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Introduction : La transmission intra-hospitalière des bactéries et de leurs résistances, à partir d'infections nosocomiales ou de colonisations, est un sujet préoccupant. La surveillance épidémiologique s'appuie sur des outils de typage permettant de relier des souches apparentées, et ainsi déceler les chaînes de transmission lors d'épidémies, et de mettre en évidence l'acquisition de résistances au sein d'une souche. Ce travail évalue et compare les performances de trois méthodes de typage moléculaire applicables en routine hospitalière, envers Pseudomonas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae, l'une reposant sur la PCR et les deux autres reposant sur les données de séquençage NGS.

Matériel et méthodes : Trois binômes de souches, issues de trois patients ayant séjourné dans deux centres hospitaliers français, mais présentant entre elles des profils de résistance différents pour les associations C3G-inhibiteurs de β-lactamase, ont été étudiés dans un premier temps sur la base de la RAPD. Dans un deuxième temps, un séquençage génome entier sur MinION, suivi d'un assemblage par Trycycler, a permis de réaliser un typage selon les approches MLST et cgMLST. Enfin les trois méthodes ont été comparées sur la base de leur pouvoir discriminant.

Résultats : Un binôme de P.aeruginosa et deux binômes de K. pneumoniae ont été typés. Le typage par RAPD et MLST a relié les souches du binôme de P.aeruginosa et celles d'un des deux binômes de K. pneumoniae. Cependant, l'analyse cgMLST a révélé que la distance génétique, basée sur un nombre important de gènes, paraissait trop grande pour pouvoir relier ces souches entre elles. Ces résultats ont suggéré que le cgMLST pourrait avoir un meilleur pouvoir discriminant que les deux autres méthodes, mais étaient à interpréter au regard de l'effectif et de la qualité de séquençage.

Conclusion : Le typage par cgMLST sur données de séquençage Nanopore semble être un outil de typage performant, ayant montré que les souches des binômes qui semblaient apparentées n'étaient probablement pas reliées entre elles. Cette méthode pourrait devenir un nouvel outil de surveillance épidémiologique, probablement en deuxième intention lorsque la RAPD n'est pas suffisante.

Introduction : L'infertilité, touchant actuellement près d'un couple sur six, est en augmentation croissante, l'étiologie restant inexpliquée dans près de 20% des cas. Si la bactériospermie a longtemps été considérée comme pathogène, l'avènement et le développement de l'analyse du microbiote par séquençage à haut débit ont permis la compréhension de son implication en physiologie et physiopathologie humaines. L'étude plus récente du microbiote spermatique laisse entrevoir sa possible influence sur la qualité des gamètes et par conséquent la fertilité masculine mais ne permet pas d'en avoir une compréhension non controversée. Dans ce contexte, l'objectif du présent travail était i/ de comprendre l'impact de plusieurs facteurs du mode de vie sur la composition du microbiote spermatique ; et ii/ d'étudier son évolution, chez des patients suivis en AMP pour infertilité.

Matériel et méthode : Cette étude prospective a inclus les patients en infertilité, de 18 à 60 ans, venant réaliser un spermogramme du 1er mai au 31 décembre 2021 au sein du centre d'AMP du CHU de Poitiers, à l'exception des patients au prélèvement disponible pour analyse inférieur à 1,5 mL. Les prélèvements étaient réalisés lors des différents recueils effectués par les patients au cours de leur suivi en AMP jusqu'au 31 mars 2022, parallèlement au remplissage d'un questionnaire dédié. Après extraction des acides nucléiques des échantillons, les régions V1 à V3 de l'ADNr 16S ont été séquencées sur plateforme Illumina MiSeq. Après traitement bio-informatique, les diversités alpha et bêta ainsi que la répartition taxonomique bactérienne spécifique ont été analysées par les tests statistiques appropriés.

Résultats : Quatre-vingt-quinze échantillons ont été séquencés, issus de 45 patients dont 21 (47%) ont obtenu une grossesse au cours du suivi. Lactobacillus était le genre prédominant suivi de Microbacterium, Peptoniphilus, Prevotella, Methylobacterium-Methylorubrum, Fenollaria, Finegoldia et Streptococcus. Une diversité augmentée était associée à un IMC ≥ 30, à une consommation importante de graisses ainsi qu'à une absence de grossesse et à une numération spermatique anormale. La diversité bêta était significativement différente en cas de stress « thermique » ainsi que pour l'issue de grossesse. Enfin, Staphylococcus spp. était significativement augmenté en l'absence de grossesse au cours de la prise en charge sur la période d'étude.

Discussion : Ce travail est le premier à étudier l'impact d'autant de facteurs du mode de vie sur le microbiote spermatique. L'augmentation significative du genre Staphylococcus en cas de non-obtention de grossesse au cours du suivi en AMP interroge sur sa responsabilité et la nécessité d'un traitement lors d'infertilité. A l'inverse du microbiote intestinal, la richesse du microbiote spermatique semble associée à une moindre qualité des gamètes (et donc possiblement de la fertilité). En plus de l'alimentation, la pratique du sport, la consommation de tabac, le stress tant « horaire » que « thermique » modifient le microbiote spermatique, ce qui semble à considérer dans la recherche des causes d'infertilité. En conclusion, ces résultats apportent de nouvelles pistes d'investigation ainsi que des arguments quant à l'utilisation de probiotiques ou autres thérapeutiques lors d'études interventionnelles ultérieures.

