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Optimisation d’une méthode de PCR quantitative en temps réel pour la détection de tous les génotypes de BK polyomavirus humain

Introduction : Le BK polyomavirus – ou BKPyV – est un petit virus à ADN membre de la famille des Polyomaviridae découvert en 1971 chez un patient greffé rénal. Sa séroprévalence en population générale est importante. Il n’est à l’origine de pathologies identifiées que chez certains patients immunodéprimés, dont, principalement, les greffés rénaux et les allogreffés de CSH. Chez ces patients, le suivi de la réplication de BKPyV se fait par quantification de l’ADN viral dans le sang total EDTA et dans les urines. Ces techniques de quantification par PCR ont une mauvaise reproductibilité interlaboratoire et il y a donc un besoin de standardisation entre les techniques existantes. La technique de PCR quantitative en temps réel utilisée au CHU de Nantes depuis 2003 présentait des performances satisfaisantes, mais, les résultats d’une évaluation interlaboratoire nationale ont montré qu’elle sous-quantifiait le génotype II.

Méthode : Nous avons conçu de nouvelles amorces destinées à améliorer la quantification du génotype II, sans perdre les performances de la technique initiale sur les autres génotypes. Afin de tester ceci, nous avons repris des échantillons de sang total EDTA et d’urines du suivi de patients transplantés rénaux de différents génotypes, ainsi que des échantillons de contrôles de qualité externes. La technique a été testée sur le standard international de quantification de l’OMS en vue de la standardisation de la technique et de l’expression des charges virales en UI/mL.

Résultats : Les nouvelles amorces ont permis de quantifier correctement le génotype II tout en conservant des performances de qualité sur les autres génotypes. Les critères de qualité de la technique ont été testés sur site en vue d’une accréditation en portée B selon la norme NF ISO 15189, tous étaient conformes. Le standard international OMS a permis d’obtenir un facteur de conversion des copies/mL aux UI/mL de 3,41 sur le sang total EDTA. Des échantillons de patients connus infectés par un BKPyV de génotype II ont été réanalysés en vue de l’étude de l’impact clinique de cette sous-quantification du génotype II.

Discussion : La technique de PCR quantitative en temps réel BKPyV a pu être optimisée afin de s’affranchir des variations inter-génotypes précédemment observées. D’un point de vue clinique, certaines viruries faibles (inférieures à 5 log10 cp/mL) n’ont pas été détectées à cause de la sous-quantification du génotype II. Cette modification technique a également permis d’optimiser la prise en charge des patients de génotype II, même si ce génotype semble peu fréquent dans nos populations de transplantés. La technique ainsi modifiée a obtenu l’accréditation selon la norme NF ISO 15189 en portée B au mois de décembre 2017. En revanche, la mise en place en routine de la quantification à l’aide du standard international de l’OMS nécessite des investigations complémentaires.

Mots-clés libres : BK polyomavirus, Human polyomavirus 1, PCR quantitative en temps réel, diversité génotypique, accréditation, norme NF ISO 15189, standard international OMS, biologie moléculaire.

Rameau (langage normalisé) :
• Virus BK
  
• Génotype
  
• Biologie moléculaire