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Perraud Estelle

Les travaux encadrés par "Perraud Estelle"

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  • PCR Mucorales : comparaison des performances d’une technique maison et de deux kits commerciaux    - Deffois Emilie  -  17 décembre 2020  - Thèse d'exercice

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    Introduction

    Les mucormycoses sont des pathologies difficiles à diagnostiquer. Le taux de mortalité est élevé, et une prise en charge précoce est essentielle pour améliorer les chances de survie. Récemment, différentes PCR permettant de détecter l’ADN des Mucorales ont été développées. L’objectif de cette étude est d'évaluer les performances de deux kits de PCR multiplexe : Fungiplex® Mucorales (Bruker) et MucorGenius® (PathoNostics) et de les comparer aux performances de la PCR Mucorales maison actuellement en place au CHU de Poitiers.

    Méthode

    Afin d’évaluer les performances des deux kits de PCR Mucorales multiplexées, 25 échantillons identiques provenant de patients immunodéprimés à risque d’infection fongique invasive ont été testés de manière rétrospective. Dix-sept échantillons de LBA, sérum ou biopsie étaient connus avec une PCR Mucorales positive. Les huit autres étaient positifs à d’autres champignons filamenteux, levures ou bactéries. Les résultats ont été comparés à ceux obtenus avec la technique de PCR maison actuellement utilisée au CHU de Poitiers.

    Résultats

    Les tests PCR réalisés avec les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® étaient positifs pour 10/17 et 14/17 échantillons respectivement. Les kits Fungiplex® Mucorales et MucorGenius® montrent ainsi sur ces échantillons une sensibilité respective de 58,8% et 82,4%, et une spécificité identique de 100% par rapport à la PCR maison.

    Conclusion

    Le kit MucorGenius® obtient des performances comparables à la technique de PCR maison, satisfaisantes pour contribuer au diagnostic des mucormycoses. En revanche, le kit Fungiplex® Mucorales souffre d’un manque de sensibilité.

  • Diagnostic des mucormycoses par PCR en temps réel au CHU de Poitiers : mise en place technique et validation de méthode    - Portet Sulla Vincent  -  23 octobre 2020  - Thèse d'exercice

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    Objectif. Les mucormycoses sont des infections causées par des champignons appartenant à l’ordre des Mucorales. Ces moisissures affectent principalement les patients d’onco-hématologie, les patients transplantés d’organes ainsi que les patients diabétiques. Leurs expressions cliniques se déclinent sous différentes formes : pulmonaire, rhino-orbito-cérébrale, cutanée et disséminée. Ces infections sont difficiles à diagnostiquer de par la faible sensibilité des cultures mycologiques et l’absence de test antigénique spécifique. Depuis quelques années, des techniques de diagnostic moléculaire de ces champignons se sont développées. Ces méthodes de détection rapide permettent d’augmenter la sensibilité du diagnostic mycologique de manière importante, ce qui vise à améliorer la prise en charge thérapeutique des patients.

    Méthode. Nous avons souhaité mettre en place au centre hospitalier universitaire (CHU) de Poitiers la PCR Mucorales qui permet la détection des genres les plus fréquemment rencontrés en pathologie humaine en France (Lichtheimia, Rhizomucor, Rhizopus et Mucor) par PCR en temps réel sur sérum, liquide de lavage broncho-alvéolaire et biopsie. A cette fin, nous avons effectué la mise en place technique de la PCR et fait la validation de méthode. En outre, nous avons comparé les résultats que nous avons obtenus au CHU de Poitiers avec ceux rendus par l’hôpital Saint-Louis de l’AP-HP afin de faire la comparaison de méthode.

    Résultats. Les résultats obtenus sur les patients sont concordants et comparables avec ceux retrouvés à l’hôpital Saint-Louis. Les données issues de la validation de méthode sont satisfaisantes en ce qui concerne les tests de contamination et de répétabilité. La mise en production de la technique a débuté et va permettre d’étoffer les données de reproductibilité et de variabilité inter-opérateur.

    Conclusion. Notre étude a permis la mise en place de la PCR Mucorales au sein de notre laboratoire grâce à son adaptation au matériel et à la méthode d’extraction dont nous disposons au niveau du plateau technique. Elle va améliorer la prise en charge diagnostique et thérapeutique des mucormycoses au CHU de Poitiers.

  • Interactions entre parabènes et levures du mycobiote cutané    - Benlaassri Mohammed  -  29 octobre 2019  - Thèse d'exercice

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    Les parabènes sont des substances dotées de propriétés antifongiques et antibactériennes, suspectées d'être des perturbateurs endocriniens et très largement utilisées comme conservateurs dans les produits cosmétiques. L'exposition aux parabènes s'effectue alors principalement par voie cutanée et ces produits peuvent alors interagir avec les constituants de la peau dont le mycobiote cutané.

    Ce travail a permis d'explorer les interactions entre trois parabènes (méthylparabène, éthylparabène et propylparabène) et deux levures du mycobiote cutané humain (Candida parapsilosis et Cryptococcus uniguttulatus) en étudiant in vitro l'effet des parabènes sur la croissance fongique et la capacité de ces microorganismes à métaboliser les parabènes testés. La croissance des trois souches de C. parapsilosis n'a pas été influencée par la présence de parabènes, ce qui pourrait être expliqué par les faibles concentrations testées. En revanche, la croissance de C. uniguttulatus a été complètement inhibée par l'éthylparabène dès le premier jour de contact, alors que ce même champignon n'était pas sensible aux deux autres parabènes, même après sept jours d'incubation. La présence d'une capsule chez ce champignon ainsi que les propriétés physico-chimiques de l'éthylparabène pourraient expliquer cette inhibition sélective.

