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Le lymphome primitif du système nerveux central (LPSNC) est un sous-type rare de lymphome non-hodgkinien extra-ganglionnaire, majoritairement de type lymphome B diffus à grandes cellules, confiné à l'encéphale, l'œil, la moelle épinière et aux méninges, en l'absence d'atteinte systémique. À côté d'une clinique peu spécifique, l'imagerie par résonance magnétique cérébrale n'offre que des éléments d'orientation diagnostique, le diagnostic définitif reposant sur l'analyse histologique et immunohistochimique d'une biopsie stéréotaxique. Or cette dernière peut être mise en échec. La confrontation de ces données avec des marqueurs biologiques, dont le dosage dans le liquide céphalorachidien (LCR), de l'interleukine-10 (IL-10), une cytokine immunosuppressive, peut s'avérer utile au diagnostic et même au suivi. L'activation constitutive de JAK/STAT3 est commune à plusieurs clusters de regroupement multi-omique des LPSNC. Or, le taux d'IL-10 dans le LCR de LPSNC serait un marqueur de l'activité de STAT3. Nous avons donc cherché à évaluer la performance du dosage de cette cytokine en condition réelle de pratique hospitalière, c'est-à-dire pour des cas de diagnostic prouvé, ou non, à l'histologie. Nous avons cherché à mesurer l'impact sur ces dosages d'une corticothérapie préalable et d'un éventuel transsudat. Matériel et méthode. Notre étude rétrospective porte sur le dosage dans le LCR de l'IL-10, conjointement à celui de la cytokine pro-inflammatoire IL-6, réalisés entre 2012 et 2022, dosages effectués chez 30 patients diagnostiqués LPSNC, chez 15 patients atteints de lymphomes secondaires du SNC (LSSNC), chez 31 patients souffrant d'autres pathologies neurologiques entrant dans le cadre du diagnostic différentiel. Nous avons adopté pour le dosage de l'IL-10 et du rapport IL-10/IL-6, les seuils préétablis de publications utilisant la même technique que la nôtre, respectivement 8,2 pg/mL et 0,72. Résultats. En excluant du groupe des témoins les LSSNC, la sensibilité et la spécificité du dosage de l'IL-10 sont toutes deux de 90%. Concernant le ratio IL-10/IL-6, la sensibilité et la spécificité ont été respectivement de 91% et 82%. La concentration médiane d'IL-10 a été de 34 chez les malades versus 9 chez les témoins. La valeur médiane du ratio a été de 6,16 pour les malades contre 0,64. Nous avons cherché à articuler le dosage de l'IL-10 à la valeur du ratio au travers d'algorithmes booléens et de machine learning mais sans succès, du fait de nombreux cas de ratio ininterprétables et de l'absence de cohorte de validation. Le transsudat a tendance à impacter le dosage d'IL-10 (p=0,053). L'absence d'impact des corticoïdes sur le dosage d'IL-10 (p=0,80) doit être tempérée par la grande dispersion du dosage, l'absence de données longitudinales sur un même patient, et la petite taille de la cohorte.

La vaginose bactérienne, se définit comme une modification quantitative et qualitative du microbiote vaginal. Le score de Nugent qui consiste en une évaluation des morphotypes bactériens colorés au Gram est l'outil diagnostic de référence, mais cette technique doit reposer sur du personnel médico-technique expérimenté. La biologie moléculaire, encore peu évaluée à ce jour, propose une nouvelle approche pour ce diagnostic complexe. L'objectif de cette étude était double. D'une part, évaluer la fiabilité d'une lecture du score de Nugent réalisée par un technicien au laboratoire. D'autre part, comparer une technique de PCR multiplexe automatisée quantitative par rapport au score de Nugent.

