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Biologie médicale

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  • La leucémie myéloïde chronique de l'enfant et de l'adolescent : réarrangements moléculaires BCR-ABL1 au diagnostic    - Baunin Victor  -  22 octobre 2013  - Thèse d'exercice

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    La leucémie myéloïde chronique ou LMC est une hémopathie maligne du groupe des néoplasies myéloprolifératives ou syndromes myéloprolifératifs. Elle est la conséquence directe de la translocation t(9;22)(q34;q11) à l'origine du gène chimérique BCR-ABL1. Les ARN messagers BCRABL1 les plus fréquemment retrouvés dans la LMC sont de type b2a2 (e13a2) et b3a2 (e14a2). Certains patients peuvent cependant exprimer les deux ARNm (b2a2+b3a2). Des mécanismes d'épissage alternatif au niveau de la partie BCR des transcrits primaires BCR-ABL1 pourraient expliquer cette co-expression. Chez les patients atteints de LMC, des disparités de répartition des réarrangements moléculaires BCR-ABL1 ont été rapportées. Si la prédominance du réarrangement b3a2 semble avérée chez les patients adultes, cette donnée est encore controversée dans les cohortes pédiatriques. De plus, la proportion de patients co-exprimant simultanément les deux réarrangements varie considérablement selon les études (adultes ou pédiatriques).

    Un des objectifs de ce travail était de vérifier au sein de la cohorte pédiatrique française, la répartition des réarrangements moléculaires BCR-ABL1 au moment du diagnostic (b2a2, b3a2 et b2a2+b3a2). Dans les différents laboratoires ayant effectué ces diagnostics, les systèmes de détection mis en place (RT-PCR multiplex, amorces spécifiques de la région M-BCR) permettent la détection des ARNm chimériques issus d'une cassure M-BCR, y compris les « doubles transcrits » b2a2+b3a2. Les différences observées entre la cohorte allemande (26% de « doubles transcrits » au diagnostic) et la cohorte française (3%) pourraient dépendre de la limite de détection assumée dans chaque laboratoire.

    Dans un deuxième temps, notre objectif était de rechercher l'existence d'éventuelles relations entre les types de réarrangements moléculaires BCR-ABL1 et les données clinico-biologiques au diagnostic. Le taux médian de globules blancs de notre cohorte était relativement élevé par rapport aux autres séries et semble être le paramètre le plus différent entre l'enfant et l'adulte dans la présentation de cette pathologie. Nous n'avons pas pu mettre en évidence de corrélation significative entre le type de réarrangement BCR-ABL1 et les facteurs épidémiologiques, cliniques et biologiques au sein de cette cohorte, à l'exception d'un pourcentage médian de promyélocytes sanguin plus élevé associé au réarrangement b2a2.

  • Évaluation de la recherche de mutations du gène CFTR en assistance médicale à la procréation    - Lebeau Alexandra  -  08 octobre 2014  - Thèse d'exercice

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    Dans le cadre de l'AMP, l'infertilité liée aux mutations du gène CFTR, pose non seulement le problème de la transmission à la descendance d'une azoospermie excrétoire, mais surtout du risque de mucoviscidose chez l'enfant à naître.

    L'objectif de cette étude portant sur l'évaluation des demandes de recherche de mutations du gène CFTR était de définir une stratégie de prise en charge de recherche optimale de ces mutations, pour chaque couple consultant en AMP.

    Ce travail a permis d'étudier les prescriptions de recherche de mutations du gène CFTR des couples consultants dans le service de médecine de la reproduction du CHU de Poitiers. Les examens complémentaires de l'homme infertile effectués avant ces prescriptions ont également pu être évalués, afin d'améliorer la prise en charge de ces patients.

    Nos résultats n'ont pas montré de mutation prédominante du gène CFTR dans notre population d'hommes infertiles. Une personne sur 49 est hétérozygote pour p.Phe508del, nous avons trouvé une augmentation de cette fréquence d'hétérozygotie de 1/32 dans la population des conjointes d'hommes infertiles, au contraire la fréquence d'hétérozygote pour p.Phe508del chez les hommes infertiles étudiés est de 1/69.

