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Biologie médicale

Les travaux sélectionnés

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  • Efficacité thérapeutique de la chloroquine dans le traitement des accès palustres simples à Plasmodium vivax en Guyane    - Heugas Christophe  -  20 septembre 2016  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Depuis près d'un siècle maintenant, le traitement de référence des accès palustres à P. vivax est la chloroquine en Amérique du Sud. La présence de parasites résistants a été rapportée dans plusieurs pays de la région amazonienne. L'objectif de cette étude est d'évaluer si la résistance existe en Guyane en associant une évaluation rétrospective de l'efficacité thérapeutique et une analyse des parasitémies récurrentes chez des patients non suivis mais revenant avec de la fièvre.

    Matériel et méthodes : Les dossiers des patients avec une infection à P. vivax confirmée par microscopie et une température supérieure à 37,5 °C ont été analysés à l'Hôpital de Cayenne entre mars 2009 et octobre 2015. Le suivi des patients et la classification des réponses thérapeutiques ont été réalisés selon le protocole recommandé par l'OMS. Le génotype de pvmdr1 (séquence et nombre de copies du gène) a été analysé sur les échantillons résistants.

    Résultats : Après 28 jours de suivi de 172 patients, 164 patients ont présenté une réponse clinique et parasitologique adéquate. Huit cas d'échec thérapeutique ont été identifiés (5 %, n=8/172), tous après J14. L'efficacité thérapeutique de la chloroquine a été évaluée à 95 % (95 % CI 91,7-98,3 ; n=164/172). Au sein de ces huit échecs, cinq ont été caractérisés : deux cas de résistance parasitaire (1,2 % ; 95 % CI 0-2,8 ; n=2/172) et trois patients avec une concentration subthérapeutique en chloroquine ont été observés. Aucune mutation généralement associée à la résistance n'a été identifiée dans le gène pvmndr1 chez les parasites résistants.

    Discussion : La résistance de P. vivax à la chloroquine en Guyane existe mais son niveau ne nécessite pour l'heure aucun changement dans les recommandations thérapeutiques. Cependant pour limiter la dispersion de ces parasites résistants, la primaquine devrait être davantage prescrite. Par ailleurs, un marqueur moléculaire de résistance reste encore à identifier pour pouvoir surveiller plus facilement l'évolution de cette résistance dans la région.

  • Étude de la permissivité du kératinocyte aux entérovirus responsables du syndrome Pieds-Mains-Bouche (Coxsackievirus A16 et Entérovirus 71)    - Lataud Emmanuel  -  23 octobre 2015  - Thèse d'exercice

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    Le Coxsackievirus A-16 et l'Entérovirus 71 sont des entérovirus appartenant à la famille des Picornaviridae. Ils sont responsables de larges épidémies de syndrome pieds-mainsbouche dans de nombreux pays et particulièrement en Asie et commencent à émerger en Europe. Cette maladie, qui atteint principalement le jeune enfant, est bénigne dans la majorité des cas mais peut se compliquer d'atteintes neurologiques sévères à type d'encéphalite ou de paralysie flasque et de complications cardiopulmonaires. Bien que la présence de ces entérovirus dans les lésions cutanées soit connue depuis longtemps, l'identité des cellules cibles cutanées reste incertaine. Nous avons étudié le tropisme des virus pour les kératinocytes primaires en recherchant d'une part une production de CV-A16 et EV71 dans le surnageant des cellules infectées et dans le culot des cultures de kératinocytes primaires en utilisant une RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) ciblant la région 5' non codante du génome viral et une technique d'immunofluorescence pour détecter les antigènes de capside VP1. Par ailleurs nous avons étudié l'expression des senseurs cytoplasmiques MDA5 (Melanoma differentiation associated protein 5) et RIG-1, impliqués dans la reconnaissance des ARN viraux et l'induction de la réponse immunitaire innée, par western-blot en infectant des cellules permissives Hela avec CV-A16 et EV71. Nos résultats n'ont pas montré d'augmentation de la charge virale dans le surnageant et le culot des cultures de kératinocytes primaires et la détection des protéines de capside par immunofluorescence s'est avérée négative. L'expression de MDA5 et RIG-1 n'a pas été modifiée suite à l'infection virale, cependant nous avons mis en évidence une dégradation de MDA5 par CV-A16 comme cela l'avait été montré pour EV71 et d'autres entérovirus, suggérant un mécanisme commun d'échappement à la réponse immunitaire innée.