Introduction

Helicobacter pylori (Hp) est une bactérie gram négative, spiralée, de croissance lente. Strictement pathogène, elle colonise l’estomac de la moitié de la population mondiale avec une grande hétérogénéité géographique et peut être responsable d'une gastrite (symptomatique ou non), d'un ulcère gastroduodénal (5–10% des personnes infectées) voire d'un adénocarcinome gastroduodénal (1–3%). Le traitement d’éradication fait appel à l’association d’IPP et d'une pluri antibiothérapie dont les échecs thérapeutiques sont dus à l’émergence d'une résistance. Les résistances, dont la prévalence augmente depuis ces dernières années, sont dues à des mutations dans les gènes cibles des antibiotiques (rpoB, 16s, gyrA, 23s, pbp1A, frxA, rdxA).

L’objectif de cette étude est de caractériser par séquençage à haut débit, la distribution des mutations chez les patients hospitalisés ou consultant pour dépistage de l’infection à Hp, et de décrire, à terme, les mutations pouvant avoir un impact sur l’antibiorésistance.

Matériel et méthodes

Des biopsies gastriques ont été prélevées à 2 reprises minimum (avant/après traitement ou après changement de traitement) chez des patients infectés par Hp (n = 25 patients) ou à des localisations anatomiques différentes (Antre/Fundus) (n = 17 patients). Après extraction automatisée des biopsies, l’ADN a été amplifié au moyen d’une PCR multiplexée. Les amplicons ont été dosés, purifiés puis séquencés sur plateforme Illumina iSeq100.

Résultats

La diversification antrale des populations de Hp est significativement plus importante qu'au niveau fundique pour les gènes rpoB et rdxA, et réciproquement pour le gène 23S (p<0.05). Une hétérogénéité de la population de Hp a été mise en évidence au cours du temps sans qu’il ne soit montré de corrélation entre le temps et l’apparition/disparition des mutations. De plus, plusieurs mutations pertinentes (n=15) ont pu être soupçonnées d’être impliquées dans la résistance pour les gènes gyrA, 23S, 16S, rpoB et pbp1A.

Conclusion

Cette étude permet de mettre en évidence la diversification de Hp au cours du temps ainsi que l’hétérogénéité de la population bactérienne au sein d’un même hôte. Cette étude, la première de ce type (séquençage à haut débit de Helicobacter pylori sur biopsie clinique) sera complétée par la mise en place d'un couplage résistome/virulome afin de déterminer les patients porteurs de souches CagA+ résistantes et d'en étudier l'association avec des profils d'antibiorésistance.

L’objectif de cette thèse consistait en l’évaluation du GenomEra®CDX System (kit GenomEra® Flu A/B + RSV (Influenzavirus (IAV/IBV) / Virus Respiratoire Syncytial (VRS) ; Abacus Diagnostica, Turku, Finlande) en comparant ses performances analytiques de détection de ces pathogènes respiratoires par RT-qPCR (coefficient de concordance (k), sensibilité (Se), spécificité (Sp)), à celles de notre technique de routine (AllplexTM Respiratory ; Seegene, Séoul, République de Corée).

L’évaluation de cette méthode de PCR rapide comprenait des études d’inclusivité, de réactivité croisée, de reproductibilité et une étude clinique. L’étude clinique consistait en l’analyse prospective d’échantillons respiratoires frais (n = 299 ; 116 écouvillons nasaux (N), 129 écouvillons nasopharyngés (NP) et 54 aspirations nasopharyngées (ASNA)) prélevés sur des patients hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers (France) pendant l’hiver 2018 - 2019. Les échantillons pour lesquels les deux méthodes donnaient des résultats discordants étaient analysés par une 3ème méthode : une PCR en temps réels (R-gene®, BioMérieux, France). Le résultat retenu pour chaque cible virale (positif ou négatif) correspondait à celui délivré par au moins 2 méthodes de biologie moléculaire (incluant le résultat de la méthode discriminante si nécessaire).

Les résultats des différentes études ont montré que la méthode GenomEra (Abacus Diagnostica) est reproductible et capable de détecter diverses souches d’IAV, d’IBV, de VRS A et de VRS B. De plus, aucune réaction croisée avec les germes potentiellement présents dans le tractus respiratoire n’a été décelée. Lors de l’étude clinique, les performances du test n’ont pas pu être obtenues pour toutes les cibles virales, car aucun échantillon clinique analysé ne contenait le virus Influenza B. Sur les N, Se, Sp, VPP, VPN et κ étaient : i) 100%, 97%, 90%, 100% et 0.87 pour IAV ; ii) indéterminé, 97%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.82 pour VRS A ; vi) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.89 pour VRS B. Sur les NP, les performances étaient : i) 100%, 99%, 97%, 100% et 0.96 pour IAV ; ii) indéterminé, 98%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 1 pour VRS A ; vi) 90%, 100%, 100%, 99% et 0,84 pour VRS B. Sur les ASNA, les performances étaient : i) 86%, 100%, 100%, 98% et 0.91 pour IAV ; ii) indéterminé, 100%, indéterminé, 100% et 1 pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0 ,95 pour VRS A ; vi) 95%, 100%, 100%, 97% et 0,92 pour VRS B.

Avec 1 faux négatif et 5 faux positifs (incluant 1 faux positif IBV), les performances de détection du virus Influenza sont bonnes mais restent améliorables. Avec seulement 2 résultats faussement négatifs, les performances du test pour la détection du virus respiratoire syncytial sont impressionnantes.