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La vaginose bactérienne, se définit comme une modification quantitative et qualitative du microbiote vaginal. Le score de Nugent qui consiste en une évaluation des morphotypes bactériens colorés au Gram est l'outil diagnostic de référence, mais cette technique doit reposer sur du personnel médico-technique expérimenté. La biologie moléculaire, encore peu évaluée à ce jour, propose une nouvelle approche pour ce diagnostic complexe. L'objectif de cette étude était double. D'une part, évaluer la fiabilité d'une lecture du score de Nugent réalisée par un technicien au laboratoire. D'autre part, comparer une technique de PCR multiplexe automatisée quantitative par rapport au score de Nugent.

Au total, 78 prélèvements pour lesquels nous disposions d'une lame et d'un eSwab® ont été inclus. Les résultats de la lecture du score de Nugent réalisée en routine par le technicien ont été comparés aux résultats d'une lecture “consolidée” (double lecture technicien-biologiste, confirmée par un 3e opérateur sénior en cas de discordance). L'accord entre la lecture de routine et la lecture consolidée était « fort » avec un κ de Cohen à 0,768 (0,595−0,941) Cinq vaginoses (28%) n'étaient pas dépistées en lecture unique p = 0,3 (ns).

Les résultats obtenus par la PCR Bacterial Vaginosis Plus Assay d'AllplexTM (Seegene®) réalisée sur la plateforme automatisée STARlet (Eurobio®) ont été comparés au score de Nugent consolidé. La concordance entre la PCR et le score consolidé était presque parfaite, κ = 0,862, (IC 0,775−1).

Dans cette étude, Seegene AllplexTM BV Plus Assay a présenté des résultats comparables à la technique de référence. Son coût est élevé (>10€). Cependant, la PCR étant un outil facile d'utilisation, sa mise en place dans notre centre est envisagée. Toutefois, un échange préalable avec les gynécologues est souhaitable pour uniformiser les techniques à mettre en oeuvre devant chaque situation clinique.

Les bactériémies sont en constante augmentation depuis trois décennies. De nos jours, il est estimé qu’environ 2% des patients hospitalisés vont présenter une bactériémie. Les bactériémies sont une cause majeure de morbidité et de mortalité.

Les méthodes d’antibiogrammes rapides adaptées au diagnostic rapide des bactériémies permettent d’éviter la prolongation des antibiothérapies inadaptées et de proposer des désescalades thérapeutiques de manière rapide.

Nous avons étudié la technique d’antibiogramme rapide R-AST en diffusion proposée par l’EUCAST sur les bactériémies à E. coli, K. pneumoniae et P. aeruginosa diagnostiquées au CHU de Poitiers entre le 7 mars et le 29 avril 2019. Cette méthode semble être intéressante à partir de 6h d’incubation. Le pourcentage de disques interprétables était de 84 % à 6h et 89 % à 8h pour les entérobactéries et de 71 % à 6h et 89 % à 8h pour P. aeruginosa. Les performances du R-AST, évaluées par comparaison aux techniques de référence (antibiogramme liquide automatisé ou diffusion), se sont montrées très intéressantes. Notre étude n’a montré qu’une seule erreur mineure de catégorisation. Cette méthode pourrait apporter une amélioration dans la prise en charge des bactériémies lorsqu’on la compare aux techniques rapides utilisées actuellement au laboratoire (subculture rapide et bêtalactatest). Le R-AST ne semble pas apporter d’amélioration par rapport au bêtalactatest mais il permet de gagner plus de 18 heures sur le rendu d’un antibiogramme complet pour les entérobactéries et plus de 19 heures pour le P. aeruginosa. L’utilisation en routine de cette méthode nécessiterait cependant quelques ajustements dans l’organisation actuelle.

Les objectifs de ce travail étaient de décrire l’épidémiologie des étiologies d’adénites ayant fait l’objet d’une recherche microbiologique au laboratoire du CHU de Poitiers, de décrire l’épidémiologie des cas de maladies des griffes du chat et d’évaluer de façon comparative deux techniques de PCR de Bartonella henselae.