Au total, 78 prélèvements pour lesquels nous disposions d'une lame et d'un eSwab® ont été inclus. Les résultats de la lecture du score de Nugent réalisée en routine par le technicien ont été comparés aux résultats d'une lecture “consolidée” (double lecture technicien-biologiste, confirmée par un 3e opérateur sénior en cas de discordance). L'accord entre la lecture de routine et la lecture consolidée était « fort » avec un κ de Cohen à 0,768 (0,595−0,941) Cinq vaginoses (28%) n'étaient pas dépistées en lecture unique p = 0,3 (ns).

Les résultats obtenus par la PCR Bacterial Vaginosis Plus Assay d'AllplexTM (Seegene®) réalisée sur la plateforme automatisée STARlet (Eurobio®) ont été comparés au score de Nugent consolidé. La concordance entre la PCR et le score consolidé était presque parfaite, κ = 0,862, (IC 0,775−1).

Dans cette étude, Seegene AllplexTM BV Plus Assay a présenté des résultats comparables à la technique de référence. Son coût est élevé (>10€). Cependant, la PCR étant un outil facile d'utilisation, sa mise en place dans notre centre est envisagée. Toutefois, un échange préalable avec les gynécologues est souhaitable pour uniformiser les techniques à mettre en oeuvre devant chaque situation clinique.

Introduction : La transmission intra-hospitalière des bactéries et de leurs résistances, à partir d'infections nosocomiales ou de colonisations, est un sujet préoccupant. La surveillance épidémiologique s'appuie sur des outils de typage permettant de relier des souches apparentées, et ainsi déceler les chaînes de transmission lors d'épidémies, et de mettre en évidence l'acquisition de résistances au sein d'une souche. Ce travail évalue et compare les performances de trois méthodes de typage moléculaire applicables en routine hospitalière, envers Pseudomonas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae, l'une reposant sur la PCR et les deux autres reposant sur les données de séquençage NGS.

Matériel et méthodes : Trois binômes de souches, issues de trois patients ayant séjourné dans deux centres hospitaliers français, mais présentant entre elles des profils de résistance différents pour les associations C3G-inhibiteurs de β-lactamase, ont été étudiés dans un premier temps sur la base de la RAPD. Dans un deuxième temps, un séquençage génome entier sur MinION, suivi d'un assemblage par Trycycler, a permis de réaliser un typage selon les approches MLST et cgMLST. Enfin les trois méthodes ont été comparées sur la base de leur pouvoir discriminant.

Résultats : Un binôme de P.aeruginosa et deux binômes de K. pneumoniae ont été typés. Le typage par RAPD et MLST a relié les souches du binôme de P.aeruginosa et celles d'un des deux binômes de K. pneumoniae. Cependant, l'analyse cgMLST a révélé que la distance génétique, basée sur un nombre important de gènes, paraissait trop grande pour pouvoir relier ces souches entre elles. Ces résultats ont suggéré que le cgMLST pourrait avoir un meilleur pouvoir discriminant que les deux autres méthodes, mais étaient à interpréter au regard de l'effectif et de la qualité de séquençage.

Conclusion : Le typage par cgMLST sur données de séquençage Nanopore semble être un outil de typage performant, ayant montré que les souches des binômes qui semblaient apparentées n'étaient probablement pas reliées entre elles. Cette méthode pourrait devenir un nouvel outil de surveillance épidémiologique, probablement en deuxième intention lorsque la RAPD n'est pas suffisante.

Introduction : L'infertilité, touchant actuellement près d'un couple sur six, est en augmentation croissante, l'étiologie restant inexpliquée dans près de 20% des cas. Si la bactériospermie a longtemps été considérée comme pathogène, l'avènement et le développement de l'analyse du microbiote par séquençage à haut débit ont permis la compréhension de son implication en physiologie et physiopathologie humaines. L'étude plus récente du microbiote spermatique laisse entrevoir sa possible influence sur la qualité des gamètes et par conséquent la fertilité masculine mais ne permet pas d'en avoir une compréhension non controversée. Dans ce contexte, l'objectif du présent travail était i/ de comprendre l'impact de plusieurs facteurs du mode de vie sur la composition du microbiote spermatique ; et ii/ d'étudier son évolution, chez des patients suivis en AMP pour infertilité.

