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L’infection à H.pylori s’inscrit aujourd’hui comme étant un véritable problème de santé publique et échappe, depuis quelques années maintenant, aux traitements d’éradication actuellement en vigueur.

Il semble donc indispensable d’élaborer de nouvelles stratégies thérapeutiques, l’objectif étant d’obtenir un taux d’éradication satisfaisant tout en minimisant au maximum le risque d’effet indésirable ainsi que le risque d’émergence de nouvelles résistances aux antibiotiques. La double thérapie à doses élevées d’amoxicilline couplée à un IPP ou au Vonoprazan semblerait avoir au moins la même efficacité, la même observance et entraînerait moins d’effets secondaires que les thérapies recommandées par les lignes directrices actuelles.

Trois variables constituent des point clés pour la réussite de ce traitement :

- la capacité à maintenir une concentration d'amoxicilline supérieure à la concentration minimale inhibitrice (CMI) d'amoxicilline pendant de longues portions de la journée ou au moins pendant la période où le pH intragastrique est de 6 ou plus ;

- la capacité à obtenir un pH intragastrique élevé et soutenu ;

- la durée du traitement.

La prise en compte de ces trois paramètres permet d’élaborer des schémas posologiques optimaux pour la réussite du traitement.

Cette double thérapie semble donc constituer une alternative intéressante. Elle permettrait d’atteindre un niveau d’éradication satisfaisant tout en limitant le risque d’entraîner l’apparition de nouvelles résistances. Elle permettrait également d’obtenir un traitement moins lourd grâce à une diminution du nombre de molécules différentes utilisées et, de ce fait, une diminution des effets indésirables.

Les diarrhées post-antibiotiques sont une complication fréquente de l'utilisation des antibiotiques. Dans les cas sévères, elles peuvent être une cause significative de morbidité, particulièrement chez les patients âgés hospitalisés. Si Clostridium difficile est la cause la plus fréquente et reconnue de diarrhée post-antibiotique (10-20%), la majorité des cas restent indéterminés. Certaines K. oxytoca sont capables de produire une cytotoxine qui serai responsable d'une diarrhée hémorragique. Récemment cette toxine a été identifiée, son opéron cloné et séquencé, elle a été dénommée Tilivalline. Mais ni la prévalence des diarrhées post-antibiotique dues à K. oxytoca, ni la fréquence des souches toxinogènes n'ont été déterminées sur un échantillon important de patients jusqu'à ce jour en France.

L'objectif principal de notre travail a été de déterminer la fréquence d'isolement de K. oxytoca toxinogène et hébergeant le gène de la tilivalline dans les selles diarrhéiques adressées au Laboratoire de Bactériologie Hygiène du CHU de Poitiers de mars 2017 à mars 2018 pour recherche de C. difficile.

Les K.oxytoca étaient recherchées en culture sur gélose chromogène et le gène de la tilivalline détecté par PCR en temps réel. L'effet cytotoxique des K.oxytoca était recherché par la mise en contact d'un surnageant bactérien avec une culture cellulaire de cellule Hep2. 1645 patients ont été inclus dans cette étude entre Mars 2017 et Mars 2018. 108 C.difficile toxinogène ont été détectés parmi ces patients et 57 K.oxytoca ont été détectées en culture.

La prévalence du portage de K. oxytoca chez les patients pour lesquels une selle diarhéique a été adressée au laboratoire pour recherche de C. difficile est de 3,5% (57/1645). Il n'y a pas plus de K.oxytoca chez les patients ayant reçu des antibiotiques dans les deux mois précédents l'infection (3,5%) que chez les patients n'ayant pas reçu d'antibiotiques (4%) (p = 0,36).

Cette étude pilote n'a pas permis de mettre en évidence des arguments en faveurs du rôle pathogène de K.oxytoca en étudiant l'évolution des patients en fonction de leur traitement et de la présence ou non du gène de la tilivalline par manque d'effectif.

Objectif : Notre étude a porté sur la description du mycobiome gastrique et l’évaluation de l’influence mutuelle du mycobiome gastrique et de l’infection par la bactérie Helicobacter pylori.

