travaux sont à poursuivre pour les autres afin de tous les connaître.

Introduction : Les traumatismes crâniens constituent un problème majeur de santé publique en France. La tomodensitométrie cérébrale demeure l’examen de référence dans la détection de lésions cérébrales post-traumatiques. Le but de ce travail a été d’évaluer l’intérêt du dosage de la protéine S100B comme marqueur d’exclusion de lésions cérébrales dans la prise en charge des patients admis dans un service d’accueil des urgences pour un traumatisme crânien léger.

Matériels et méthodes : Une étude prospective observationnelle a été menée au Centre Hospitalier de Lorient sur 57 patients admis au service d’accueil des urgences pour un traumatisme crânien léger avec indication de scanner cérébral selon les recommandations françaises en vigueur. Les résultats du scanner ont été comparés avec ceux du dosage sérique de la protéine S100B dans les trois heures suivant le traumatisme.

Résultats : 10 patients sur 57 ont présenté des lésions intracrâniennes au scanner cérébral. Avec un seuil de positivité de 0,15 μg/L, la sensibilité et la valeur prédictive négative de la protéine S100B sont de 100%, tandis que la spécificité n’est que de 20%. Sur 41 scanners ne devant pas être réalisés en urgence, 7 auraient pu être évités, soit 17%, sans différence de coût significative.

Conclusion : L’intégration du dosage sérique de la protéine S100B dans la prise en charge des patients présentant un traumatisme crânien léger pourrait permettre de réduire le nombre de scanners cérébraux réalisés, sans surcoût évident.

Introduction : Depuis près d'un siècle maintenant, le traitement de référence des accès palustres à P. vivax est la chloroquine en Amérique du Sud. La présence de parasites résistants a été rapportée dans plusieurs pays de la région amazonienne. L'objectif de cette étude est d'évaluer si la résistance existe en Guyane en associant une évaluation rétrospective de l'efficacité thérapeutique et une analyse des parasitémies récurrentes chez des patients non suivis mais revenant avec de la fièvre.

Matériel et méthodes : Les dossiers des patients avec une infection à P. vivax confirmée par microscopie et une température supérieure à 37,5 °C ont été analysés à l'Hôpital de Cayenne entre mars 2009 et octobre 2015. Le suivi des patients et la classification des réponses thérapeutiques ont été réalisés selon le protocole recommandé par l'OMS. Le génotype de pvmdr1 (séquence et nombre de copies du gène) a été analysé sur les échantillons résistants.

Résultats : Après 28 jours de suivi de 172 patients, 164 patients ont présenté une réponse clinique et parasitologique adéquate. Huit cas d'échec thérapeutique ont été identifiés (5 %, n=8/172), tous après J14. L'efficacité thérapeutique de la chloroquine a été évaluée à 95 % (95 % CI 91,7-98,3 ; n=164/172). Au sein de ces huit échecs, cinq ont été caractérisés : deux cas de résistance parasitaire (1,2 % ; 95 % CI 0-2,8 ; n=2/172) et trois patients avec une concentration subthérapeutique en chloroquine ont été observés. Aucune mutation généralement associée à la résistance n'a été identifiée dans le gène pvmndr1 chez les parasites résistants.

Discussion : La résistance de P. vivax à la chloroquine en Guyane existe mais son niveau ne nécessite pour l'heure aucun changement dans les recommandations thérapeutiques. Cependant pour limiter la dispersion de ces parasites résistants, la primaquine devrait être davantage prescrite. Par ailleurs, un marqueur moléculaire de résistance reste encore à identifier pour pouvoir surveiller plus facilement l'évolution de cette résistance dans la région.