Matériel et Méthode

Pour la première partie de cette étude, toutes les demandes d’analyses microbiologiques portant sur des ganglions envoyées au laboratoire de microbiologie du CHU de Poitiers entre le 01 janvier 2012 et le 31 mars 2018 ont été incluses. Pour la seconde partie de ce travail, 20 échantillons adressés au CNR des Rickettsia, Coxiella et Bartonella de Marseille pour recherche de B. henselae ont également été inclus afin d’évaluer les performances de deux PCR commerciales : le kit Bartonella spp/ B. henselae/ B. quintana d’EurobioPlex ® et le kit RealCycler de Progenie molecular ®.

Résultats

La population était répartie en 73 % d’adultes (n = 276) et 27 % d’enfants (n = 102) de moins de 15 ans. La moyenne d’âge de la population était de 39 ans [3 semaines-95 ans]. Sur les 378 prélèvements inclus, B. henselae était le principal agent des adénites infectieuses. Staphylococcus aureus ou des streptocoques étaient retrouvés chez 6 % des adultes et 22 % des enfants. Enfin, des mycobactéries étaient isolées dans 8 % des cas, non tuberculeuses principalement chez l’enfant (9 %) et tuberculeuses chez 5 % des adultes et 3 % des enfants. Les principaux diagnostics retenus chez l’adulte étaient dans 28 % des cas infectieux, dans 39 % tumoraux et 7 % en lien avec une maladie inflammatoire. Chez l’enfant, 66 % des étiologies étaient infectieuses et 10 % tumorales.

Parmi les 146 patients pour lesquels une demande de PCR Bartonella était prescrite, 75 (51 %) étaient positifs en biologie moléculaire, principalement pendant la période automne/hivernale. L’âge moyen de la population était de 24,8 ans [1-70] avec un sex ratio de 1,85. Les adénopathies étaient périphériques pour 84 % de la population ; les polyadénopathies concernaient 12 % des cas ; associées à des signes généraux dans près de la moitié des cas. Un contact avec un ou plusieurs chats était décrit dans 64 % des cas (n = 48) et des griffures étaient rapportées chez 29 % de ces patients.

Concernant les 20 prélèvements inclus dans l’étude comparative des deux PCR B henselae commerciales la concordance entre les résultats du CNR et le kit Progénie® était de 100 % et de 95 % avec kit Eurobio®.

Conclusion

B. henselae occupe une place importante dans le diagnostic des adénites infectieuses. La PCR est un outil rapide et performant qu’il va être intéressant de mettre en place au CHU de Poitiers. Aux vues des résultats obtenus dans ce travail, une prise en charge syndromique des adénopathies incluant en première intention une culture standard, une recherche de mycobactéries et une PCR B. henselae parait séduisante avec la possibilité de compléter en seconde intention en cas de négativité de ces examens par une PCR16 S.

Introduction : L'amélioration de la prise en charge des infections ostéo-articulaires sur prothèse est un enjeu majeur de santé publique. Confrontés à leur diagnostic difficile en cultures traditionnelles, les microbiologistes tentent de développer de nouvelles techniques de biologie moléculaire. L'objectif principal de l'étude est l'optimisation de PCR spécifiques staphylocoques et leur évaluation sur des prélèvements cliniques.

Matériel et Méthodes : Etude des patients du protocole MICROBIOS présentant une suspicion d'infection sur prothèse de hanche. 5 prélèvements opératoires par patient ont été testés après broyage avec 4 PCR spécifiques : gène nuc spécifique de Staphylococcus aureus, gène atlE spécifique de Staphylococcus epidermidis, gène tuf spécifique de Staphylococcus spp et mecA spécifique de la résistance à la méticilline.

Résultats : Les 41 patients étudiés (205 prélèvements) présentaient 59% d'identifications de staphylocoques en PCR, avec une sensibilité et une spécificité respectivement de 100% et 96,6% pour le gène nuc, de 100% et 88,6% pour le gène atlE, de 78,9% et 86,4% pour le gène tuf et de 100% et 86,1% pour le gène mecA. 90% des dossiers étaient concordants entre les PCR spécifiques et la culture.

Conclusion : La culture reste encore la référence dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires sur prothèse. Les PCR spécifiques Staphylococcus aureus (gène nuc), Staphylococcus epidermidis, (gène atlE) et de résistance à la méticilline (mecA) semblent présenter les performances nécessaires pour s'intégrer aux diagnostics difficiles mais nécessitent une interprétation rigoureuse des résultats.