Matériel & Méthode : Dans ce but, nous avons développé une technique d’identification moléculaire fongique par amplification génique et séquençage Sanger avec le couple d’amorces universelles pan fongiques ITS1 et ITS4. Nous avons validé cette méthode sur une large gamme de champignons, avec différentes méthodes d’extraction et sur différents types d’échantillons. Nous avons ensuite étudié les biopsies gastriques de 466 patients infectés ou non par la bactérie H. pylori et présentant différentes pathologies gastro-duodénales pouvant être causées par cette infection pro-inflammatoire.

Résultats : L’étude des 466 biopsies gastriques nous a permis d’observer la rare présence d’ADN fongique dans l’estomac humain (12,2% des biopsies gastriques) avec une grande diversité de genres fongiques impliqués et un lien entre la présence d’ADN fongique et celle de la bactérie pro-inflammatoire H. pylori. Par contre l’ADN fongique n’est pas plus fréquemment présent en cas de pathologie sévère due à H. pylori (ulcères ou cancers gastriques).

Conclusion : Ces résultats ne permettent pas d’affirmer la présence d’une flore fongique gastrique résidente de type mycobiome. Le lien avec la présence de la bactérie H. pylori reste inexpliqué. Cependant la présence d’ADN fongique dans la muqueuse gastrique ne constitue pas un cofacteur de gravité de l’expression clinique de l’infection à H. pylori.

Helicobacter pylori infecte la muqueuse gastrique de plus de la moitié de la population mondiale. Dans certains cas, son diagnostic nécessite la réalisation de biopsies gastriques, notamment pour l'étude de sa sensibilité aux antibiotiques. De nombreuses études ont recherché la meilleure localisation pour la détection de H. pylori, et l'antre semblerait être le meilleur site même si toutes les études ne concordent pas. De plus, il a été montré qu'un individu pouvait être infecté par différentes populations de H. pylori, avec des profils de résistance potentiellement différents.

Cependant, toutes ces études ont étudié un nombre limité de biopsies au sein d'un même estomac. Aussi, la fréquence de la multicolonisation et de l'hétérorésistance a pu être sous estimée, et reste à préciser, notamment en France. Ainsi, notre étude cherche à évaluer sur un plus grand nombre de biopsie la répartition de H. pylori au sein de 3 estomacs obtenus par sleeve-gastrectomie, ainsi que sa densité et sa diversité en termes de résistance et de profil génétique.

La répartition et la densité bactérienne ont pu être évaluées sur plus de 80 biopsies par estomac, et les résultats obtenus montrent une répartition inégale de l'infection. Une différence de densité bactérienne entre la partie inférieure et supérieure de l'estomac n'a pu être observée que sur un seul estomac, avec une densité moyenne respectivement 5 fois et 8 fois plus élevée dans la partie inférieure par culture et par PCR quantitative. La diversité de l'infection à H. pylori a pu être étudiée sur au moins 20 biopsies par estomac, et sur plusieurs clones de 10 biopsies par estomac. Une multicolonisation a pu être observée sur un seul des 3 estomacs. Les deux souches ne sont pas localisées en un seul endroit de l'estomac, et sont également retrouvées au sein d'une même biopsie. En revanche, une hétérorésistance touchant la clarithromycine ou le métronidazole a pu être détectée dans chacun des 3 estomacs. Les clones résistants ne concernent qu'une très faible partie de la population bactérienne et présentent un profil génétique identique à celui de clones sensibles.

Ainsi, la multicolonisation par différentes souches de H. pylori en France est sans doute peu fréquente. En revanche, l'apparition de clones résistant au sein d'une même souche est sûrement sous-estimée puisqu'elle a été observée sur les 3 estomacs étudiés. Ceci reste néanmoins à confirmer sur un plus grand nombre de patient. Notre étude ne permet pas de recommander un site préférentiel pour la réalisation de biopsies, mais conforte néanmoins, l'intérêt du contrôle de l'éradication de H. pylori après traitement.