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Objectif : Notre étude a porté sur la description du mycobiome gastrique et l’évaluation de l’influence mutuelle du mycobiome gastrique et de l’infection par la bactérie Helicobacter pylori.

Matériel & Méthode : Dans ce but, nous avons développé une technique d’identification moléculaire fongique par amplification génique et séquençage Sanger avec le couple d’amorces universelles pan fongiques ITS1 et ITS4. Nous avons validé cette méthode sur une large gamme de champignons, avec différentes méthodes d’extraction et sur différents types d’échantillons. Nous avons ensuite étudié les biopsies gastriques de 466 patients infectés ou non par la bactérie H. pylori et présentant différentes pathologies gastro-duodénales pouvant être causées par cette infection pro-inflammatoire.

Résultats : L’étude des 466 biopsies gastriques nous a permis d’observer la rare présence d’ADN fongique dans l’estomac humain (12,2% des biopsies gastriques) avec une grande diversité de genres fongiques impliqués et un lien entre la présence d’ADN fongique et celle de la bactérie pro-inflammatoire H. pylori. Par contre l’ADN fongique n’est pas plus fréquemment présent en cas de pathologie sévère due à H. pylori (ulcères ou cancers gastriques).

Conclusion : Ces résultats ne permettent pas d’affirmer la présence d’une flore fongique gastrique résidente de type mycobiome. Le lien avec la présence de la bactérie H. pylori reste inexpliqué. Cependant la présence d’ADN fongique dans la muqueuse gastrique ne constitue pas un cofacteur de gravité de l’expression clinique de l’infection à H. pylori.