La fièvre est un motif fréquent de consultation aux urgences pédiatriques. Les pathologies virales en sont la cause la plus fréquente mais elle peut également être le signe d’une infection bactérienne sévère. Le diagnostic de ces infections chez les enfants de bas âge est parfois difficile. Des tests biologiques tels que le dosage de la protéine C réactive, de la procalcitonine et la numération formule sanguine aident pour le diagnostic mais ne sont pas toujours suffisants. Aujourd’hui, les automates d’hématologie cellulaire fournissent d’autres informations en supplément de l’hémogramme : les paramètres de recherche. Les paramètres de recherche leucocytaires sont la réactivité des polynucléaires neutrophiles exprimée en fluorescence (Neut-RI), le taux d’immatures granuleux (IG#), les pourcentages de monocytes activés parmi les monocytes et les leucocytes (Act-Mono% of Mono et Act-Mono% of WBC respectivement), les pourcentages de lymphocytes réactifs parmi les lymphocytes et les leucocytes (Re-Lymph% of Lymph et Re-Lymph% of WBC) ainsi que les pourcentages de lymphocytes sécréteurs d’anticorps parmi les lymphocytes et les leucocytes (AS-Lymph% of Lymph et AS-Lymph% of WBC). Le Delta-He, paramètre érythrocytaire, est la différence entre le contenu en hémoglobine des réticulocytes et des globules rouges. L’objectif de cette étude était de déterminer si ces paramètres de recherche pouvaient aider à distinguer infections virales et infections bactériennes chez des enfants âgés de 1 mois à 5 ans.

Nous avons étudié une cohorte prospective de 111 enfants (31 témoins, 54 infections bactériennes et 26 infections virales) âgés de 1 mois à 5 ans sur l’automate XN-9000 (Sysmex®). Les données ont été réparties selon le statut infecté (par un agent bactérien ou viral) ou non et par tranche d’âge (1 mois à 3 mois, 3 mois à 12 mois et 1 an à 5 ans) car l’hémogramme varie en fonction de l’âge. Seule la cohorte de 1 à 5 ans a pu être comparée au groupe témoin.

Concernant la distinction des patients infectés par rapport aux témoins, pour la tranche d’âge 1 à 5 ans, des différences ont été observées à l’hémogramme : les patients infectés ont des taux significativement supérieurs de leucocytes, de polynucléaires neutrophiles, de monocytes et un rapport neutrophiles/lymphocytes à l’hémogramme augmenté. Des différences significatives ont également été observées dans ce même groupe d’âge pour les paramètres de recherche suivants : le Neut-RI (p<0.0001 pour les infections virales et p=0.006 pour les infections bactériennes), le IG# (p<0.0001 et p=0.002), les paramètres Act-Mono% of Mono (p<0.0001 et p=0.007) et Act-Mono% of WBC (p<0.0001 et p=0.001) ainsi que le Delta-He (p<0.0001 et p=0.028). Les paramètres leucocytaires sont supérieurs lors d’une infection tandis que le Delta-He diminue.

Concernant la distinction des infections bactériennes et des infections virales, il y a des différences significatives à l’hémogramme pour les enfants âgés de 1 à 3 mois uniquement. Dans la tranche d’âge 1 à 3 mois, des différences significatives ont été mises en évidence pour les paramètres IG# (p=0.0047), Re-Lymph% of WBC (p=0.032), AS-Lymph% of Lymph (p=0.009) et AS-Lymph% of WBC (p=0.004). Dans la tranche d’âge 3 à 12 mois, les paramètres Re-Lymph% of Lymph (p=0.049) et AS-Lymph% of Lymph (p=0.028) sont significativement supérieurs dans les infections virales. Dans la tranche d’âge 1 à 5 ans, les paramètres de recherche de la lignée lymphocytaire Re-Lymph% of Lymph (p=0.033), Re-Lymph% of WBC (p=0.019), AS-Lymph% of Lymph (p=0.002) et AS-Lymph% of WBC (p=0.003) sont augmentés de façon significative dans les infections virales par rapport aux infections bactériennes.

Ces paramètres pourraient ainsi être utilisés dans un algorithme ou un score dans le but d’un dépistage prospectif précoce lors de la réalisation de l’hémogramme pour les enfants fébriles consultant en pédiatrie. En effet, chez les enfants âgés de 1 an à 5 ans, un Delta-He diminué avec un AS-Lymph % of Lymph peu modifié semble être en faveur d’une infection bactérienne, tandis qu’un Delta-He diminué avec un AS-Lymph % of Lymph augmenté semble être en faveur d’une infection virale.

