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Introduction

Les infections fongiques dues aux champignons filamenteux sont des pathologies difficiles à diagnostiquer. Afin d’améliorer la prise en charge thérapeutique des patients il s’avère donc nécessaire d’utiliser de nouveaux outils diagnostiques. Récemment de nombreux travaux ont démontré l’intérêt potentiel de la spectrométrie de masse (SM) dans l’identification de ces microorganismes. L'objectif de cette étude était d’évaluer la place du système MALDI-TOF dans l’identification des champignons filamenteux en routine au sein du laboratoire de mycologie du CHU de Poitiers.

Méthode

Une étude prospective a permis de rassembler 98 souches dont 16 Aspergillus sp, 70 dermatophytes et 12 autres moisissures non Aspergillus. Chacun des isolats obtenus après culture a été préparé suivant le protocole d’extraction VITEK MS® MOULD KIT (BioMérieux) puis analysé en parallèle sur l’automate VITEK-MS® (BioMérieux) et sur l’automate Autof MS 1000® (Eurobio Scientific).

Résultats

Les données obtenues avec le VITEK-MS® montrent des taux d’identification estimées à 65.6% concernant les Aspergillus sp, 56.1 % concernant les dermatophytes et 31.25 % concernant les autres moisissures non Aspergillus. Les performances de l’Autof MS 1000® ont été largement inférieures sur les souches d’Aspergillus sp (0%), sur les autres moisissures non Aspergillus (0%) et sur les souches de dermatophytes (4.25%).

Conclusion

Le système MALDI-TOF VITEK-MS® pourrait être utilisé comme un outil complémentaire pour l’identification des isolats cliniques de champignons filamenteux recueillis au laboratoire de mycologie du CHU de Poitiers. Il permet une réponse fiable et plus rapide aux cliniciens que les techniques conventionnelles mais ne permet pas l’identification de toutes les souches.

Contexte : Pneumocytis jirovecii est un champignon de répartition ubiquitaire, agent de la pneumocystose humaine (PneumoCystis pneumonia = PCP), une infection opportuniste pouvant être mortelle et touchant les individus immunodéprimés exposés. L’absence de clinique et d’imagerie spécifique de la PCP compliquent son diagnostic et rendent nécessaire le diagnostic biologique. Ce dernier repose principalement sur la mise en évidence du champignon dans des prélèvements respiratoires qui est le plus souvent réalisée par PCR, technique la plus sensible. Cependant, un résultat de PCR positif ne permet pas de distinguer un patient atteint de PCP d’un patient colonisé par le champignon. Le dosage sérique du (1,3)-β-D-glucane (BDG) a été proposé pour aider à réaliser cette distinction.

Méthodes : Nous avons réalisé une analyse rétrospective sur les PCR Pneumocystis positives réalisées entre juin 2020 et juillet 2022 pour lesquels un dosage sérique de BDG avait été réalisé. La sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive positive (VPP) et la valeur prédictive négative (VPN) du test au BDG ont été évaluées à différents seuils de positivité du BDG.

Résultats : 102 patients positifs en PCR ont été inclus. Le seuil de positivité du BDG ≥ 80 pg/mL a été tout d’abord utilisé. La sensibilité ainsi retrouvée était de 87,9%, la spécificité de 78,3%, la VPP de 65,9%, et la VPN de 93,1%. Au seuil de BDG à 200 pg/mL, le BDG a présenté une sensibilité de 75,8%, une spécificité de 87%, une VPP de 73,5% et une VPN de 88,2%. Le seuil de BDG de 300pg/mL a également été évalué et a montré une sensibilité de 72,7%, une spécificité de 89,9%, une VPP de 77,4% et une VPN de 87,3%.

