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Les torque teno virus sont des petits virus de la famille des Anelloviridae et font partie du virome circulant. Ils possèdent une diversité génétique très importante, sont largement répandus dans la population mondiale et leur caractère pathogène n’est toujours pas clairement prouvé. La réplication des TTV est étroitement liée au statut immunitaire de l’hôte, ce qui fait d’eux des biomarqueurs prometteurs de la fonction immunitaire des patients immunodéprimés. Ainsi, plus les charges virales TTV seraient élevées, plus le risque infectieux serait grand. Les patients présentant une lésion cérébrale aiguë en réanimation sont sujets à une immunodépression post-traumatique entrainant une augmentation des complications infectieuses, notamment des réactivations virales de l’HSV et/ou du CMV, associées à un mauvais devenir. L’objectif de ce travail était donc d’étudier la cinétique de réplication des TTV chez les patients cérébro-lésés en réanimation à l’aide de la trousse TTV R-gene® et d’essayer de la corréler au devenir des patients. Malgré une fréquence de réplication de 57%, plus faible que dans la population générale, la réplication des TTV était plus fréquente et plus importante chez les patients ayant réactivé le virus HSV. Au vu de notre faible échantillonnage de patients, nous n’avons pas observé de lien entre les charges virales des TTV et l’évolution des patients. Cette étude préliminaire nécessite maintenant d’être étendue à un nombre plus important de patients et d’être élargie à tout le virome chez ces patients cérébro-lésés.

Introduction : Le BK polyomavirus – ou BKPyV – est un petit virus à ADN membre de la famille des Polyomaviridae découvert en 1971 chez un patient greffé rénal. Sa séroprévalence en population générale est importante. Il n’est à l’origine de pathologies identifiées que chez certains patients immunodéprimés, dont, principalement, les greffés rénaux et les allogreffés de CSH. Chez ces patients, le suivi de la réplication de BKPyV se fait par quantification de l’ADN viral dans le sang total EDTA et dans les urines. Ces techniques de quantification par PCR ont une mauvaise reproductibilité interlaboratoire et il y a donc un besoin de standardisation entre les techniques existantes. La technique de PCR quantitative en temps réel utilisée au CHU de Nantes depuis 2003 présentait des performances satisfaisantes, mais, les résultats d’une évaluation interlaboratoire nationale ont montré qu’elle sous-quantifiait le génotype II.

Méthode : Nous avons conçu de nouvelles amorces destinées à améliorer la quantification du génotype II, sans perdre les performances de la technique initiale sur les autres génotypes. Afin de tester ceci, nous avons repris des échantillons de sang total EDTA et d’urines du suivi de patients transplantés rénaux de différents génotypes, ainsi que des échantillons de contrôles de qualité externes. La technique a été testée sur le standard international de quantification de l’OMS en vue de la standardisation de la technique et de l’expression des charges virales en UI/mL.

Résultats : Les nouvelles amorces ont permis de quantifier correctement le génotype II tout en conservant des performances de qualité sur les autres génotypes. Les critères de qualité de la technique ont été testés sur site en vue d’une accréditation en portée B selon la norme NF ISO 15189, tous étaient conformes. Le standard international OMS a permis d’obtenir un facteur de conversion des copies/mL aux UI/mL de 3,41 sur le sang total EDTA. Des échantillons de patients connus infectés par un BKPyV de génotype II ont été réanalysés en vue de l’étude de l’impact clinique de cette sous-quantification du génotype II.

Discussion : La technique de PCR quantitative en temps réel BKPyV a pu être optimisée afin de s’affranchir des variations inter-génotypes précédemment observées. D’un point de vue clinique, certaines viruries faibles (inférieures à 5 log10 cp/mL) n’ont pas été détectées à cause de la sous-quantification du génotype II. Cette modification technique a également permis d’optimiser la prise en charge des patients de génotype II, même si ce génotype semble peu fréquent dans nos populations de transplantés. La technique ainsi modifiée a obtenu l’accréditation selon la norme NF ISO 15189 en portée B au mois de décembre 2017. En revanche, la mise en place en routine de la quantification à l’aide du standard international de l’OMS nécessite des investigations complémentaires.

Introduction : Les polyomavirus humains sont des petits virus à ADN circulaire bicaténaire. A ce jour, treize espèces ont été identifiées chez l’homme. Ils sont largement répandus dans la population générale d’après leurs chiffres élevés de séroprévalence. En revanche, leur caractère pathogène ne s’exprime que chez des sujets immunodéprimés. Le BKPyV, le JCPyV et le MCPyV sont respectivement responsables de Néphropathie à BKPyV chez des sujets transplantés rénaux, de LeucoEncéphalopathie Multifocale Progressive chez des patients atteints d’hémopathies malignes et du Carcinome Cellulaire de Merkel chez des sujets âgés. Le polyomavirus humain de type 9 a été découvert en 2011 par Scuda et al. chez une patiente transplantée rénale.

Méthode : Nous avons étudié une cohorte de quatre-vingt-dix-neuf patients transplantés rénaux au CHU de Nantes entre octobre 2010 et novembre 2013. Les échantillons de sang total EDTA et d’urine étudiés ont tous été prélevés entre trois mois et neuf mois après transplantation. Une PCR spécifique ciblant une portion du gène VP1 de l’HPyV9 a été mise au point en utilisant un ADN synthétique. Après l’optimisation des conditions réactionnelles de la PCR en temps réel, cette technique a été appliquée à 61 prélèvements de sang total EDTA et à 245 prélèvements d’urine.

Résultats : Aucun des 61 prélèvements de sang total EDTA analysés n’a été détecté positif pour l’HPyV9 malgré une détection satisfaisante de l’IPC. Pour les échantillons d’urine, le gène de l’albumine et l’IPC ont été correctement amplifiés pour 241 prélèvements. En revanche, aucun échantillon n’a été détecté positif pour l’HPyV9.

Discussion : Cette absence de détection de l’HPyV9 ne nous a pas permis d’évaluer l’éventuel caractère pathogène que pourrait posséder l’HPyV9 chez des patients immunodéprimés, tels que les patients transplantés rénaux. Peut-on le considérer comme un pathogène opportuniste, ou fait-il partie d’une flore virale existant chez l’homme, ces éléments restent à déterminer, en renouvelant des travaux chez d’autres patients immunodéprimés et chez des patients immunocompétents.