Matériel et méthode : Cette étude prospective a inclus les patients en infertilité, de 18 à 60 ans, venant réaliser un spermogramme du 1er mai au 31 décembre 2021 au sein du centre d'AMP du CHU de Poitiers, à l'exception des patients au prélèvement disponible pour analyse inférieur à 1,5 mL. Les prélèvements étaient réalisés lors des différents recueils effectués par les patients au cours de leur suivi en AMP jusqu'au 31 mars 2022, parallèlement au remplissage d'un questionnaire dédié. Après extraction des acides nucléiques des échantillons, les régions V1 à V3 de l'ADNr 16S ont été séquencées sur plateforme Illumina MiSeq. Après traitement bio-informatique, les diversités alpha et bêta ainsi que la répartition taxonomique bactérienne spécifique ont été analysées par les tests statistiques appropriés.

Résultats : Quatre-vingt-quinze échantillons ont été séquencés, issus de 45 patients dont 21 (47%) ont obtenu une grossesse au cours du suivi. Lactobacillus était le genre prédominant suivi de Microbacterium, Peptoniphilus, Prevotella, Methylobacterium-Methylorubrum, Fenollaria, Finegoldia et Streptococcus. Une diversité augmentée était associée à un IMC ≥ 30, à une consommation importante de graisses ainsi qu'à une absence de grossesse et à une numération spermatique anormale. La diversité bêta était significativement différente en cas de stress « thermique » ainsi que pour l'issue de grossesse. Enfin, Staphylococcus spp. était significativement augmenté en l'absence de grossesse au cours de la prise en charge sur la période d'étude.

Discussion : Ce travail est le premier à étudier l'impact d'autant de facteurs du mode de vie sur le microbiote spermatique. L'augmentation significative du genre Staphylococcus en cas de non-obtention de grossesse au cours du suivi en AMP interroge sur sa responsabilité et la nécessité d'un traitement lors d'infertilité. A l'inverse du microbiote intestinal, la richesse du microbiote spermatique semble associée à une moindre qualité des gamètes (et donc possiblement de la fertilité). En plus de l'alimentation, la pratique du sport, la consommation de tabac, le stress tant « horaire » que « thermique » modifient le microbiote spermatique, ce qui semble à considérer dans la recherche des causes d'infertilité. En conclusion, ces résultats apportent de nouvelles pistes d'investigation ainsi que des arguments quant à l'utilisation de probiotiques ou autres thérapeutiques lors d'études interventionnelles ultérieures.

Objectif : Malgré les avancées diagnostiques et thérapeutiques, la morbi-mortalité des infections fongiques invasives (IFI) reste importante, nécessitant un diagnostic biologique rapide et fiable. Le lavage bronchoalvéolaire (LBA) se révèle être un prélèvement majeur pour ce diagnostic. Ce prélèvement est, dans certains cas, conservé à température ambiante (TA), cependant très peu d'études existent sur sa stabilité à cette température. L'objectif de ce travail était donc de réaliser une revue de la littérature sur le sujet et d'évaluer par une étude expérimentale la stabilité des champignons dans le LBA à TA dans la cadre du diagnostic mycologique par culture.

Matériels et méthodes : Trois souches cliniques de moisissures (Aspergillus fumigatus, Fusarium proliferatum, Rhizopus arrhizus) et une souche clinique de levure (Cryptococcus neoformans) ont été incubées chacune dans du LBA et du sérum salé isotonique (SSI). Ces suspensions ont été conservées à TA puis mises en culture au temps zéro, 4 h, 12 h, 24 h, 48 h et à 72 h pour évaluer la quantité de champignon présente dans l'échantillon. Pour chaque champignon cette opération a été répétée trois fois et le nombre moyen de colonies a été calculé pour chaque temps d'ensemencement.