    En conclusion, dans les conditions expérimentales utilisées, les kératinocytes primaires ne se sont pas avérés permissifs à l'infection. Cependant, la permissivité des kératinocytes pourrait dépendre de leur différenciation et de facteurs hôte-dépendants. Il serait par conséquent intéressant de poursuivre l'exploration du tropisme de CV-A16 et EV71 en utilisant des kératinocytes différenciés voire des épithéliums reconstitués. Enfin, la transfection d'ARN génomiques viraux permettrait de différencier un défaut d'entrée d'un défaut de réplication. Dans ce dernier cas, la caractérisation de facteurs cellulaires inhibant la réplication serait essentielle afin d'envisager de nouvelles stratégies antivirales.

  • Mise au point et évaluation des PCR spécifiques staphylocoques et mecA dans les infections ostéo-articulaires sur prothèse (41 prothèses de hanche du CHU de Poitiers)    - Michaud Anthony  -  22 octobre 2014  - Thèse d'exercice

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    Introduction : L'amélioration de la prise en charge des infections ostéo-articulaires sur prothèse est un enjeu majeur de santé publique. Confrontés à leur diagnostic difficile en cultures traditionnelles, les microbiologistes tentent de développer de nouvelles techniques de biologie moléculaire. L'objectif principal de l'étude est l'optimisation de PCR spécifiques staphylocoques et leur évaluation sur des prélèvements cliniques.

    Matériel et Méthodes : Etude des patients du protocole MICROBIOS présentant une suspicion d'infection sur prothèse de hanche. 5 prélèvements opératoires par patient ont été testés après broyage avec 4 PCR spécifiques : gène nuc spécifique de Staphylococcus aureus, gène atlE spécifique de Staphylococcus epidermidis, gène tuf spécifique de Staphylococcus spp et mecA spécifique de la résistance à la méticilline.

    Résultats : Les 41 patients étudiés (205 prélèvements) présentaient 59% d'identifications de staphylocoques en PCR, avec une sensibilité et une spécificité respectivement de 100% et 96,6% pour le gène nuc, de 100% et 88,6% pour le gène atlE, de 78,9% et 86,4% pour le gène tuf et de 100% et 86,1% pour le gène mecA. 90% des dossiers étaient concordants entre les PCR spécifiques et la culture.

    Conclusion : La culture reste encore la référence dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires sur prothèse. Les PCR spécifiques Staphylococcus aureus (gène nuc), Staphylococcus epidermidis, (gène atlE) et de résistance à la méticilline (mecA) semblent présenter les performances nécessaires pour s'intégrer aux diagnostics difficiles mais nécessitent une interprétation rigoureuse des résultats.

  • Cartographie de l'infection à H. pylori dans 3 estomacs humains : densité, répartition et diversité    - Tran Cong Tri  -  15 octobre 2014  - Thèse d'exercice

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    Helicobacter pylori infecte la muqueuse gastrique de plus de la moitié de la population mondiale. Dans certains cas, son diagnostic nécessite la réalisation de biopsies gastriques, notamment pour l'étude de sa sensibilité aux antibiotiques. De nombreuses études ont recherché la meilleure localisation pour la détection de H. pylori, et l'antre semblerait être le meilleur site même si toutes les études ne concordent pas. De plus, il a été montré qu'un individu pouvait être infecté par différentes populations de H. pylori, avec des profils de résistance potentiellement différents.

    Cependant, toutes ces études ont étudié un nombre limité de biopsies au sein d'un même estomac. Aussi, la fréquence de la multicolonisation et de l'hétérorésistance a pu être sous estimée, et reste à préciser, notamment en France. Ainsi, notre étude cherche à évaluer sur un plus grand nombre de biopsie la répartition de H. pylori au sein de 3 estomacs obtenus par sleeve-gastrectomie, ainsi que sa densité et sa diversité en termes de résistance et de profil génétique.