    Cette étude corrélée à l'analyse bibliographique, a permis la mise en place des arbres décisionnels pour la recherche de mutations du gène CFTR en AMP ; une étude prospective sera nécessaire pour évaluer la pertinence de ces arbres décisionnels. Grâce à cette étude et à l'analyse de la littérature des documents ont pu être rédigés, pour une prise en charge standardisée de l'homme infertile à des fins diagnostiques et thérapeutiques.

  • Cartographie de l'infection à H. pylori dans 3 estomacs humains : densité, répartition et diversité    - Tran Cong Tri  -  15 octobre 2014  - Thèse d'exercice

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    Helicobacter pylori infecte la muqueuse gastrique de plus de la moitié de la population mondiale. Dans certains cas, son diagnostic nécessite la réalisation de biopsies gastriques, notamment pour l'étude de sa sensibilité aux antibiotiques. De nombreuses études ont recherché la meilleure localisation pour la détection de H. pylori, et l'antre semblerait être le meilleur site même si toutes les études ne concordent pas. De plus, il a été montré qu'un individu pouvait être infecté par différentes populations de H. pylori, avec des profils de résistance potentiellement différents.

    Cependant, toutes ces études ont étudié un nombre limité de biopsies au sein d'un même estomac. Aussi, la fréquence de la multicolonisation et de l'hétérorésistance a pu être sous estimée, et reste à préciser, notamment en France. Ainsi, notre étude cherche à évaluer sur un plus grand nombre de biopsie la répartition de H. pylori au sein de 3 estomacs obtenus par sleeve-gastrectomie, ainsi que sa densité et sa diversité en termes de résistance et de profil génétique.

    La répartition et la densité bactérienne ont pu être évaluées sur plus de 80 biopsies par estomac, et les résultats obtenus montrent une répartition inégale de l'infection. Une différence de densité bactérienne entre la partie inférieure et supérieure de l'estomac n'a pu être observée que sur un seul estomac, avec une densité moyenne respectivement 5 fois et 8 fois plus élevée dans la partie inférieure par culture et par PCR quantitative. La diversité de l'infection à H. pylori a pu être étudiée sur au moins 20 biopsies par estomac, et sur plusieurs clones de 10 biopsies par estomac. Une multicolonisation a pu être observée sur un seul des 3 estomacs. Les deux souches ne sont pas localisées en un seul endroit de l'estomac, et sont également retrouvées au sein d'une même biopsie. En revanche, une hétérorésistance touchant la clarithromycine ou le métronidazole a pu être détectée dans chacun des 3 estomacs. Les clones résistants ne concernent qu'une très faible partie de la population bactérienne et présentent un profil génétique identique à celui de clones sensibles.

    Ainsi, la multicolonisation par différentes souches de H. pylori en France est sans doute peu fréquente. En revanche, l'apparition de clones résistant au sein d'une même souche est sûrement sous-estimée puisqu'elle a été observée sur les 3 estomacs étudiés. Ceci reste néanmoins à confirmer sur un plus grand nombre de patient. Notre étude ne permet pas de recommander un site préférentiel pour la réalisation de biopsies, mais conforte néanmoins, l'intérêt du contrôle de l'éradication de H. pylori après traitement.

  • Mise au point et évaluation des PCR spécifiques staphylocoques et mecA dans les infections ostéo-articulaires sur prothèse (41 prothèses de hanche du CHU de Poitiers)    - Michaud Anthony  -  22 octobre 2014  - Thèse d'exercice

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    Introduction : L'amélioration de la prise en charge des infections ostéo-articulaires sur prothèse est un enjeu majeur de santé publique. Confrontés à leur diagnostic difficile en cultures traditionnelles, les microbiologistes tentent de développer de nouvelles techniques de biologie moléculaire. L'objectif principal de l'étude est l'optimisation de PCR spécifiques staphylocoques et leur évaluation sur des prélèvements cliniques.