Résultats : La revue bibliographique ménée a mis en évidence que les études sur ce sujet sont très rares. Cependant certains auteurs ont démontré la capacité des champignons à survivre en milieu liquide sur de longues périodes. Dans notre étude, tous les champignons testés ont survécu au bout des trois jours de conservation à TA, aussi bien dans le LBA que le SSI. Il n'y avait pas de différence significative dans les numérations de colonies d'A. fumigatus et de R. arrhizus, que ce soit dans le LBA ou le SSI, alors que pour F. proliferatum et C. neoformans, il existait une augmentation significative des numérations au fil du temps.

Conclusion : Les échantillons respiratoires peuvent se conserver jusqu'à 72 heures à TA sans impact sur le diagnostic mycologique par culture. Des études complémentaires restent nécessaires pour confirmer la reproductibilité de ces données et tester d'autres champignons ou d'autres types de prélèvements avec un nombre de réplicats plus élevé.

La surdité est le handicap sensoriel le plus fréquent dans le monde avec plus de 450 millions de personnes atteintes. Les surdités d'origine génétique représentent la 1ère cause de surdité dans les pays développés. Malgré des gènes clés identifiés dans cette pathologie, des zones d'ombres restent à élucider et de nombreux diagnostics ne sont pas établis.

C'est dans ce contexte que nous avons mis en place au laboratoire une nouvelle stratégie d'analyse génétique en vue d'améliorer notre rendement diagnostic et notre délai de rendu de résultats. Après la sélection d'un panel de 14 gènes, un travail d'optimisation de l'étape de sélection de variants d'intérêt a été effectué grâce à GenSCor.

84 patients présentant une surdité isolée ont bénéficié d'analyses génétiques : séquençage Sanger et recherche des grandes délétions (MLPA) du gène GJB2 en 1ère intention, puis séquençage par NGS des 14 gènes du panel associé à la MLPA du gène STRC. 24% de diagnostics ont été établis à l'heure actuelle. 7 enquêtes familiales sont en cours et pourraient faire augmenter ce taux à 32% si elles s'avèrent concluantes.

Cette étude a montré l'efficacité globale des analyses proposées dans le diagnostic de surdité au CHU de Poitiers, malgré les résultats décevants concernant le gène STRC. Le panel NGS de 14 gènes va être proposé en 1ère intention aux patients présentant une surdité isolée en association avec la MLPA des gènes de connexines auditives principales (GJB2 et GJB6) et du gène STRC. Cette nouvelle stratégie permettra un gain de temps supplémentaire dans la prise en charge des patients atteints de surdité.

Contexte : Le virus West Nile (VWN) est un arbovirus émergent, responsable, dans les cas les plus graves, d'infections neuroinvasives sévères pour lesquelles il n'existe ni vaccin, ni traitement spécifique. Le site primaire de l'infection par le VWN lors de sa transmission par le moustique, est le tissu cutané et en particulier les kératinocytes qui sont les cellules majoritaires de l'épiderme. Il a été observé, une induction forte de l'expression de la chimiokine CXCL10 lors de l'infection de kératinocytes primaires par le VWN. L'objectif de ce travail était d'investiguer les propriétés antivirales potentielles de CXCL10 vis-à-vis du VWN.

Méthode : Des kératinocytes primaires humains ont été infectés par le VWN à une multiplicité d'infection de 0,1, en absence ou en présence de CXCL10 à la concentration de 10 µg/ml. L'effet antiviral de CXCL10 a été évalué par la mesure de la charge virale du VWN dans la nappe et le surnageant de culture cellulaire par un test initial de 24h d'incubation en présence de la chimiokine. Par la suite, des cinétiques d'ajout séquentiel de la chimiokine ont été réalisées afin de caractériser le mécanisme de cette activité antivirale. L'activité directe de CXCL10 sur le virus a été également évaluée par titrage sur cellules Vero de suspensions virales en présence ou en l'absence de la chimiokine. En complément, l'impact de CXCL10 sur la réponse immunitaire du kératinocyte a été étudiée par une analyse transcriptomique de différents marqueurs de l'immunité antivirale. Enfin, une étude de l'effet de CXCL10 sur la liaison du VWN aux kératinocytes a été initiée.