    Les trois souches de C. parapsilosis ont dégradé 90 à 100% de propylparabène après sept jours d'incubation, mais n'ont eu aucun effet sur les autres parabènes. Les enzymes de C. parapsilosis ne semblent ainsi dégrader que les parabènes à chaine longue. C. uniguttulatus n'a dégradé aucun parabène, même après sept jours d'incubation. Cette incapacité peut être due à l'absence d'enzymes fongiques capables de dégrader les parabènes ou à l'inaccessibilité possible d'une enzyme intracellulaire aux parabènes en raison de la capsule polysaccharidique.

    Nos travaux ont ainsi montré que les parabènes peuvent agir de façon différente sur un champignon ou un autre au sein du mycobiote cutané ce qui pourrait entrainer un état de dysbiose chez les personnes utilisant des cosmétiques contenant ces composés. Ce mycobiote cutané peut également être impliqué dans la dégradation des parabènes et ainsi diminuer potentiellement le risque de perturbation endocrinienne dont ils sont responsables.

  • Activité de peptides antimicrobiens contre des levures et champignons filamenteux d’intérêt médical : la temporine [K3]SHa, un nouvel agent antifongique potentiel    - Brunet Kevin  -  14 septembre 2018  - Thèse d'exercice

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    Les levures et champignons filamenteux sont une cause émergente d’infections et représentent un problème important de santé publique chez les patients immunodéprimés. Cependant, le nombre d’antifongiques disponibles pour lutter contre ces maladies graves reste très faible. Les peptides antimicrobiens, qui sont des molécules faisant partie du système immunitaire de nombreuses espèces, représentent une voie de recherche prometteuse mais c’est surtout leur effet antibactérien qui a été jusque-là étudié. Le but de notre étude a été de tester l’activité de la warnericine RK, de l’armadillidine H, de la magainine II et de la temporine [K3]SHa contre certaines levures et moisissures puis d’explorer l’activité de la temporine [K3]SHa sur C. albicans.

    Afin d'évaluer l'activité antifongique de ces peptides, leurs CMI ont été déterminées selon les recommandations de l’EUCAST. Puis, l’activité de la temporine [K3]SHa contre C. albicans a été évaluée par une courbe de mortalité, un test de perméabilisation membranaire et une observation en microscopie électronique. Enfin, l’action de la temporine [K3]SHa contre les biofilms de C. albicans a été étudiée.

    La warnericine RK, l'armadillidine H et la magainine II n'ont présenté aucune efficacité antifongique contre les champignons testés. En revanche, la temporine [K3]SHa a exercé une activité contre Cryptococcus neoformans et la plupart des souches de Candida testées, excepté C. glabrata. L'efficacité contre les moisissures s’est révélée quant à elle très modérée. La temporine [K3]SHa a été rapidement fongicide contre C. albicans avec un mécanisme d’action qui semble dû à une perméabilisation membranaire et à des altérations des structures fongiques. En revanche, seule une légère activité anti-biofilm a pu être observée.

    La temporine [K3] SHa pourrait représenter un nouveau composé antifongique potentiel contre les levures du genre Candida non glabrata et C. neoformans. D'autres études sont cependant nécessaires pour préciser son mode d’action et pour explorer une synergie potentielle avec les agents antifongiques conventionnels.

  • Activité de l'isavuconazole sur des amibes libres du genre Acanthamoerba    - Eestermans Rémi  -  11 décembre 2017  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Les amibes libres du genre Acanthamoeba sont largement répandues dans l'environnement et peuvent provoquer des atteintes oculaires à type de kératite amibienne. L'objectif de cette étude a été de tester in vitro l'action d'un nouvel azolé, l'isavuconazole, sur différentes espèces d'Acanthamoeba.

    Matériel et méthodes : Des trophozoïtes et des kystes d'A. castellanii, A. hatchetti et A. lenticulata ont été mis en contact pendant 24 et 48h avec l'isavuconazole aux concentrations suivantes : 400µg/mL, 200µg/mL, 100µg/ml, 50µg/mL et 25µg/mL. Après incubation, la viabilité amibienne a été évaluée au bleu trypan. Les différentes formes de ces protozoaires ont également été déposées sur géloses non nutritives préalablement ensemencées avec une suspension d'Escherichia coli afin d'évaluer leur mobilité au microscope inversé.

    Résultats : Les trophozoïtes de l'espèce A. castellanii paraissent plus sensibles à l'isavuconazole que les autres espèces testées avec un effet sur leur mobilité à partir de 100µg/mL. Une diminution du nombre des trophozoïtes et des kystes a été notée lors de l'étude de la viabilité pour toutes les amibes testées. Au total, l'isavuconazole n'a pas permis une élimination complète des formes amibiennes, trophozoïtes ou kystes.

    Conclusion : L'isavuconazole ne serait donc pas destinée à être un traitement unique pour la kératite amibienne mais bien une aide supplémentaire, uniquement dans le cas d'infections dues à A. castellanii en association aux autres traitements déjà existants pour cette atteinte oculaire.

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