    Matériel et Méthodes : Etude des patients du protocole MICROBIOS présentant une suspicion d'infection sur prothèse de hanche. 5 prélèvements opératoires par patient ont été testés après broyage avec 4 PCR spécifiques : gène nuc spécifique de Staphylococcus aureus, gène atlE spécifique de Staphylococcus epidermidis, gène tuf spécifique de Staphylococcus spp et mecA spécifique de la résistance à la méticilline.

    Résultats : Les 41 patients étudiés (205 prélèvements) présentaient 59% d'identifications de staphylocoques en PCR, avec une sensibilité et une spécificité respectivement de 100% et 96,6% pour le gène nuc, de 100% et 88,6% pour le gène atlE, de 78,9% et 86,4% pour le gène tuf et de 100% et 86,1% pour le gène mecA. 90% des dossiers étaient concordants entre les PCR spécifiques et la culture.

    Conclusion : La culture reste encore la référence dans le diagnostic des infections ostéo-articulaires sur prothèse. Les PCR spécifiques Staphylococcus aureus (gène nuc), Staphylococcus epidermidis, (gène atlE) et de résistance à la méticilline (mecA) semblent présenter les performances nécessaires pour s'intégrer aux diagnostics difficiles mais nécessitent une interprétation rigoureuse des résultats.

  • Étude de la permissivité du kératinocyte aux entérovirus responsables du syndrome Pieds-Mains-Bouche (Coxsackievirus A16 et Entérovirus 71)    - Lataud Emmanuel  -  23 octobre 2015  - Thèse d'exercice

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    Le Coxsackievirus A-16 et l'Entérovirus 71 sont des entérovirus appartenant à la famille des Picornaviridae. Ils sont responsables de larges épidémies de syndrome pieds-mainsbouche dans de nombreux pays et particulièrement en Asie et commencent à émerger en Europe. Cette maladie, qui atteint principalement le jeune enfant, est bénigne dans la majorité des cas mais peut se compliquer d'atteintes neurologiques sévères à type d'encéphalite ou de paralysie flasque et de complications cardiopulmonaires. Bien que la présence de ces entérovirus dans les lésions cutanées soit connue depuis longtemps, l'identité des cellules cibles cutanées reste incertaine. Nous avons étudié le tropisme des virus pour les kératinocytes primaires en recherchant d'une part une production de CV-A16 et EV71 dans le surnageant des cellules infectées et dans le culot des cultures de kératinocytes primaires en utilisant une RT-PCR (reverse transcription polymerase chain reaction) ciblant la région 5' non codante du génome viral et une technique d'immunofluorescence pour détecter les antigènes de capside VP1. Par ailleurs nous avons étudié l'expression des senseurs cytoplasmiques MDA5 (Melanoma differentiation associated protein 5) et RIG-1, impliqués dans la reconnaissance des ARN viraux et l'induction de la réponse immunitaire innée, par western-blot en infectant des cellules permissives Hela avec CV-A16 et EV71. Nos résultats n'ont pas montré d'augmentation de la charge virale dans le surnageant et le culot des cultures de kératinocytes primaires et la détection des protéines de capside par immunofluorescence s'est avérée négative. L'expression de MDA5 et RIG-1 n'a pas été modifiée suite à l'infection virale, cependant nous avons mis en évidence une dégradation de MDA5 par CV-A16 comme cela l'avait été montré pour EV71 et d'autres entérovirus, suggérant un mécanisme commun d'échappement à la réponse immunitaire innée.