    La répartition et la densité bactérienne ont pu être évaluées sur plus de 80 biopsies par estomac, et les résultats obtenus montrent une répartition inégale de l'infection. Une différence de densité bactérienne entre la partie inférieure et supérieure de l'estomac n'a pu être observée que sur un seul estomac, avec une densité moyenne respectivement 5 fois et 8 fois plus élevée dans la partie inférieure par culture et par PCR quantitative. La diversité de l'infection à H. pylori a pu être étudiée sur au moins 20 biopsies par estomac, et sur plusieurs clones de 10 biopsies par estomac. Une multicolonisation a pu être observée sur un seul des 3 estomacs. Les deux souches ne sont pas localisées en un seul endroit de l'estomac, et sont également retrouvées au sein d'une même biopsie. En revanche, une hétérorésistance touchant la clarithromycine ou le métronidazole a pu être détectée dans chacun des 3 estomacs. Les clones résistants ne concernent qu'une très faible partie de la population bactérienne et présentent un profil génétique identique à celui de clones sensibles.

    Ainsi, la multicolonisation par différentes souches de H. pylori en France est sans doute peu fréquente. En revanche, l'apparition de clones résistant au sein d'une même souche est sûrement sous-estimée puisqu'elle a été observée sur les 3 estomacs étudiés. Ceci reste néanmoins à confirmer sur un plus grand nombre de patient. Notre étude ne permet pas de recommander un site préférentiel pour la réalisation de biopsies, mais conforte néanmoins, l'intérêt du contrôle de l'éradication de H. pylori après traitement.

  • La leucémie myéloïde chronique de l'enfant et de l'adolescent : réarrangements moléculaires BCR-ABL1 au diagnostic    - Baunin Victor  -  22 octobre 2013  - Thèse d'exercice

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    La leucémie myéloïde chronique ou LMC est une hémopathie maligne du groupe des néoplasies myéloprolifératives ou syndromes myéloprolifératifs. Elle est la conséquence directe de la translocation t(9;22)(q34;q11) à l'origine du gène chimérique BCR-ABL1. Les ARN messagers BCRABL1 les plus fréquemment retrouvés dans la LMC sont de type b2a2 (e13a2) et b3a2 (e14a2). Certains patients peuvent cependant exprimer les deux ARNm (b2a2+b3a2). Des mécanismes d'épissage alternatif au niveau de la partie BCR des transcrits primaires BCR-ABL1 pourraient expliquer cette co-expression. Chez les patients atteints de LMC, des disparités de répartition des réarrangements moléculaires BCR-ABL1 ont été rapportées. Si la prédominance du réarrangement b3a2 semble avérée chez les patients adultes, cette donnée est encore controversée dans les cohortes pédiatriques. De plus, la proportion de patients co-exprimant simultanément les deux réarrangements varie considérablement selon les études (adultes ou pédiatriques).

    Un des objectifs de ce travail était de vérifier au sein de la cohorte pédiatrique française, la répartition des réarrangements moléculaires BCR-ABL1 au moment du diagnostic (b2a2, b3a2 et b2a2+b3a2). Dans les différents laboratoires ayant effectué ces diagnostics, les systèmes de détection mis en place (RT-PCR multiplex, amorces spécifiques de la région M-BCR) permettent la détection des ARNm chimériques issus d'une cassure M-BCR, y compris les « doubles transcrits » b2a2+b3a2. Les différences observées entre la cohorte allemande (26% de « doubles transcrits » au diagnostic) et la cohorte française (3%) pourraient dépendre de la limite de détection assumée dans chaque laboratoire.

    Dans un deuxième temps, notre objectif était de rechercher l'existence d'éventuelles relations entre les types de réarrangements moléculaires BCR-ABL1 et les données clinico-biologiques au diagnostic. Le taux médian de globules blancs de notre cohorte était relativement élevé par rapport aux autres séries et semble être le paramètre le plus différent entre l'enfant et l'adulte dans la présentation de cette pathologie. Nous n'avons pas pu mettre en évidence de corrélation significative entre le type de réarrangement BCR-ABL1 et les facteurs épidémiologiques, cliniques et biologiques au sein de cette cohorte, à l'exception d'un pourcentage médian de promyélocytes sanguin plus élevé associé au réarrangement b2a2.

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