Conclusions : Le dosage du BDG semble présenter une excellente capacité à exclure une pneumocystose lorsqu’il est négatif (< 80 pg/mL). Dans le cas d’une PCR Pneumocystis positive, un résultat de BDG négatif correspondait ainsi dans près de 9 cas sur 10 à une colonisation dans cette étude. Par ailleurs, chez les patients positifs en PCR, des valeurs de BDG élevées (≥ 200 pg/mL) sont le plus souvent associées à une pneumocystose et un seuil de BDG à 200 pg/mL permettrait de confirmer une pneumocystose dans 3 cas sur 4. Le dosage sérique du BDG est donc intéressant pour différencier colonisation et infection, permettant le plus souvent d’orienter vers la colonisation lorsqu’il est négatif et de confirmer la PCP lorsqu’il est élevé (≥ 200 pg/mL) avec un risque relativement faible de traiter un patient à tort dans ce dernier cas (1 sur 4).

Objectif : Malgré les avancées diagnostiques et thérapeutiques, la morbi-mortalité des infections fongiques invasives (IFI) reste importante, nécessitant un diagnostic biologique rapide et fiable. Le lavage bronchoalvéolaire (LBA) se révèle être un prélèvement majeur pour ce diagnostic. Ce prélèvement est, dans certains cas, conservé à température ambiante (TA), cependant très peu d'études existent sur sa stabilité à cette température. L'objectif de ce travail était donc de réaliser une revue de la littérature sur le sujet et d'évaluer par une étude expérimentale la stabilité des champignons dans le LBA à TA dans la cadre du diagnostic mycologique par culture.

Matériels et méthodes : Trois souches cliniques de moisissures (Aspergillus fumigatus, Fusarium proliferatum, Rhizopus arrhizus) et une souche clinique de levure (Cryptococcus neoformans) ont été incubées chacune dans du LBA et du sérum salé isotonique (SSI). Ces suspensions ont été conservées à TA puis mises en culture au temps zéro, 4 h, 12 h, 24 h, 48 h et à 72 h pour évaluer la quantité de champignon présente dans l'échantillon. Pour chaque champignon cette opération a été répétée trois fois et le nombre moyen de colonies a été calculé pour chaque temps d'ensemencement.

Résultats : La revue bibliographique ménée a mis en évidence que les études sur ce sujet sont très rares. Cependant certains auteurs ont démontré la capacité des champignons à survivre en milieu liquide sur de longues périodes. Dans notre étude, tous les champignons testés ont survécu au bout des trois jours de conservation à TA, aussi bien dans le LBA que le SSI. Il n'y avait pas de différence significative dans les numérations de colonies d'A. fumigatus et de R. arrhizus, que ce soit dans le LBA ou le SSI, alors que pour F. proliferatum et C. neoformans, il existait une augmentation significative des numérations au fil du temps.

Conclusion : Les échantillons respiratoires peuvent se conserver jusqu'à 72 heures à TA sans impact sur le diagnostic mycologique par culture. Des études complémentaires restent nécessaires pour confirmer la reproductibilité de ces données et tester d'autres champignons ou d'autres types de prélèvements avec un nombre de réplicats plus élevé.

Introduction

Les mucormycoses sont des pathologies difficiles à diagnostiquer. Le taux de mortalité est élevé, et une prise en charge précoce est essentielle pour améliorer les chances de survie. Récemment, différentes PCR permettant de détecter l’ADN des Mucorales ont été développées. L’objectif de cette étude est d'évaluer les performances de deux kits de PCR multiplexe : Fungiplex® Mucorales (Bruker) et MucorGenius® (PathoNostics) et de les comparer aux performances de la PCR Mucorales maison actuellement en place au CHU de Poitiers.

Méthode

Afin d’évaluer les performances des deux kits de PCR Mucorales multiplexées, 25 échantillons identiques provenant de patients immunodéprimés à risque d’infection fongique invasive ont été testés de manière rétrospective. Dix-sept échantillons de LBA, sérum ou biopsie étaient connus avec une PCR Mucorales positive. Les huit autres étaient positifs à d’autres champignons filamenteux, levures ou bactéries. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus avec la technique de PCR maison actuellement utilisée au CHU de Poitiers.

Résultats

Les tests PCR réalisés avec les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® étaient positifs pour 10/17 et 14/17 échantillons respectivement. Les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® montrent ainsi sur ces échantillons une sensibilité respective de 58,8% et 82,4%, et une spécificité identique de 100% par rapport à la PCR maison.

