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Objectif : Notre étude a porté sur la description du mycobiome gastrique et l’évaluation de l’influence mutuelle du mycobiome gastrique et de l’infection par la bactérie Helicobacter pylori.

Matériel & Méthode : Dans ce but, nous avons développé une technique d’identification moléculaire fongique par amplification génique et séquençage Sanger avec le couple d’amorces universelles pan fongiques ITS1 et ITS4. Nous avons validé cette méthode sur une large gamme de champignons, avec différentes méthodes d’extraction et sur différents types d’échantillons. Nous avons ensuite étudié les biopsies gastriques de 466 patients infectés ou non par la bactérie H. pylori et présentant différentes pathologies gastro-duodénales pouvant être causées par cette infection pro-inflammatoire.

Résultats : L’étude des 466 biopsies gastriques nous a permis d’observer la rare présence d’ADN fongique dans l’estomac humain (12,2% des biopsies gastriques) avec une grande diversité de genres fongiques impliqués et un lien entre la présence d’ADN fongique et celle de la bactérie pro-inflammatoire H. pylori. Par contre l’ADN fongique n’est pas plus fréquemment présent en cas de pathologie sévère due à H. pylori (ulcères ou cancers gastriques).

Conclusion : Ces résultats ne permettent pas d’affirmer la présence d’une flore fongique gastrique résidente de type mycobiome. Le lien avec la présence de la bactérie H. pylori reste inexpliqué. Cependant la présence d’ADN fongique dans la muqueuse gastrique ne constitue pas un cofacteur de gravité de l’expression clinique de l’infection à H. pylori.

Helicobacter pylori infecte la muqueuse gastrique de plus de la moitié de la population mondiale. Dans certains cas, son diagnostic nécessite la réalisation de biopsies gastriques, notamment pour l'étude de sa sensibilité aux antibiotiques. De nombreuses études ont recherché la meilleure localisation pour la détection de H. pylori, et l'antre semblerait être le meilleur site même si toutes les études ne concordent pas. De plus, il a été montré qu'un individu pouvait être infecté par différentes populations de H. pylori, avec des profils de résistance potentiellement différents.

Cependant, toutes ces études ont étudié un nombre limité de biopsies au sein d'un même estomac. Aussi, la fréquence de la multicolonisation et de l'hétérorésistance a pu être sous estimée, et reste à préciser, notamment en France. Ainsi, notre étude cherche à évaluer sur un plus grand nombre de biopsie la répartition de H. pylori au sein de 3 estomacs obtenus par sleeve-gastrectomie, ainsi que sa densité et sa diversité en termes de résistance et de profil génétique.

La répartition et la densité bactérienne ont pu être évaluées sur plus de 80 biopsies par estomac, et les résultats obtenus montrent une répartition inégale de l'infection. Une différence de densité bactérienne entre la partie inférieure et supérieure de l'estomac n'a pu être observée que sur un seul estomac, avec une densité moyenne respectivement 5 fois et 8 fois plus élevée dans la partie inférieure par culture et par PCR quantitative. La diversité de l'infection à H. pylori a pu être étudiée sur au moins 20 biopsies par estomac, et sur plusieurs clones de 10 biopsies par estomac. Une multicolonisation a pu être observée sur un seul des 3 estomacs. Les deux souches ne sont pas localisées en un seul endroit de l'estomac, et sont également retrouvées au sein d'une même biopsie. En revanche, une hétérorésistance touchant la clarithromycine ou le métronidazole a pu être détectée dans chacun des 3 estomacs. Les clones résistants ne concernent qu'une très faible partie de la population bactérienne et présentent un profil génétique identique à celui de clones sensibles.

Ainsi, la multicolonisation par différentes souches de H. pylori en France est sans doute peu fréquente. En revanche, l'apparition de clones résistant au sein d'une même souche est sûrement sous-estimée puisqu'elle a été observée sur les 3 estomacs étudiés. Ceci reste néanmoins à confirmer sur un plus grand nombre de patient. Notre étude ne permet pas de recommander un site préférentiel pour la réalisation de biopsies, mais conforte néanmoins, l'intérêt du contrôle de l'éradication de H. pylori après traitement.