Résultats : La cytotoxicité de CXCL10 sur le kératinocyte primaire humain est faible à nulle pour des concentrations inférieures à 10 µg/ml pour lesquelles la viabilité cellulaire reste supérieure à 85%. Une activité antivirale de CXCL10 à l'encontre du VWN a été mise en évidence avec une diminution de la charge virale de l'ordre de 70% au cours d'une cinétique d'infection de 24h en présence de la chimiokine. Cet effet antiviral a été retrouvé lorsque la chimiokine était ajoutée de façon séquentielle 24 heures et 1 heure avant et lorsque la chimiokine et le virus étaient conjointement incubés 1 heure avant l'infection des kératinocytes suggérant une activité antivirale pré-fusion. En revanche, lorsque CXCL10 était ajoutée 3 heures après l'infection, aucun effet antiviral n'était observé, écartant l'hypothèse d'une activité post-fusion de CXCL10. L'incubation du virus et de la chimiokine n'a pas permis de mettre en évidence une réduction du titre infectieux résiduel éliminant une altération directe de la particule virale. De plus, il n'a pas été observé de modulation de la réponse immune antivirale du kératinocyte par CXCL10 dans le contexte de l'infection. Enfin, une réduction de l'adhésion du virus à la cellule cible en présence de CXCL10 a été objectivée.

Conclusion : Nous avons mis en évidence une activité antivirale de CXCL10 à l'encontre du VWN. Le mécanisme utilisé par CXCL10 pour inhiber la réplication virale ne semble pas passer par une action directe de lyse de la particule virale, ni par une activité immunomodulatrice de la réponse antivirale du kératinocyte primaire ou une intervention sur une des étapes post-fusion du cycle du virus. Même si des expérimentations complémentaires seront nécessaire, il semble que CXCL10 intervienne sur la phase d'attachement du VWN à la surface du kératinocyte, vraisemblablement par compétition avec les sulfates d'héparane.

Les levures du genre Candida sont responsables d'infections graves chez les patients immunodéprimés. Parmi celles-ci, Candida auris est une espèce émergente découverte en 2009 ayant causé plusieurs épidémies dans le monde. Sa capacité à devenir résistante aux différentes classes d'antifongiques systémiques, les difficultés liées à son identification et son aptitude à persister en milieu hospitalier en font un problème de santé publique. Actuellement, les données sur le réservoir environnemental de C. auris sont limitées alors qu’elles sont essentielles afin de contrôler sa propagation. Le but de notre étude était d'explorer les interactions entre C. auris et deux espèces d'amibes libres, potentiellement présentes dans le même environnement hydrique.

C. auris a été incubé à 37°C avec des trophozoïtes d’Acanthamoeba castellanii ou de Vermamoeba vermiformis, ou avec leurs surnageants de culture, dans de l'eau filtrée issue du réseau hospitalier. Le nombre de trophozoïtes d'amibes et de levures a été déterminé à 48 h, 120 h et 168 h de coculture. De la microscopie électronique à transmission (MET) a été effectuée à 48 h de coculture. Afin de comparer les résultats avec une autre espèce de Candida, les mêmes expériences de coculture ont été réalisées avec Candida albicans.

Alors que C. albicans et C. auris n'ont pas pu survivre seules dans l'eau, les surnageants des deux espèces d’amibes libres ont favorisé la survie et la prolifération des levures. C. albicans a été détruit par les trophozoïtes d’A. castellanii mais a survécu en présence des trophozoïtes de V. vermiformis. Contrairement à C. albicans, C. auris a pu survivre et proliférer au contact des trophozoïtes d’A. castellanii ou de V. vermiformis. L'internalisation de C. auris au sein des deux espèces d’amibes libres a également été observée par MET.