Le Coxsackievirus A-16 et l'Entérovirus 71 sont des entérovirus appartenant à la famille des Picornaviridae. Ils sont responsables de larges épidémies de syndrome pieds-mainsbouche dans de nombreux pays et particulièrement en Asie et commencent à émerger en Europe. Cette maladie, qui atteint principalement le jeune enfant, est bénigne dans la majorité des cas mais peut se compliquer d'atteintes neurologiques sévères à type d'encéphalite ou de paralysie flasque et de complications cardiopulmonaires. Bien que la présence de ces entérovirus dans les lésions cutanées soit connue depuis longtemps, l'identité des cellules cibles cutanées reste incertaine. Nous avons étudié le tropisme des virus pour les kératinocytes primaires en recherchant d'une part une production de CV-A16 et EV71 dans le surnageant des cellules infectées et dans le culot des cultures de kératinocytes primaires en utilisant une RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) ciblant la région 5' non codante du génome viral et une technique d'immunofluorescence pour détecter les antigènes de capside VP1. Par ailleurs nous avons étudié l'expression des senseurs cytoplasmiques MDA5 (Melanoma differentiation associated protein 5) et RIG-1, impliqués dans la reconnaissance des ARN viraux et l'induction de la réponse immunitaire innée, par western-blot en infectant des cellules permissives Hela avec CV-A16 et EV71. Nos résultats n'ont pas montré d'augmentation de la charge virale dans le surnageant et le culot des cultures de kératinocytes primaires et la détection des protéines de capside par immunofluorescence s'est avérée négative. L'expression de MDA5 et RIG-1 n'a pas été modifiée suite à l'infection virale, cependant nous avons mis en évidence une dégradation de MDA5 par CV-A16 comme cela l'avait été montré pour EV71 et d'autres entérovirus, suggérant un mécanisme commun d'échappement à la réponse immunitaire innée.

En conclusion, dans les conditions expérimentales utilisées, les kératinocytes primaires ne se sont pas avérés permissifs à l'infection. Cependant, la permissivité des kératinocytes pourrait dépendre de leur différenciation et de facteurs hôte-dépendants. Il serait par conséquent intéressant de poursuivre l'exploration du tropisme de CV-A16 et EV71 en utilisant des kératinocytes différenciés voire des épithéliums reconstitués. Enfin, la transfection d'ARN génomiques viraux permettrait de différencier un défaut d'entrée d'un défaut de réplication. Dans ce dernier cas, la caractérisation de facteurs cellulaires inhibant la réplication serait essentielle afin d'envisager de nouvelles stratégies antivirales.

Introduction : L'amélioration de la prise en charge des infections ostéo-articulaires sur prothèse est un enjeu majeur de santé publique. Confrontés à leur diagnostic difficile en cultures traditionnelles, les microbiologistes tentent de développer de nouvelles techniques de biologie moléculaire. L'objectif principal de l'étude est l'optimisation de PCR spécifiques staphylocoques et leur évaluation sur des prélèvements cliniques.

Matériel et Méthodes : Etude des patients du protocole MICROBIOS présentant une suspicion d'infection sur prothèse de hanche. 5 prélèvements opératoires par patient ont été testés après broyage avec 4 PCR spécifiques : gène nuc spécifique de Staphylococcus aureus, gène atlE spécifique de Staphylococcus epidermidis, gène tuf spécifique de Staphylococcus spp et mecA spécifique de la résistance à la méticilline.

Résultats : Les 41 patients étudiés (205 prélèvements) présentaient 59% d'identifications de staphylocoques en PCR, avec une sensibilité et une spécificité respectivement de 100% et 96,6% pour le gène nuc, de 100% et 88,6% pour le gène atlE, de 78,9% et 86,4% pour le gène tuf et de 100% et 86,1% pour le gène mecA. 90% des dossiers étaient concordants entre les PCR spécifiques et la culture.

Conclusion : La culture reste encore la référence dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires sur prothèse. Les PCR spécifiques Staphylococcus aureus (gène nuc), Staphylococcus epidermidis, (gène atlE) et de résistance à la méticilline (mecA) semblent présenter les performances nécessaires pour s'intégrer aux diagnostics difficiles mais nécessitent une interprétation rigoureuse des résultats.