• ENT
  • Intranet
  • Portail étudiant
  • Portail université

Outils accessibilité :

  • Accessibilité |
  • Aller au contenu |
  • Aller au menu
 

UPmémoires

Recherche

Thèse d'exercice

Choquet Emeline

Évaluation du système GenomEra® CDX pour la détection des infections à virus respiratoire syncytial et virus grippaux

Français

Consulter le texte intégral (format PDF)  

Couverture du document

Index

Résumé

  • Français
 

Français

Évaluation du système GenomEra® CDX pour la détection des infections à virus respiratoire syncytial et virus grippaux

L’objectif de cette thèse consistait en l’évaluation du GenomEra®CDX System (kit GenomEra® Flu A/B + RSV (Influenzavirus (IAV/IBV) / Virus Respiratoire Syncytial (VRS) ; Abacus Diagnostica, Turku, Finlande) en comparant ses performances analytiques de détection de ces pathogènes respiratoires par RT-qPCR (coefficient de concordance (k), sensibilité (Se), spécificité (Sp)), à celles de notre technique de routine (AllplexTM Respiratory ; Seegene, Séoul, République de Corée).

L’évaluation de cette méthode de PCR rapide comprenait des études d’inclusivité, de réactivité croisée, de reproductibilité et une étude clinique. L’étude clinique consistait en l’analyse prospective d’échantillons respiratoires frais (n = 299 ; 116 écouvillons nasaux (N), 129 écouvillons nasopharyngés (NP) et 54 aspirations nasopharyngées (ASNA)) prélevés sur des patients hospitalisés au Centre Hospitalier Universitaire de Poitiers (France) pendant l’hiver 2018 - 2019. Les échantillons pour lesquels les deux méthodes donnaient des résultats discordants étaient analysés par une 3ème méthode : une PCR en temps réels (R-gene®, BioMérieux, France). Le résultat retenu pour chaque cible virale (positif ou négatif) correspondait à celui délivré par au moins 2 méthodes de biologie moléculaire (incluant le résultat de la méthode discriminante si nécessaire).

Les résultats des différentes études ont montré que la méthode GenomEra (Abacus Diagnostica) est reproductible et capable de détecter diverses souches d’IAV, d’IBV, de VRS A et de VRS B. De plus, aucune réaction croisée avec les germes potentiellement présents dans le tractus respiratoire n’a été décelée. Lors de l’étude clinique, les performances du test n’ont pas pu être obtenues pour toutes les cibles virales, car aucun échantillon clinique analysé ne contenait le virus Influenza B. Sur les N, Se, Sp, VPP, VPN et κ étaient : i) 100%, 97%, 90%, 100% et 0.87 pour IAV ; ii) indéterminé, 97%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.82 pour VRS A ; vi) 100%, 100%, 100%, 100% et 0.89 pour VRS B. Sur les NP, les performances étaient : i) 100%, 99%, 97%, 100% et 0.96 pour IAV ; ii) indéterminé, 98%, indéterminé, 100% et indéterminé pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 1 pour VRS A ; vi) 90%, 100%, 100%, 99% et 0,84 pour VRS B. Sur les ASNA, les performances étaient : i) 86%, 100%, 100%, 98% et 0.91 pour IAV ; ii) indéterminé, 100%, indéterminé, 100% et 1 pour IBV ; iii) 100%, 100%, 100%, 100% et 0 ,95 pour VRS A ; vi) 95%, 100%, 100%, 97% et 0,92 pour VRS B.

Avec 1 faux négatif et 5 faux positifs (incluant 1 faux positif IBV), les performances de détection du virus Influenza sont bonnes mais restent améliorables. Avec seulement 2 résultats faussement négatifs, les performances du test pour la détection du virus respiratoire syncytial sont impressionnantes.

    Rameau (langage normalisé) :
  • Maladies à virus
  • Influenzavirus
  • Génomique

Notice

Diplôme :
Diplôme d'état de Pharmacie
Établissement de soutenance :
Université de Poitiers
UFR, institut ou école :
UFR Médecine et Pharmacie
Domaine de recherche :
Biologie médicale
Directeur(s) du travail :
Maxime Pichon, Celine Chessa
Date de soutenance :
10 décembre 2019
Président du jury :
Nicolas Lévêque
Membres du jury :
Guylène Page, Agnès Beby-Defaux

 

Menu :

  • Rechercher par...

    • Années de soutenance
    • Auteurs
    • Directeurs de travaux
    • Formations
    • Disciplines
    • Recherche ciblée
    • Dernières soutenances
  • Déposer en ligne

    • Qui ?
    • Quoi ?
    • Comment ?
      • Comment créer un PDF valide ?
      • Comment déposer son travail ?
      • Bonnes pratiques
    • Documents à télécharger
  • à propos d'UPétille

    • Pourquoi UPétille ?
    • Fonctionnalités
    • Modalités de diffusion
    • Contacts
    • FAQ
  • Voir aussi

    • Bibliothèques de l'UP
    • Sudoc

Annexe :

affiche de communication sur le dépôt des travaux d'étudiants : 215, c'est le nombre de fois où le réveil a sonné trop tôt cette année pour travailler sur mon mémoire. Franchement j'aimerai ne pas être le seul à l'avoir lu ! / Lionel Bernardin / idsworks.com
  • Une question ?

    Avec le service Ubib.fr, posez votre question par chat à un bibliothécaire dans la fenêtre ci-dessous ou par messagerie électronique 7j/7 - 24h/24h, une réponse vous sera adressée sous 48h.
    Accédez au formulaire...

 
 

Université de Poitiers - 15, rue de l'Hôtel Dieu - 86034 POITIERS Cedex - France - Tél : (33) (0)5 49 45 30 00 - Fax : (33) (0)5 49 45 30 50
petille@support.univ-poitiers.fr - Crédits et mentions légales