    En conclusion, dans les conditions expérimentales utilisées, les kératinocytes primaires ne se sont pas avérés permissifs à l'infection. Cependant, la permissivité des kératinocytes pourrait dépendre de leur différenciation et de facteurs hôte-dépendants. Il serait par conséquent intéressant de poursuivre l'exploration du tropisme de CV-A16 et EV71 en utilisant des kératinocytes différenciés voire des épithéliums reconstitués. Enfin, la transfection d'ARN génomiques viraux permettrait de différencier un défaut d'entrée d'un défaut de réplication. Dans ce dernier cas, la caractérisation de facteurs cellulaires inhibant la réplication serait essentielle afin d'envisager de nouvelles stratégies antivirales.

  • Efficacité thérapeutique de la chloroquine dans le traitement des accès palustres simples à Plasmodium vivax en Guyane    - Heugas Christophe  -  20 septembre 2016  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Depuis près d'un siècle maintenant, le traitement de référence des accès palustres à P. vivax est la chloroquine en Amérique du Sud. La présence de parasites résistants a été rapportée dans plusieurs pays de la région amazonienne. L'objectif de cette étude est d'évaluer si la résistance existe en Guyane en associant une évaluation rétrospective de l'efficacité thérapeutique et une analyse des parasitémies récurrentes chez des patients non suivis mais revenant avec de la fièvre.

    Matériel et méthodes : Les dossiers des patients avec une infection à P. vivax confirmée par microscopie et une température supérieure à 37,5 °C ont été analysés à l'Hôpital de Cayenne entre mars 2009 et octobre 2015. Le suivi des patients et la classification des réponses thérapeutiques ont été réalisés selon le protocole recommandé par l'OMS. Le génotype de pvmdr1 (séquence et nombre de copies du gène) a été analysé sur les échantillons résistants.

    Résultats : Après 28 jours de suivi de 172 patients, 164 patients ont présenté une réponse clinique et parasitologique adéquate. Huit cas d'échec thérapeutique ont été identifiés (5 %, n=8/172), tous après J14. L'efficacité thérapeutique de la chloroquine a été évaluée à 95 % (95 % CI 91,7-98,3 ; n=164/172). Au sein de ces huit échecs, cinq ont été caractérisés : deux cas de résistance parasitaire (1,2 % ; 95 % CI 0-2,8 ; n=2/172) et trois patients avec une concentration subthérapeutique en chloroquine ont été observés. Aucune mutation généralement associée à la résistance n'a été identifiée dans le gène pvmndr1 chez les parasites résistants.

    Discussion : La résistance de P. vivax à la chloroquine en Guyane existe mais son niveau ne nécessite pour l'heure aucun changement dans les recommandations thérapeutiques. Cependant pour limiter la dispersion de ces parasites résistants, la primaquine devrait être davantage prescrite. Par ailleurs, un marqueur moléculaire de résistance reste encore à identifier pour pouvoir surveiller plus facilement l'évolution de cette résistance dans la région.

  • Place des composants allergéniques de la gamme ImmunoCAP® dans le diagnostic de l'allergie aux trophallergènes végétaux    - Riffaud Sandra  -  23 octobre 2017  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Les tests ImmunoCAP® permettant le dosage des IgE spécifiques des composants allergéniques existent depuis peu, mais ils sont de plus en plus nombreux et semblent promettre une aide conséquente au sein de la démarche diagnostique des allergies.

    Objectif : L'objectif était de relever la performance de chaque test concernant les allergies alimentaires aux végétaux afin de déterminer leur utilité, puis de proposer une stratégie décisionnelle au sein du laboratoire d'immunologie.

    Méthode : Analyse de la littérature dans Pubmed. Recherche d'études robustes utilisant les tests ImmunoCAP® si possible, et comparaison des performances diagnostiques observées.

    Résultats : Les études sont nombreuses et assez robustes pour l'arachide, la noisette et le blé, et mettent en évidence de bons marqueurs : rAra h 2, rCor a 14, nCor a 9 et rTri a 19. Pour les autres aliments, les études ne permettent pas de conclure de façon assez concrète, mais dégagent des tendances ainsi que des pistes pour des travaux futurs.

