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Caractérisation, par séquençage à haut débit, de la distribution des mutations associées à l’antibiorésistance de Helicobacter pylori selon deux axes : distribution intra – hôte et évolution temporelle

Introduction

Helicobacter pylori (Hp) est une bactérie gram négative, spiralée, de croissance lente. Strictement pathogène, elle colonise l’estomac de la moitié de la population mondiale avec une grande hétérogénéité géographique et peut être responsable d'une gastrite (symptomatique ou non), d'un ulcère gastroduodénal (5–10% des personnes infectées) voire d'un adénocarcinome gastroduodénal (1–3%). Le traitement d’éradication fait appel à l’association d’IPP et d'une pluri antibiothérapie dont les échecs thérapeutiques sont dus à l’émergence d'une résistance. Les résistances, dont la prévalence augmente depuis ces dernières années, sont dues à des mutations dans les gènes cibles des antibiotiques (rpoB, 16s, gyrA, 23s, pbp1A, frxA, rdxA).

L’objectif de cette étude est de caractériser par séquençage à haut débit, la distribution des mutations chez les patients hospitalisés ou consultant pour dépistage de l’infection à Hp, et de décrire, à terme, les mutations pouvant avoir un impact sur l’antibiorésistance.

Matériel et méthodes

Des biopsies gastriques ont été prélevées à 2 reprises minimum (avant/après traitement ou après changement de traitement) chez des patients infectés par Hp (n = 25 patients) ou à des localisations anatomiques différentes (Antre/Fundus) (n = 17 patients). Après extraction automatisée des biopsies, l’ADN a été amplifié au moyen d’une PCR multiplexée. Les amplicons ont été dosés, purifiés puis séquencés sur plateforme Illumina iSeq100.

Résultats

La diversification antrale des populations de Hp est significativement plus importante qu'au niveau fundique pour les gènes rpoB et rdxA, et réciproquement pour le gène 23S (p<0.05). Une hétérogénéité de la population de Hp a été mise en évidence au cours du temps sans qu’il ne soit montré de corrélation entre le temps et l’apparition/disparition des mutations. De plus, plusieurs mutations pertinentes (n=15) ont pu être soupçonnées d’être impliquées dans la résistance pour les gènes gyrA, 23S, 16S, rpoB et pbp1A.

Conclusion

Cette étude permet de mettre en évidence la diversification de Hp au cours du temps ainsi que l’hétérogénéité de la population bactérienne au sein d’un même hôte. Cette étude, la première de ce type (séquençage à haut débit de Helicobacter pylori sur biopsie clinique) sera complétée par la mise en place d'un couplage résistome/virulome afin de déterminer les patients porteurs de souches CagA+ résistantes et d'en étudier l'association avec des profils d'antibiorésistance.

Mots-clés libres : Helicobacter pylori, NGS, antibiorésistance, résistome, hétérogénéité, mutations.

Rameau (langage normalisé) :
• Estomac‎ -- Maladies
  
• Infections à bactéries Gram négatives -- Résistance aux antibiotiques
  
• Infections à Helicobacter -- Résistance aux antibiotiques