Conclusion

Le kit MucorGenius® obtient des performances comparables à la technique de PCR maison, satisfaisantes pour contribuer au diagnostic des mucormycoses. En revanche, le kit Fungiplex® Mucorales souffre d’un manque de sensibilité.

Objectif. Les mucormycoses sont des infections causées par des champignons appartenant à l’ordre des Mucorales. Ces moisissures affectent principalement les patients d’onco-hématologie, les patients transplantés d’organes ainsi que les patients diabétiques. Leurs expressions cliniques se déclinent sous différentes formes : pulmonaire, rhino-orbito-cérébrale, cutanée et disséminée. Ces infections sont difficiles à diagnostiquer de par la faible sensibilité des cultures mycologiques et l’absence de test antigénique spécifique. Depuis quelques années, des techniques de diagnostic moléculaire de ces champignons se sont développées. Ces méthodes de détection rapide permettent d’augmenter la sensibilité du diagnostic mycologique de manière importante, ce qui vise à améliorer la prise en charge thérapeutique des patients.

Méthode. Nous avons souhaité mettre en place au centre hospitalier universitaire (CHU) de Poitiers la PCR Mucorales qui permet la détection des genres les plus fréquemment rencontrés en pathologie humaine en France (Lichtheimia, Rhizomucor, Rhizopus et Mucor) par PCR en temps réel sur sérum, liquide de lavage broncho-alvéolaire et biopsie. A cette fin, nous avons effectué la mise en place technique de la PCR et fait la validation de méthode. En outre, nous avons comparé les résultats que nous avons obtenus au CHU de Poitiers avec ceux rendus par l’hôpital Saint-Louis de l’AP-HP afin de faire la comparaison de méthode.

Résultats. Les résultats obtenus sur les patients sont concordants et comparables avec ceux retrouvés à l’hôpital Saint-Louis. Les données issues de la validation de méthode sont satisfaisantes en ce qui concerne les tests de contamination et de répétabilité. La mise en production de la technique a débuté et va permettre d’étoffer les données de reproductibilité et de variabilité inter-opérateur.

Conclusion. Notre étude a permis la mise en place de la PCR Mucorales au sein de notre laboratoire grâce à son adaptation au matériel et à la méthode d’extraction dont nous disposons au niveau du plateau technique. Elle va améliorer la prise en charge diagnostique et thérapeutique des mucormycoses au CHU de Poitiers.

Les parabènes sont des substances dotées de propriétés antifongiques et antibactériennes, suspectées d'être des perturbateurs endocriniens et très largement utilisées comme conservateurs dans les produits cosmétiques. L'exposition aux parabènes s'effectue alors principalement par voie cutanée et ces produits peuvent alors interagir avec les constituants de la peau dont le mycobiote cutané.

Ce travail a permis d'explorer les interactions entre trois parabènes (méthylparabène, éthylparabène et propylparabène) et deux levures du mycobiote cutané humain (Candida parapsilosis et Cryptococcus uniguttulatus) en étudiant in vitro l'effet des parabènes sur la croissance fongique et la capacité de ces microorganismes à métaboliser les parabènes testés. La croissance des trois souches de C. parapsilosis n'a pas été influencée par la présence de parabènes, ce qui pourrait être expliqué par les faibles concentrations testées. En revanche, la croissance de C. uniguttulatus a été complètement inhibée par l'éthylparabène dès le premier jour de contact, alors que ce même champignon n'était pas sensible aux deux autres parabènes, même après sept jours d'incubation. La présence d'une capsule chez ce champignon ainsi que les propriétés physico-chimiques de l'éthylparabène pourraient expliquer cette inhibition sélective.

Les trois souches de C. parapsilosis ont dégradé 90 à 100% de propylparabène après sept jours d'incubation, mais n'ont eu aucun effet sur les autres parabènes. Les enzymes de C. parapsilosis ne semblent ainsi dégrader que les parabènes à chaine longue. C. uniguttulatus n'a dégradé aucun parabène, même après sept jours d'incubation. Cette incapacité peut être due à l'absence d'enzymes fongiques capables de dégrader les parabènes ou à l'inaccessibilité possible d'une enzyme intracellulaire aux parabènes en raison de la capsule polysaccharidique.