Un réservoir environnemental hydrique de C. auris peut donc être envisagé en lien avec les amibes libres. De plus, du fait de la présence de ces amibes dans les réseaux d’eau hospitaliers, leur contamination par C. auris serait possible.

Les parabènes sont des substances dotées de propriétés antifongiques et antibactériennes, suspectées d'être des perturbateurs endocriniens et très largement utilisées comme conservateurs dans les produits cosmétiques. L'exposition aux parabènes s'effectue alors principalement par voie cutanée et ces produits peuvent alors interagir avec les constituants de la peau dont le mycobiote cutané.

Ce travail a permis d'explorer les interactions entre trois parabènes (méthylparabène, éthylparabène et propylparabène) et deux levures du mycobiote cutané humain (Candida parapsilosis et Cryptococcus uniguttulatus) en étudiant in vitro l'effet des parabènes sur la croissance fongique et la capacité de ces microorganismes à métaboliser les parabènes testés. La croissance des trois souches de C. parapsilosis n'a pas été influencée par la présence de parabènes, ce qui pourrait être expliqué par les faibles concentrations testées. En revanche, la croissance de C. uniguttulatus a été complètement inhibée par l'éthylparabène dès le premier jour de contact, alors que ce même champignon n'était pas sensible aux deux autres parabènes, même après sept jours d'incubation. La présence d'une capsule chez ce champignon ainsi que les propriétés physico-chimiques de l'éthylparabène pourraient expliquer cette inhibition sélective.

Les trois souches de C. parapsilosis ont dégradé 90 à 100% de propylparabène après sept jours d'incubation, mais n'ont eu aucun effet sur les autres parabènes. Les enzymes de C. parapsilosis ne semblent ainsi dégrader que les parabènes à chaine longue. C. uniguttulatus n'a dégradé aucun parabène, même après sept jours d'incubation. Cette incapacité peut être due à l'absence d'enzymes fongiques capables de dégrader les parabènes ou à l'inaccessibilité possible d'une enzyme intracellulaire aux parabènes en raison de la capsule polysaccharidique.

Nos travaux ont ainsi montré que les parabènes peuvent agir de façon différente sur un champignon ou un autre au sein du mycobiote cutané ce qui pourrait entrainer un état de dysbiose chez les personnes utilisant des cosmétiques contenant ces composés. Ce mycobiote cutané peut également être impliqué dans la dégradation des parabènes et ainsi diminuer potentiellement le risque de perturbation endocrinienne dont ils sont responsables.

De nos jours, la déficience intellectuelle (DI) représente une question importante de santé publique. La prévalence de la DI est estimée à 1% de la population mondiale et la plupart des causes reste encore inconnue actuellement. Parmi elles, les causes génétiques représentent 15 à 50%. Grâce aux innovations technologiques comme le développement des techniques de séquençage haut débit, il nous est aujourd'hui possible d'identifier de nouveaux gènes impliqués dans la DI, par l'analyse de l'exome, la partie codante du génome.

Pour ce projet, nous avons réalisé deux types d'études en parallèle. Dans une étude rétrospective, nous avons analysé 21 exomes « contrôles » dans lesquels une mutation pathologique a déjà été identifiée. Cette première analyse nous a permis d'élaborer trois métascores, issus de trois ensembles de règles. Chaque ensemble correspond à une pondération des règles différente selon l'hypothèse de transmission allélique prise en compte pour établir le score. L'élaboration de ces scores doit permettre une meilleure efficacité dans le tri des variants issus des données de l'analyse.

Dans une étude prospective, nous avons réalisé l'analyse de l'exome de 62 patients présentant une DI ou un retard des apprentissages à l'aide des scores établis, avec un rendement diagnostic de 16%. Nous avons identifié de plus dans trois gènes, USP19, NCKAP1 et FKBP4, des variants « recherche » candidats dans la DI, pour lesquels des études fonctionnelles sont en cours à l'heure actuelle grâce à des collaborations internationales.