    Conclusion : Les nouveaux tests ImmunoCAP® doivent être triés car ne semblent pas tous utiles en première intention. Même si l'on commence à comprendre l'implication de certains allergènes, les travaux sont à poursuivre pour les autres afin de tous les connaître.

  • Test de sélection et morphologie des spermatozoïdes en Fécondation in Vitro selon les critères stricts de Kruger : étude prospective dans le laboratoire d'AMP du CHU de Caen en 2017    - Didon Samia  -  25 octobre 2017  - Thèse d'exercice

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    Il s'agit d'une étude prospective uni centrique réalisée dans le laboratoire de la Médecine de la Reproduction du CHU de Caen du 29 Novembre 2016 au 30 Juin 2017. Le personnel qui rendait jusqu'à fin Décembre2016 les résultats de spermocytogramme selon la classification de David modifiée, ont été formé et habilité aux rendus de ces résultats selon les critères stricts de Kruger recommandée par l'OMS. Mon étude a consisté à réaliser des lames de spermocytogramme avant et après migration le jour des tentatives des couples prévus en mi-FIV mi-ICSI qui avaient au moins 2 antécédents de stimulations simples ou d'inséminations intra-utérines. L'objectif de mon étude est d'évaluer l'impact de la morphologie des spermatozoïdes évaluée selon les critères stricts de Kruger sur le taux de fécondation en FIV et en ICSI et de tenter d'établir un valeur seuil de la morphologie de spermatozoïdes selon cette classification qui permettrait un passage direct en ICSI. Les résultats obtenus n'ont pas permis de montrer une différence significative entre le taux de fécondation en ICSI et en FIV en fonction de la morphologie des spermatozoïdes sur ce type de tentatives. Le seuil de Formes typiques des spermatozoïdes n'ayant pas pu être déterminé sur cet échantillon de patients retreint, il serait préférable de poursuivre l'étude sur une plus grande période avec l'inclusion d'un nombre plus important de spermes altérés.

  • Activité de l'isavuconazole sur des amibes libres du genre Acanthamoerba    - Eestermans Rémi  -  11 décembre 2017  - Thèse d'exercice

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    Introduction : Les amibes libres du genre Acanthamoeba sont largement répandues dans l'environnement et peuvent provoquer des atteintes oculaires à type de kératite amibienne. L'objectif de cette étude a été de tester in vitro l'action d'un nouvel azolé, l'isavuconazole, sur différentes espèces d'Acanthamoeba.

    Matériel et méthodes : Des trophozoïtes et des kystes d'A. castellanii, A. hatchetti et A. lenticulata ont été mis en contact pendant 24 et 48h avec l'isavuconazole aux concentrations suivantes : 400µg/mL, 200µg/mL, 100µg/ml, 50µg/mL et 25µg/mL. Après incubation, la viabilité amibienne a été évaluée au bleu trypan. Les différentes formes de ces protozoaires ont également été déposées sur géloses non nutritives préalablement ensemencées avec une suspension d'Escherichia coli afin d'évaluer leur mobilité au microscope inversé.

    Résultats : Les trophozoïtes de l'espèce A. castellanii paraissent plus sensibles à l'isavuconazole que les autres espèces testées avec un effet sur leur mobilité à partir de 100µg/mL. Une diminution du nombre des trophozoïtes et des kystes a été notée lors de l'étude de la viabilité pour toutes les amibes testées. Au total, l'isavuconazole n'a pas permis une élimination complète des formes amibiennes, trophozoïtes ou kystes.

    Conclusion : L'isavuconazole ne serait donc pas destinée à être un traitement unique pour la kératite amibienne mais bien une aide supplémentaire, uniquement dans le cas d'infections dues à A. castellanii en association aux autres traitements déjà existants pour cette atteinte oculaire.

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affiche de communication sur le dépôt des travaux d'étudiants : 215, c'est le nombre de fois où le réveil a sonné trop tôt cette année pour travailler sur mon mémoire. Franchement j'aimerai ne pas être le seul à l'avoir lu ! / Lionel Bernardin / idsworks.com
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