Nos travaux ont ainsi montré que les parabènes peuvent agir de façon différente sur un champignon ou un autre au sein du mycobiote cutané ce qui pourrait entrainer un état de dysbiose chez les personnes utilisant des cosmétiques contenant ces composés. Ce mycobiote cutané peut également être impliqué dans la dégradation des parabènes et ainsi diminuer potentiellement le risque de perturbation endocrinienne dont ils sont responsables.

Les levures et champignons filamenteux sont une cause émergente d’infections et représentent un problème important de santé publique chez les patients immunodéprimés. Cependant, le nombre d’antifongiques disponibles pour lutter contre ces maladies graves reste très faible. Les peptides antimicrobiens, qui sont des molécules faisant partie du système immunitaire de nombreuses espèces, représentent une voie de recherche prometteuse mais c’est surtout leur effet antibactérien qui a été jusque-là étudié. Le but de notre étude a été de tester l’activité de la warnericine RK, de l’armadillidine H, de la magainine II et de la temporine [K3]SHa contre certaines levures et moisissures puis d’explorer l’activité de la temporine [K3]SHa sur C. albicans.

Afin d'évaluer l'activité antifongique de ces peptides, leurs CMI ont été déterminées selon les recommandations de l’EUCAST. Puis, l’activité de la temporine [K3]SHa contre C. albicans a été évaluée par une courbe de mortalité, un test de perméabilisation membranaire et une observation en microscopie électronique. Enfin, l’action de la temporine [K3]SHa contre les biofilms de C. albicans a été étudiée.

La warnericine RK, l'armadillidine H et la magainine II n'ont présenté aucune efficacité antifongique contre les champignons testés. En revanche, la temporine [K3]SHa a exercé une activité contre Cryptococcus neoformans et la plupart des souches de Candida testées, excepté C. glabrata. L'efficacité contre les moisissures s’est révélée quant à elle très modérée. La temporine [K3]SHa a été rapidement fongicide contre C. albicans avec un mécanisme d’action qui semble dû à une perméabilisation membranaire et à des altérations des structures fongiques. En revanche, seule une légère activité anti-biofilm a pu être observée.

La temporine [K3] SHa pourrait représenter un nouveau composé antifongique potentiel contre les levures du genre Candida non glabrata et C. neoformans. D'autres études sont cependant nécessaires pour préciser son mode d’action et pour explorer une synergie potentielle avec les agents antifongiques conventionnels.

Introduction : Les amibes libres du genre Acanthamoeba sont largement répandues dans l'environnement et peuvent provoquer des atteintes oculaires à type de kératite amibienne. L'objectif de cette étude a été de tester in vitro l'action d'un nouvel azolé, l'isavuconazole, sur différentes espèces d'Acanthamoeba.

Matériel et méthodes : Des trophozoïtes et des kystes d'A. castellanii, A. hatchetti et A. lenticulata ont été mis en contact pendant 24 et 48h avec l'isavuconazole aux concentrations suivantes : 400µg/mL, 200µg/mL, 100µg/ml, 50µg/mL et 25µg/mL. Après incubation, la viabilité amibienne a été évaluée au bleu trypan. Les différentes formes de ces protozoaires ont également été déposées sur géloses non nutritives préalablement ensemencées avec une suspension d'Escherichia coli afin d'évaluer leur mobilité au microscope inversé.

Résultats : Les trophozoïtes de l'espèce A. castellanii paraissent plus sensibles à l'isavuconazole que les autres espèces testées avec un effet sur leur mobilité à partir de 100µg/mL. Une diminution du nombre des trophozoïtes et des kystes a été notée lors de l'étude de la viabilité pour toutes les amibes testées. Au total, l'isavuconazole n'a pas permis une élimination complète des formes amibiennes, trophozoïtes ou kystes.

Conclusion : L'isavuconazole ne serait donc pas destinée à être un traitement unique pour la kératite amibienne mais bien une aide supplémentaire, uniquement dans le cas d'infections dues à A. castellanii en association aux autres traitements déjà existants pour cette atteinte oculaire.